小反刍兽疫病毒在遗传进化、天然免疫应答中对宿主适应性的初步研究
发布时间：2021-11-16 09:21
小反刍兽疫病毒（peste des petits ruminants virus,PPRV）是引起家畜的致命性传染病——小反刍兽疫（peste des petits ruminants,PPR）的病原体。PPRV感染能够导致小反刍动物患肺炎、糜烂致死性口炎及肠炎（腹泻）等疾病,是国家法定的Ⅰ类动物疫病,对其预防与控制方法的研究属于动物传染病预防中的研究热点。目前有关PPRV在遗传进化及对宿主天然免疫应答的适应机制研究较少,本实验研究了PPRV基因的核苷酸、二核苷酸、同义密码子及氨基酸的使用模式在遗传进化中与宿主的适应性以及PPRV在侵染293T细胞后,激活的干扰素（interferon,IFN）信号通路,为深入了解PPRV与宿主在遗传进化及天然免疫系统中的相互关系奠定了基础,为PPR的防控提供了新的思路。本实验研究结果如下:（1）以PPRV及其同科病毒牛瘟病毒（rinderpest virus,RPV）基因为研究对象,采用同义密码子相对使用度（relative synonymous codon usage,RSCU）法、相对二核苷酸丰度测定法以及“有效密码子数（effective nu...
【文章来源】：西北民族大学甘肃省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
IFN和细胞因子介导的JAK-STAT通路Figure1.1JAK-STATpathwaymediatedbyIFNandcytokines干扰素在人类临床医学中被广泛应用，Ⅰ型干扰素IFN-α-2a和IFN-α-2b已作
第 2 章 小反刍兽疫病毒的遗传进化分析不同密码子位置的 G%使用频率也存在显著差异（如图 2.1E）；在两种病毒的 P基因中，除了 U3%，其他所有的核苷酸使用频率均存在显著差异（如图 2.1F）。值得注意的是，基于两种病毒的 6 种病毒基因在不同密码子位置上核苷酸含量的波动、总核苷酸含量不影响不同密码子位置上核苷酸的使用趋势，说明总核苷酸含量只是在密码子位置上综合反映出来的。不同密码子位置的核苷酸受各种进化力的影响。
西北民族大学生命科学与工程学院 2019 届硕士研究生学位论文（r=0.538，p＜0.001；GC%VSGC3%）（如图 2.2D），由于 GC%和 GC12%的相关性很高，所以 GC12%使用频率在很大程度上影响病毒蛋白氨基酸的组成；PPRV 与 RPV 的 GC12%和 GC3%之间存在显著正相关（PPRV：r=0.389，p＜0.01；RPV：r=0.340，p＜0.05），但是相关度远低于 GC%和 GC12%（GC%和 GC3%）之间的相关度（如图 2.2E 和 2.2F），进一步表明，在 PPRV 和 RPV 基因组中，GC12%和 GC3%的使用频率受不同进化力的影响。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Reverse Genetics for Peste des Petits Ruminants Virus: Current Status and Lessons to Learn from Other Non-segmented Negative-Sense RNA Viruses[J]. Alfred Niyokwishimira,Yongxi Dou,Bang Qian,Prajapati Meera,Zhidong Zhang. Virologica Sinica. 2018(06)
[2]2007—2014年国内外小反刍兽疫流行现状及分析[J]. 吴锦艳,尚佑军,田宏,陈妍,王光祥,栾志舫,张志东. 中国兽医学报. 2016(04)
[3]浅析小反刍兽疫及其综合防控[J]. 刘保光,马彩珲,宋笑颜,吴华,刘凯. 中国动物保健. 2015(02)
[4]小反刍兽疫病毒N蛋白主要抗原区域的原核表达及间接ELISA检测方法的建立[J]. 邱文英,李刚,田康乐,黄华欣. 中国兽医科学. 2012(05)
[5]小反刍兽疫N蛋白单克隆抗体的制备及竞争ELISA方法的建立[J]. 邱文英,李伟,李刚,田康乐,曾妮. 农业生物技术学报. 2011(05)
[6]小反刍兽疫病毒RT-LAMP检测方法的建立[J]. 李林,吴晓东,包静月,李金明,王君玮,王志亮. 中国动物检疫. 2010(04)
[7]小反刍兽疫实时荧光PCR检测方法的建立及应用[J]. 吴绍强,林祥梅,刘忠清,王彩霞,韩雪清,刘建,贾广乐,梅琳,王建峰,查成刚. 黑龙江畜牧兽医. 2009(09)
[8]一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立[J]. 包静月,李林,王志亮,李金明,刘春菊,肖肖. 中国动物检疫. 2007(08)
[9]小反刍兽疫研究进展[J]. 信爱国,杨仁标,向文彬. 中国预防兽医学报. 2003(02)
博士论文
[1]小反刍兽疫病毒GZL-14的分离鉴定与双抗体夹心ELISA方法的建立及应用[D]. 郭昌明.吉林大学 2017
[2]小反刍兽疫病毒V蛋白拮抗干扰素介导的先天性免疫系统功能位点的确定[D]. 马旭升.中国农业科学院 2015
[3]小反刍兽疫病毒样颗粒的构建及对小鼠免疫效力的评价[D]. 刘拂晓.吉林大学 2013
硕士论文
[1]稳定表达gBST-2蛋白Vero细胞系的构建及其对PPRV增殖特性的影响[D]. 张莉.安徽农业大学 2018
[2]小反刍兽疫病毒多肽抗原表位的筛选及初步应用[D]. 刘怀东.甘肃农业大学 2018
本文编号：3498591
【文章来源】：西北民族大学甘肃省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
IFN和细胞因子介导的JAK-STAT通路Figure1.1JAK-STATpathwaymediatedbyIFNandcytokines干扰素在人类临床医学中被广泛应用，Ⅰ型干扰素IFN-α-2a和IFN-α-2b已作
第 2 章 小反刍兽疫病毒的遗传进化分析不同密码子位置的 G%使用频率也存在显著差异（如图 2.1E）；在两种病毒的 P基因中，除了 U3%，其他所有的核苷酸使用频率均存在显著差异（如图 2.1F）。值得注意的是，基于两种病毒的 6 种病毒基因在不同密码子位置上核苷酸含量的波动、总核苷酸含量不影响不同密码子位置上核苷酸的使用趋势，说明总核苷酸含量只是在密码子位置上综合反映出来的。不同密码子位置的核苷酸受各种进化力的影响。
西北民族大学生命科学与工程学院 2019 届硕士研究生学位论文（r=0.538，p＜0.001；GC%VSGC3%）（如图 2.2D），由于 GC%和 GC12%的相关性很高，所以 GC12%使用频率在很大程度上影响病毒蛋白氨基酸的组成；PPRV 与 RPV 的 GC12%和 GC3%之间存在显著正相关（PPRV：r=0.389，p＜0.01；RPV：r=0.340，p＜0.05），但是相关度远低于 GC%和 GC12%（GC%和 GC3%）之间的相关度（如图 2.2E 和 2.2F），进一步表明，在 PPRV 和 RPV 基因组中，GC12%和 GC3%的使用频率受不同进化力的影响。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Reverse Genetics for Peste des Petits Ruminants Virus: Current Status and Lessons to Learn from Other Non-segmented Negative-Sense RNA Viruses[J]. Alfred Niyokwishimira,Yongxi Dou,Bang Qian,Prajapati Meera,Zhidong Zhang. Virologica Sinica. 2018(06)
[2]2007—2014年国内外小反刍兽疫流行现状及分析[J]. 吴锦艳,尚佑军,田宏,陈妍,王光祥,栾志舫,张志东. 中国兽医学报. 2016(04)
[3]浅析小反刍兽疫及其综合防控[J]. 刘保光,马彩珲,宋笑颜,吴华,刘凯. 中国动物保健. 2015(02)
[4]小反刍兽疫病毒N蛋白主要抗原区域的原核表达及间接ELISA检测方法的建立[J]. 邱文英,李刚,田康乐,黄华欣. 中国兽医科学. 2012(05)
[5]小反刍兽疫N蛋白单克隆抗体的制备及竞争ELISA方法的建立[J]. 邱文英,李伟,李刚,田康乐,曾妮. 农业生物技术学报. 2011(05)
[6]小反刍兽疫病毒RT-LAMP检测方法的建立[J]. 李林,吴晓东,包静月,李金明,王君玮,王志亮. 中国动物检疫. 2010(04)
[7]小反刍兽疫实时荧光PCR检测方法的建立及应用[J]. 吴绍强,林祥梅,刘忠清,王彩霞,韩雪清,刘建,贾广乐,梅琳,王建峰,查成刚. 黑龙江畜牧兽医. 2009(09)
[8]一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立[J]. 包静月,李林,王志亮,李金明,刘春菊,肖肖. 中国动物检疫. 2007(08)
[9]小反刍兽疫研究进展[J]. 信爱国,杨仁标,向文彬. 中国预防兽医学报. 2003(02)
博士论文
[1]小反刍兽疫病毒GZL-14的分离鉴定与双抗体夹心ELISA方法的建立及应用[D]. 郭昌明.吉林大学 2017
[2]小反刍兽疫病毒V蛋白拮抗干扰素介导的先天性免疫系统功能位点的确定[D]. 马旭升.中国农业科学院 2015
[3]小反刍兽疫病毒样颗粒的构建及对小鼠免疫效力的评价[D]. 刘拂晓.吉林大学 2013
硕士论文
[1]稳定表达gBST-2蛋白Vero细胞系的构建及其对PPRV增殖特性的影响[D]. 张莉.安徽农业大学 2018
[2]小反刍兽疫病毒多肽抗原表位的筛选及初步应用[D]. 刘怀东.甘肃农业大学 2018
本文编号：3498591
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