巴马小型猪组织qRT-PCR内参基因的筛选
发布时间：2021-11-23 03:32
qRT-PCR是检测细胞、组织基因表达的重要方法之一。而选择合适的内参基因是准确计算目标基因表达水平并进行基因功能研究的关键。本研究使用qRT-PCR技术检测了9个候选基因:拓扑异构酶-2β基因（topoisomerase （DNA）Ⅱβ, Top2b）、β-肌动蛋白基因（β-actin, Actb）、核糖体蛋白S18基因（ribosomal protein S18, Rps18）、肽基脯氨酰异构酶A基因（peptidylprolyl isomerase A, Ppia）、18S核糖体RNA基因（18S ribosomal RNA, 18S）、TATA盒结合蛋白基因（TATA-box binding protein, Tbp）、羟甲基胆素合成酶基因（hydroxymethylbilane synthase, Hmbs）、核糖体蛋白L4基因（ribosomal protein L4, Rpl4）和β-2-微球蛋白基因（β-2-microglobulin, B2m）,在15日龄巴马小型猪（Sus scrofa）的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和皮下脂肪7个组织上的表达情况,并通过geNorm、N...
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(06)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
单个内参基因在所有组织中的Ct值范围的箱线图
BestKeeper(version 1)程序根据相关系数(R)、CV和SD值来评估内参基因表达的稳定性(表3)。通过高R值(≥0.900)和低CV、SD值来选择最优内参。在所有较高R值的样本中，Rps18表达了最低CV值(2.95)和低SD值(0.51)。因此，由BestKeeper程序得出，Rps18是巴马小型猪组织的最适内参基因。3 讨论
Nygard(2007)使用qRT-PCR技术在17个不同组织中(肝脏,肾,大脑皮层,胸腺,脂肪,小脑,海马体,肌肉,淋巴结,心脏,皮肤,骨髓,胰腺,肺,胃,膀胱和小肠)，对9个常用内参基因(Actb,Rpl4,Tbp,Hprt,Hmbs,Ywhaz,Sdha,B2m和Gapdh)进行研究。结果表明，在不同的猪组织表达中，Hprt1和Tpb是低丰度转录本的最适内参基因，而Rpl4和Actb是高丰度转录本的理想内参基因。但其并没有提及实验动物的品种信息，并发现有两个基因具有明显的组织特异性调节。Hmbs在骨髓中有明显上调，Gapdh在肌肉中明显上调。但在本研究中，没有对骨髓进行内参基因的选择，而在肌肉组织中，最稳定的内参基因却是Rpl4和Tbp。Bruun(2013)在研究猪肺气肿模型时，使用了Nygard的结果，用Rpl4,Hprt和Actb作为内参基因来标准化qRT-PCR的结果。而在本研究中，肺脏组织的最适内参基因是B2m和Hmbs。另一项研究使用NormFinder、geNorm和BestKeeper在长白猪(Landrace,)、杜洛克猪(Duroc)、巴克夏猪(Berkshire)和约克郡猪(Yorkshire)的7个不同组织(肝、肺、肾、脾、胃、小肠和大肠)中，对15个候选内参基因(Actb,Gapdh,Hpar1,Aldoa,B2m,Hspcb,Ppia,Pgk1,Polr2g,Rpl4,Tbp,Rps18,Sdha,Top2b,和Ywhaz)的表达稳定性进行探索，对这3种程序的结果进行综合分析。长白猪中稳定、适宜的内参基因为Ppia、Tbp、Rpl4和Rps18；杜洛克猪中稳定、适宜的内参基因是Ppia和Tbp；巴克夏猪稳定、适宜的内参基因是Ppia、Tbp和Hspcb；而约克郡猪最适内参基因是Ppia,Top2b,Rpl4和Rps18。尽管研究者发现Ppia可以在所有猪种中作为内参基因，但最优内参基因的数目和组合还是必须由不同的组织类型、实验条件和猪品种进行筛选(Park et al.,2015)。Martino(2011)在小型猪中研究心力衰竭模型时，对左右心房心室的最佳内参基因进行筛选。左右心房中，Hprt-1,Tbp和Ppia是最稳定的内参基因；在左心室中，Hprt-1,Tbp和Gapdh是最稳定的内参基因；右心室中，Ppia,Gapdh和Actb是最稳定的内参基因。在本研究中，仅对心脏组织的任意部位进行最佳内参基因筛选，得到稳定的内参基因为Rps18和Tbp。这表明，相同脏器的不同部位也可能出现最佳内参基因的差异。齐波(2017)在二元猪(长白猪×太湖猪)的心、肝、脾、肺、肾、肌肉6个组织中，使用geNorm程序对11个内参基因(Hprt1,Hmbs,Actb,B2m,Ppia,Gapdh,Rpl4,Tbp,Top2b,Ywhaz,Sdha)筛选。在这6个组织的最佳内参基因的结果中，只有肌肉组织的结果与本研究所得到的结果相同，都是Tbp和Rpl4。研究不同猪种的同样组织，最佳内参组合也会存在差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]活动性肺结核患者PBMCs实时定量PCR内参基因的选择[J]. 翟斐,杨秉芬,王若,曹志红,程小星. 临床肺科杂志. 2018(11)
[2]猪睾丸组织定量PCR分析中内参基因的选择[J]. 彭馥芝,冉茂良,翁波,李智,董莲花,陈斌. 中国农业科学. 2017(15)
[3]测定猪不同组织基因表达时RT-PCR内参基因的选择[J]. 齐波,朱荣生,王怀中,孙守礼,王建才,刘俊珍,黄保华,呼红梅. 家畜生态学报. 2017(06)
[4]巴马小型猪在医学研究中的应用进展[J]. 庞琳琳,张会永,杨关林. 中国实验动物学报. 2014(01)
[5]人不同孕期胎盘组织中实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 赵晶,赵俊杰,康丽丽,李亚清,王斌,雷艳霞. 西安交通大学学报(医学版). 2014(02)
[6]仔猪组织基因表达中实时定量PCR内参基因的选择[J]. 台玉磊,韩立强,杨国庆,王艳玲,常磊,臧猛,武宇晓,王静,张志强,杨国宇. 农业生物技术学报. 2010(04)
博士论文
[1]梅山—大白猪肌肉组织差异表达基因的筛选、鉴定及功能研究[D]. 冯小婷.华中农业大学 2011
本文编号：3513037
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(06)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
单个内参基因在所有组织中的Ct值范围的箱线图
BestKeeper(version 1)程序根据相关系数(R)、CV和SD值来评估内参基因表达的稳定性(表3)。通过高R值(≥0.900)和低CV、SD值来选择最优内参。在所有较高R值的样本中，Rps18表达了最低CV值(2.95)和低SD值(0.51)。因此，由BestKeeper程序得出，Rps18是巴马小型猪组织的最适内参基因。3 讨论
Nygard(2007)使用qRT-PCR技术在17个不同组织中(肝脏,肾,大脑皮层,胸腺,脂肪,小脑,海马体,肌肉,淋巴结,心脏,皮肤,骨髓,胰腺,肺,胃,膀胱和小肠)，对9个常用内参基因(Actb,Rpl4,Tbp,Hprt,Hmbs,Ywhaz,Sdha,B2m和Gapdh)进行研究。结果表明，在不同的猪组织表达中，Hprt1和Tpb是低丰度转录本的最适内参基因，而Rpl4和Actb是高丰度转录本的理想内参基因。但其并没有提及实验动物的品种信息，并发现有两个基因具有明显的组织特异性调节。Hmbs在骨髓中有明显上调，Gapdh在肌肉中明显上调。但在本研究中，没有对骨髓进行内参基因的选择，而在肌肉组织中，最稳定的内参基因却是Rpl4和Tbp。Bruun(2013)在研究猪肺气肿模型时，使用了Nygard的结果，用Rpl4,Hprt和Actb作为内参基因来标准化qRT-PCR的结果。而在本研究中，肺脏组织的最适内参基因是B2m和Hmbs。另一项研究使用NormFinder、geNorm和BestKeeper在长白猪(Landrace,)、杜洛克猪(Duroc)、巴克夏猪(Berkshire)和约克郡猪(Yorkshire)的7个不同组织(肝、肺、肾、脾、胃、小肠和大肠)中，对15个候选内参基因(Actb,Gapdh,Hpar1,Aldoa,B2m,Hspcb,Ppia,Pgk1,Polr2g,Rpl4,Tbp,Rps18,Sdha,Top2b,和Ywhaz)的表达稳定性进行探索，对这3种程序的结果进行综合分析。长白猪中稳定、适宜的内参基因为Ppia、Tbp、Rpl4和Rps18；杜洛克猪中稳定、适宜的内参基因是Ppia和Tbp；巴克夏猪稳定、适宜的内参基因是Ppia、Tbp和Hspcb；而约克郡猪最适内参基因是Ppia,Top2b,Rpl4和Rps18。尽管研究者发现Ppia可以在所有猪种中作为内参基因，但最优内参基因的数目和组合还是必须由不同的组织类型、实验条件和猪品种进行筛选(Park et al.,2015)。Martino(2011)在小型猪中研究心力衰竭模型时，对左右心房心室的最佳内参基因进行筛选。左右心房中，Hprt-1,Tbp和Ppia是最稳定的内参基因；在左心室中，Hprt-1,Tbp和Gapdh是最稳定的内参基因；右心室中，Ppia,Gapdh和Actb是最稳定的内参基因。在本研究中，仅对心脏组织的任意部位进行最佳内参基因筛选，得到稳定的内参基因为Rps18和Tbp。这表明，相同脏器的不同部位也可能出现最佳内参基因的差异。齐波(2017)在二元猪(长白猪×太湖猪)的心、肝、脾、肺、肾、肌肉6个组织中，使用geNorm程序对11个内参基因(Hprt1,Hmbs,Actb,B2m,Ppia,Gapdh,Rpl4,Tbp,Top2b,Ywhaz,Sdha)筛选。在这6个组织的最佳内参基因的结果中，只有肌肉组织的结果与本研究所得到的结果相同，都是Tbp和Rpl4。研究不同猪种的同样组织，最佳内参组合也会存在差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]活动性肺结核患者PBMCs实时定量PCR内参基因的选择[J]. 翟斐,杨秉芬,王若,曹志红,程小星. 临床肺科杂志. 2018(11)
[2]猪睾丸组织定量PCR分析中内参基因的选择[J]. 彭馥芝,冉茂良,翁波,李智,董莲花,陈斌. 中国农业科学. 2017(15)
[3]测定猪不同组织基因表达时RT-PCR内参基因的选择[J]. 齐波,朱荣生,王怀中,孙守礼,王建才,刘俊珍,黄保华,呼红梅. 家畜生态学报. 2017(06)
[4]巴马小型猪在医学研究中的应用进展[J]. 庞琳琳,张会永,杨关林. 中国实验动物学报. 2014(01)
[5]人不同孕期胎盘组织中实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 赵晶,赵俊杰,康丽丽,李亚清,王斌,雷艳霞. 西安交通大学学报(医学版). 2014(02)
[6]仔猪组织基因表达中实时定量PCR内参基因的选择[J]. 台玉磊,韩立强,杨国庆,王艳玲,常磊,臧猛,武宇晓,王静,张志强,杨国宇. 农业生物技术学报. 2010(04)
博士论文
[1]梅山—大白猪肌肉组织差异表达基因的筛选、鉴定及功能研究[D]. 冯小婷.华中农业大学 2011
本文编号：3513037
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