藏黄牛与宣汉黄牛心脏miRNA表达谱比较

发布时间：2021-12-18 15:46

　　【目的】miRNA作为一类非编码RNA,广泛参与机体多种生命活动,研究旨在挖掘miRNA在藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织中的差异miRNA,为进一步研究藏黄牛低氧适应的分子机制提供基础数据。【方法】随机选取健康的藏黄牛和宣汉黄牛各3头,迅速采集其心脏组织,使用Trizol法提取RNA,琼脂糖凝胶电泳切胶选取18—30nt的片段,连接3’端和5’端,反转录后进行扩增,凝胶电泳切胶纯化后建立藏黄牛和黄牛各3个文库,利用Illumina HiSeq4000测序平台进行高通量测序;将测序得到的序列进行过滤,比对GenBank和Rfam数据库,筛选出藏黄牛和宣汉黄牛的差异miRNA,进行功能注释及信号通路富集分析;随机选择8个miRNAs,利用实时荧光定量PCR检测其在心脏组织的表达量,以验证测序数据的准确性。【结果】藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织的高质量读值的序列分别为17 463 446条和13 662 812条,干净读值为16 552 296条和12 055 304条,且在藏黄牛和宣汉黄牛中高质量核酸序列长度富集最多的均是21nt,分别为37.5%和32.1%;且共筛选出219个差异miRNAs,其中... 

【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(08)北大核心CSCD

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【部分图文】：

藏黄牛和宣汉黄牛miRNA的长度分布及频率百分比

图1 藏黄牛和宣汉黄牛miRNA的长度分布及频率百分比KEGG Pathway富集分析结果表明，差异表达mi RNAs靶基因显著富集到MAPK信号通路、m TOR信号通路、轴突导向和胰岛素信号通路等信号通路，图4为其中20条信号通路；在低氧适应相关通路中发现胰岛素信号通路涉及差异表达miRNAs的靶基因135个，m TOR信号通路涉及差异表达mi RNAs的靶基因38个，HIF-1信号通路涉及差异表达mi RNAs的靶基因65个，且有12个靶基因（PIK3C、PIK3R、RP-S6e、EIF4E、MAPK1-3、AKT、RPS6KB、IGF1、mTOR、EIF4EBP1、HIF1A、PRKCG）共同参与胰岛素信号通路、HIF-1信号通路和m TOR信号通路（表5）。

KEGG Pathway富集分析结果表明，差异表达mi RNAs靶基因显著富集到MAPK信号通路、m TOR信号通路、轴突导向和胰岛素信号通路等信号通路，图4为其中20条信号通路；在低氧适应相关通路中发现胰岛素信号通路涉及差异表达miRNAs的靶基因135个，m TOR信号通路涉及差异表达mi RNAs的靶基因38个，HIF-1信号通路涉及差异表达mi RNAs的靶基因65个，且有12个靶基因（PIK3C、PIK3R、RP-S6e、EIF4E、MAPK1-3、AKT、RPS6KB、IGF1、mTOR、EIF4EBP1、HIF1A、PRKCG）共同参与胰岛素信号通路、HIF-1信号通路和m TOR信号通路（表5）。2.4 RT-qPCR验证

【参考文献】：
期刊论文
[1]哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路在心脏发育和重构中作用的研究进展[J]. 刘杰,李景东.  心血管病学进展. 2018(06)
[2]miR-499对缺氧/复氧诱导的心肌细胞凋亡的影响[J]. 岳莹,吕风华,陈玉磊,王卓,司澳洋.  郑州大学学报(医学版). 2018(04)
[3]湖羊羔皮毛囊候选miRNA在不同花纹间的表达与毛囊发育特性关联的研究[J]. 金澄艳,吕晓阳,高雯,王悦,陈炜昊,盛水兴,陈玲,林杰,孙伟.  中国农业科学. 2018(14)
[4]高原适应动物牦牛与普通黄牛肺血管反应性的比较研究[J]. 郭胜祥,刘永年,李景荣,冯宁娜,王丽华.  中国病理生理杂志. 1995(03)

博士论文
[1]MicroRNA-101a通过靶向调控心脏成纤维细胞TGFβRI的表达抑制缺氧诱导的心肌纤维化[D]. 赵欣.华中科技大学 2015

硕士论文
[1]牦牛和黄牛心脏、肺脏组织microRNA转录组的鉴定与差异表达分析[D]. 贺大芳.四川农业大学 2017
[2]miR-378在牛前体脂肪细胞分化的作用与机制[D]. 张阳阳.吉林大学 2014



本文编号：3542705