猪miR-204组织表达与重要靶基因筛选
发布时间：2021-12-18 23:37
基于Illumina Hiseq 4000高通量测序技术筛选得到仔猪感染C型产气荚膜梭菌耐受和易感组中显著上调表达的miR-204。为研究miR-204在各组织中的表达,进一步筛选miR-204参与调控仔猪C型产气荚膜梭菌感染的关键靶基因,采用实时荧光定量PCR方法检测了miR-204在7日龄仔猪各组织中的表达,利用MEGA7.0软件对其成熟体序列保守性进行分析,运用TargetScan、miRDB、PicTar软件进行靶基因预测,并用DAVID软件对靶基因进行Gene Ontology和KEGG Pathway通路富集分析,进一步采用qRT-PCR方法对筛选得到的关键靶基因在猪肠上皮细胞（IPEC-J2）中进行靶向关系验证。结果表明,miR-204在7日龄仔猪肾脏、肝脏、胸腺、淋巴、十二指肠和回肠组织中均高度表达,其成熟体序列在脊椎动物间高度保守。3种软件预测到的共同靶基因有114个,这些靶基因显著（P<0.05）富集在15个GO功能和13个信号通路。结合前期得到的抗性基因,筛选到4个关键靶基因NR3C1、SIRT1、BCL2L2和DLG5,转染miR-204 mimics后,...
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(09)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
miR-204在各组织中的表达分析
表3 不同物种miR-204(5p)成熟体序列Table 3 Mature sequence of miR-204(5p) from multiple species 物种Species 名称Name 登录号Accession No. 序列(5′-3′) Sequence 人 Homo sapiens hsa-miR-204-5p MIMAT0000265 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 猪 Sus scrofa ssc-miR-204 MIMAT0002164 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大鼠 Rattus norvegicus rno-miR-204-5p MIMAT0000877 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 小鼠 Mus musculus mmu-miR-204-5p MIMAT0000237 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 牛 Bos tauru bta-miR-204 MIMAT0004338 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 猕猴 Macaca mulatta mml-miR-204-5p MIMAT0006235 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大猩猩 Gorilla gorilla ggo-miR-204 MIMAT0002536 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 家兔 Oryctolagus cuniculus ocu-miR-204-5p MIMAT0048323 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 鸡 Gallus gallus gga-miR-204 MIMAT0001156 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 鸭嘴兽 Ornithorhynchus anatinus oan-miR-204-5p MIMAT0006841 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU2.4 C型产气荚膜梭菌抗性相关靶基因筛选
表4 靶基因GO功能富集Table 4 Enrichment analysis of target gene GO function GO名称 GO功能 基因数目 P值 GO ID GO term Gene number P-value GO:0045893 转录的正调控 Positive regulation of transcription 7 0.002 GO:0015031 蛋白质转运 Protein transport 4 0.005 GO:2001171 ATP生物合成过程的正调控Positive regulation of ATP biosynthetic process 2 0.013 GO:0032880 蛋白质定位的调节Regulation of protein localization 3 0.016 GO:0032922 基因表达的节律调节Circadian regulation of gene expression 3 0.023 GO:0045944 RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控 8 0.026 Positive regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter GO:0045636 黑色素细胞分化的正调控Positive regulation of melanocyte differentiation 2 0.026 GO:0043517 DNA损伤反应的正调控,p53类介体的信号转导 2 0.033 Positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator GO:0030336 细胞迁移的负调控Negative regulation of cell migration 3 0.033 GO:0007264 小GTP酶介导的信号转导Small GTPase mediated signal transduction 5 0.033 GO:0006355 转录调控Regulation of transcription 7 0.039 GO:0005802 反式高尔基网络trans-Golgi network 4 0.013 GO:0019003 GDP结合GDP binding 4 0.002 GO:0043565 序列特异性DNA结合Sequence-specific DNA binding 7 0.009 GO:0005525 GTP结合GTP binding 6 0.037图4 靶蛋白功能分类
【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-204-5p靶向ZEB1调控EMT途径影响胃癌细胞侵袭转移的机制研究[J]. 马铁军,任利,王燕德. 现代消化及介入诊疗. 2019(10)
[2]外泌体源性oar-miR-10b在绵羊痘病毒感染绵羊睾丸细胞中的动态表达及靶基因的鉴定[J]. 孔贺磊,吴金恩,郑亚东,何贵天,李雅婷,丁军涛. 动物医学进展. 2018(12)
[3]miR-204-5p对结直肠癌细胞增殖、侵袭、迁移及上皮间质转化的影响[J]. 薛无涯,王舰梅,夏天,叶入裴,肖秀丽,龙汉安. 西南医科大学学报. 2018(02)
[4]猪miR-192对DLG5和ALCAM基因的靶向作用关系验证[J]. 孙丽,吴森,吴嘉韵,赵呈祥,吴圣龙,包文斌. 农业生物技术学报. 2017(09)
[5]产肠毒素性大肠杆菌侵染猪肠上皮细胞后DLG5基因的表达变化分析[J]. 吴嘉韵,吴森,戴超辉,吴圣龙,包文斌. 江苏农业科学. 2017(09)
[6]牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析[J]. 郭云涛,张秀秀,苗向阳. 畜牧兽医学报. 2015(11)
[7]猪miR-192/-215的组织表达谱及其关键靶基因分析[J]. 吴正常,殷学梅,孙丽,夏日炜,霍永久,吴圣龙,包文斌. 中国农业科学. 2015(11)
博士论文
[1]LncRNA和mRNA对仔猪C型产气荚膜梭菌腹泻抗性的调控机制研究[D]. 黄晓宇.甘肃农业大学 2018
本文编号：3543369
【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(09)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
miR-204在各组织中的表达分析
表3 不同物种miR-204(5p)成熟体序列Table 3 Mature sequence of miR-204(5p) from multiple species 物种Species 名称Name 登录号Accession No. 序列(5′-3′) Sequence 人 Homo sapiens hsa-miR-204-5p MIMAT0000265 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 猪 Sus scrofa ssc-miR-204 MIMAT0002164 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大鼠 Rattus norvegicus rno-miR-204-5p MIMAT0000877 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 小鼠 Mus musculus mmu-miR-204-5p MIMAT0000237 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 牛 Bos tauru bta-miR-204 MIMAT0004338 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 猕猴 Macaca mulatta mml-miR-204-5p MIMAT0006235 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大猩猩 Gorilla gorilla ggo-miR-204 MIMAT0002536 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 家兔 Oryctolagus cuniculus ocu-miR-204-5p MIMAT0048323 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 鸡 Gallus gallus gga-miR-204 MIMAT0001156 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 鸭嘴兽 Ornithorhynchus anatinus oan-miR-204-5p MIMAT0006841 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU2.4 C型产气荚膜梭菌抗性相关靶基因筛选
表4 靶基因GO功能富集Table 4 Enrichment analysis of target gene GO function GO名称 GO功能 基因数目 P值 GO ID GO term Gene number P-value GO:0045893 转录的正调控 Positive regulation of transcription 7 0.002 GO:0015031 蛋白质转运 Protein transport 4 0.005 GO:2001171 ATP生物合成过程的正调控Positive regulation of ATP biosynthetic process 2 0.013 GO:0032880 蛋白质定位的调节Regulation of protein localization 3 0.016 GO:0032922 基因表达的节律调节Circadian regulation of gene expression 3 0.023 GO:0045944 RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控 8 0.026 Positive regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter GO:0045636 黑色素细胞分化的正调控Positive regulation of melanocyte differentiation 2 0.026 GO:0043517 DNA损伤反应的正调控,p53类介体的信号转导 2 0.033 Positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator GO:0030336 细胞迁移的负调控Negative regulation of cell migration 3 0.033 GO:0007264 小GTP酶介导的信号转导Small GTPase mediated signal transduction 5 0.033 GO:0006355 转录调控Regulation of transcription 7 0.039 GO:0005802 反式高尔基网络trans-Golgi network 4 0.013 GO:0019003 GDP结合GDP binding 4 0.002 GO:0043565 序列特异性DNA结合Sequence-specific DNA binding 7 0.009 GO:0005525 GTP结合GTP binding 6 0.037图4 靶蛋白功能分类
【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-204-5p靶向ZEB1调控EMT途径影响胃癌细胞侵袭转移的机制研究[J]. 马铁军,任利,王燕德. 现代消化及介入诊疗. 2019(10)
[2]外泌体源性oar-miR-10b在绵羊痘病毒感染绵羊睾丸细胞中的动态表达及靶基因的鉴定[J]. 孔贺磊,吴金恩,郑亚东,何贵天,李雅婷,丁军涛. 动物医学进展. 2018(12)
[3]miR-204-5p对结直肠癌细胞增殖、侵袭、迁移及上皮间质转化的影响[J]. 薛无涯,王舰梅,夏天,叶入裴,肖秀丽,龙汉安. 西南医科大学学报. 2018(02)
[4]猪miR-192对DLG5和ALCAM基因的靶向作用关系验证[J]. 孙丽,吴森,吴嘉韵,赵呈祥,吴圣龙,包文斌. 农业生物技术学报. 2017(09)
[5]产肠毒素性大肠杆菌侵染猪肠上皮细胞后DLG5基因的表达变化分析[J]. 吴嘉韵,吴森,戴超辉,吴圣龙,包文斌. 江苏农业科学. 2017(09)
[6]牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析[J]. 郭云涛,张秀秀,苗向阳. 畜牧兽医学报. 2015(11)
[7]猪miR-192/-215的组织表达谱及其关键靶基因分析[J]. 吴正常,殷学梅,孙丽,夏日炜,霍永久,吴圣龙,包文斌. 中国农业科学. 2015(11)
博士论文
[1]LncRNA和mRNA对仔猪C型产气荚膜梭菌腹泻抗性的调控机制研究[D]. 黄晓宇.甘肃农业大学 2018
本文编号：3543369
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