猪5号染色体影响耳面积QTL的因果基因和主效突变位点的初步鉴别

发布时间：2021-11-22 04:40

　　耳朵的外形和大小是猪品种的一个重要特征，同时也是影响听力的一个重要因素。人类先天性小耳畸形已有多次报道，但其遗传机理尚不明确。猪作为人类疾病研究的重要模式动物，对猪耳性状遗传机理研究可以为人类耳相关遗传疾病的研究提供重要的临床借鉴。本研究前期利用白色杜洛克×二花脸F2资源家系，通过QTL定位分析，将影响耳面积的QTL置信区间定位到SSC5上60cM-71cM约11cM处；然后通过增加4个微卫星标记将区间缩短至8.7cM，再利用全基因组高通量60K SNP芯片对资源家系和苏太猪群体进行扫描，通过全基因组关联分析、LDLA分析和IBD分析，最终将QTL区间定位到SSC5上约1.137Mb（32277440bp到33414008bp）区间，该区间包括4个已注释的基因：WIF1、LEMD3、MSRB3和HMGA2。本研究在此基础上利用60K SNP芯片数据将1,029头白色杜洛克×二花脸资源家系F2个体和435头苏太猪个体进行Meta分析，结果将QTL精细定位到DRGA0005608与ASGA0025253标记之间约632.722kb（32804318bp-33437040bp）区间内，关联性... 

【文章来源】：江西农业大学江西省

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

CNV改变基因功能或表达的方式（引自A.Clopetal,2012）

137Mb的QTL区域内CNV检测结果

Meta分析结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]基因组拷贝数变异及其突变机理与人类疾病[J]. 杜仁骞,金力,张锋.  遗传. 2011(08)
[2]全基因组关联研究的深度分析策略[J]. 权晟,张学军.  遗传. 2011(02)
[3]全基因组关联研究现状[J]. 韩建文,张学军.  遗传. 2011(01)
[4]拷贝数变异及其研究进展[J]. 刘欣,王立刚,王立贤.  畜牧兽医学报. 2010(08)
[5]恶性肿瘤中高迁移率族蛋白A2的功能研究进展[J]. 查郎,王子卫.  肿瘤. 2010(03)
[6]HapMap计划掀起人类研究复杂疾病易感基因的浪潮[J]. 张学军.  安徽医科大学学报. 2009(03)
[7]遗传变异的又一来源:拷贝数变异[J]. 谭琪,曾凡一.  生物技术通讯. 2009(03)
[8]遗传与基因表达数据的整合——eQTL的方法及应用[J]. 刘刚,彭惠茹,倪中福,秦丹丹,宋方威,宋广树,孙其信.  遗传. 2008(09)
[9]拷贝数目变异:基因组遗传变异的新诠释[J]. 饶友生,张细权.  生物多样性. 2008(04)

博士论文
[1]猪5号染色体耳面积QTL精细定位及其因果基因的初步鉴别[D]. 李平华.江西农业大学 2012

硕士论文
[1]猪ETEC F4ac受体编码基因MUC13的拷贝数及其在不同黏附表型个体中的表达分析[D]. 杨怀谷.江西农业大学 2012



本文编号：3510958