贵州黑山羊LYRM1基因生物信息学及组织表达分析

发布时间：2021-12-17 09:28

　　采用RT-PCR的方法对贵州黑山羊LYRM1基因进行了克隆,并对该基因的编码区序列进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测LYRM1基因在贵州黑山羊不同组织中mRNA的相对表达量以及在不同月龄的时序表达。结果:黑山羊LYRM1基因的编码区全长369 bp,编码122个氨基酸,编码蛋白分子质量为14.4 kDa,理论等电点为9.73,不稳定系数为49.48,为不稳定蛋白;与GenBank数据库中提供的山羊LYRM1基因的编码区序列匹配度为99%,存在2个碱基的突变,分别为第177位和242位;通过LYRM1基因系统进化树得知,黑山羊与牛的进化距离较近,与斑马鱼进化距离较远。qRT-PCR结果显示LYRM1基因在贵州黑山羊7个组织中均有表达,在脂肪组织的表达量最高,背最长肌中的表达量最低;时序表达结果表明,LYRM1基因在黑山羊脂肪组织的整体表达趋势为先增加再减少,6月龄的表达量最高,7日龄最低。本试验成功克隆了黑山羊LYRM1基因编码区并进行了生物信息学分析,且检测了其在黑山羊不同组织中的表达以及在脂肪组织中的时序表达,为深入研究LYRM1基因功能奠定基础。 

【文章来源】：畜牧与兽医. 2020,52(09)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

LYRM1基因PCR扩增电泳

测序结果显示克隆得到的黑山羊LYRM1基因编码区全长369 bp,编码122个氨基酸(图2);测序结果与GenBank数据库中提供的山羊LYRM1基因的编码区序列匹配度为99%,分析发现了2个碱基的突变:一处为177位(G→C)的同义突变,另一处为242位(A→C)的错义突变,由络氨酸(Y)突变为丝氨酸(S)(图3)。经BLAST软件进行同源性比对,发现黑山羊LYRM1基因与山羊(登录号:XM_005697576.3)、马(登录号:XM_023616163.1)、人(登录号:NM_001128301.3)、牛(登录号:NM_001205637.1)同源性分别为99.46%、92.89%、93.77%和98.1%;通过构建的系统进化树发现,黑山羊与山羊聚为一支,与牛的进化距离较近,与斑马鱼等亲缘关系较远(图4)。图3 序列比对结果

LYRM1基因系统进化树

【参考文献】：
期刊论文
[1]猪LYRM1基因对脂肪沉积的影响研究[J]. 苑洪霞,骆金红,冯文武,陈祥.  畜牧兽医学报. 2019(04)
[2]LYRM1与LYRM2基因在白洗猪及其杜白杂交一代不同组织中的表达研究[J]. 骆金红,苑洪霞,王鑫,张勇,陈祥.  中国畜牧杂志. 2018(08)
[3]白藜芦醇通过降低LYRM1 mRNA表达抑制3T3-L1前脂肪细胞增殖[J]. 张翔,黎文明,钟贤武,郑琳,李明慧,冯翔.  食品科学. 2014(13)
[4]LYRM1基因沉默对成熟脂肪细胞线粒体形态及其相关基因的影响[J]. 朱冠忠,朱金改,史春梅,张敏,曹新国,郭锡熔.  实用儿科临床杂志. 2012(19)
[5]人类肥胖相关新基因LYRM1在人前体脂肪细胞分化过程中的表达变化[J]. 邱洁,郭锡熔,周晓玉,程锐,曹兴国,王玢,张敏.  中国儿童保健杂志. 2009(04)

硕士论文
[1]LYRM1与LYRM2基因对白洗猪脂肪沉积的影响研究[D]. 苑洪霞.贵州大学 2018



本文编号：3539847