马传染性贫血病毒在马基因组上整合特征的分析
发布时间：2021-12-24 15:00
马传染性贫血病毒（Equine infectious anemia virus,EIAV）与人免疫缺陷病毒（Human immunodeficiency virus,HIV）同属于逆转录病毒科慢病毒属。EIAV是感染马属动物的重要传染病病原和用于慢病毒相关研究的重要模型病毒。上世纪七十年代,中国农业科学院哈尔滨兽医研究所成功研制出EIAV中国弱毒疫苗株。该疫苗株能够诱导马属动物产生良好的免疫保护,是唯一成功大规模应用的慢病毒疫苗株。对于EIAV亲本强毒株致弱过程中的各代次不同毒力的毒株,尤其最终获得的疫苗弱毒株的生物学特性研究,将对研究有效慢病毒疫苗提供借鉴,具有重要的科学意义。前期研究发现,即便宿主的免疫系统受到抑制,该疫苗株仍能保持其稳定的低水平复制,提示是病毒自身的弱化,而不是宿主的免疫系统,是EIAV弱毒疫苗株体内低水平复制的主要原因。逆转录病毒能够将其基因组以前病毒DNA的形式整合到宿主基因组,已有研究提示,前病毒DNA发生整合的宿主基因组环境对病毒的转录和复制有明显影响。EIAV,特别是EIAV中国弱毒疫苗株的宿主基因组整合特性如何?是否与其在宿主体内的低水平复制相关?对这...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
附件
摘要
Abstract
英文缩略表
第一章 引言
1.1 EIAV生物学特征
1.1.1 EIAV的首次发现
1.1.2 EIAV基因组构成
1.1.3 EIAV致病性
1.1.4 EIAV细胞嗜性
1.2 中国EIAV弱毒疫苗株的致弱路线
1.3 逆转录病毒的生活周期
1.3.1 逆转录病毒生活周期中的早期阶段
1.3.2 整合酶在病毒生活周期中的重要性
1.4 整合酶结构
1.4.1 N末端区域
1.4.2 催化核心
1.4.3 C末端区域
1.5 整合机制
1.5.1 病毒DNA 3'-端的处理和链的转移反应
1.5.2 宿主基因组上病毒插入位点的缺.修复
1.6 整合前复合物
1.6.1 病毒蛋白
1.6.2 宿主细胞蛋白
1.7 逆转录病毒在宿主基因组水平上整合位点的选择特征
1.7.1 靶向整合的DNA序列及结构
1.7.2 基因组水平上的整合靶向研究
1.8 逆转录病毒整合位点选择特征差异的机制
1.8.1 LEDGF/p75决定着HIV-1 的靶向整合
1.8.2 BET蛋白决定着MLV的靶向整合
1.9 逆转录病毒在基因组上发生整合的后果
1.9.1 潜伏（以HIV-1 感染为例）
1.9.2 插入突变 (以逆转录病毒基因治疗载体为例)
1.10本研究目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 细胞与病毒
2.1.2 质粒与菌株
2.1.3 试剂
2.1.4 仪器
2.1.5 耗材
2.1.6 引物
2.2 实验方法
2.2.1 马单核细胞分化而来的巨噬细胞及马胎皮肤细胞的培养及感染
2.2.2 细胞DNA的小量提取
2.2.3 病毒RNA的提取
2.2.4 反转录及病毒载量测定
2.2.5 构建病毒整合文库
2.2.6 PCR扩增病毒整合文库
2.2.7 胶回收
2.2.8 TA克隆与细菌转化试验
2.2.9 阳性克隆的鉴定及测序
2.2.10序列分析
2.2.11统计学分析
2.2.12序列登录号
第三章 弱毒疫苗株EIAVFDDV13在马基因组上的整合定位及特征
3.1 EIAVFDDV13在马胎皮肤细胞中的生长曲线
3.2 该研究中所使用的整合位点数据集
3.3 EIAVFDDV13前病毒的染色体分布
3.4 EIAVFDDV13前病毒在基因内的整合频率
3.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
3.6 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
3.7 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与重复元素的相关性
3.8 整合有EIAVFDDV13前病毒宿主基因的GO分析
小结
第四章 弱毒疫苗株EIAVDLV121在马基因组上的整合定位及特征
4.1 EIAVDLV121在马巨噬细胞中的生长曲线
4.2 该研究中所使用的整合位点数据集
4.3 EIAVDLV121前病毒的染色体分布
4.4 EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较
4.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
4.6 EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
4.7 EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性
4.8 整合有EIAVDLV121前病毒宿主基因的GO分析
小结
第五章 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马基因组上整合位点选择特征比较
5.1 在马巨噬细胞中，EIAVDLV34和EIAVDLV121的生长曲线
5.2 该章所使用的数据集
5.3 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马染色体上的分布
5.4 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较
5.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
5.6 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
5.7 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性
5.8 整合有EIAV前病毒宿主基因的GO分析
小结
第六章 讨论
第七章 全文结论
参考文献
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株致弱过程中不同代次病毒LTR的进化分析[J]. 王雪峰,杨彬,韩秀娥,林跃智,姜成刚,吕晓玲,赵利平,周建华,王凤龙. 中国预防兽医学报. 2010(12)
[2]马传染性贫血病毒白细胞弱毒疫苗株及其亲本毒驴强毒株前病毒基因组比较分析[J]. 王雪峰,姜成刚,郭巍,项伟,吕晓玲,赵立平,王凤龙,孔宪刚,张晓燕,邵一鸣,周建华. 病毒学报. 2008(06)
[3]马传染性贫血病免疫的研究[J]. 沈荣显,徐振东,何云生,张盛兴. 中国农业科学. 1979(04)
本文编号：3550695
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
附件
摘要
Abstract
英文缩略表
第一章 引言
1.1 EIAV生物学特征
1.1.1 EIAV的首次发现
1.1.2 EIAV基因组构成
1.1.3 EIAV致病性
1.1.4 EIAV细胞嗜性
1.2 中国EIAV弱毒疫苗株的致弱路线
1.3 逆转录病毒的生活周期
1.3.1 逆转录病毒生活周期中的早期阶段
1.3.2 整合酶在病毒生活周期中的重要性
1.4 整合酶结构
1.4.1 N末端区域
1.4.2 催化核心
1.4.3 C末端区域
1.5 整合机制
1.5.1 病毒DNA 3'-端的处理和链的转移反应
1.5.2 宿主基因组上病毒插入位点的缺.修复
1.6 整合前复合物
1.6.1 病毒蛋白
1.6.2 宿主细胞蛋白
1.7 逆转录病毒在宿主基因组水平上整合位点的选择特征
1.7.1 靶向整合的DNA序列及结构
1.7.2 基因组水平上的整合靶向研究
1.8 逆转录病毒整合位点选择特征差异的机制
1.8.1 LEDGF/p75决定着HIV-1 的靶向整合
1.8.2 BET蛋白决定着MLV的靶向整合
1.9 逆转录病毒在基因组上发生整合的后果
1.9.1 潜伏（以HIV-1 感染为例）
1.9.2 插入突变 (以逆转录病毒基因治疗载体为例)
1.10本研究目的和意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 细胞与病毒
2.1.2 质粒与菌株
2.1.3 试剂
2.1.4 仪器
2.1.5 耗材
2.1.6 引物
2.2 实验方法
2.2.1 马单核细胞分化而来的巨噬细胞及马胎皮肤细胞的培养及感染
2.2.2 细胞DNA的小量提取
2.2.3 病毒RNA的提取
2.2.4 反转录及病毒载量测定
2.2.5 构建病毒整合文库
2.2.6 PCR扩增病毒整合文库
2.2.7 胶回收
2.2.8 TA克隆与细菌转化试验
2.2.9 阳性克隆的鉴定及测序
2.2.10序列分析
2.2.11统计学分析
2.2.12序列登录号
第三章 弱毒疫苗株EIAVFDDV13在马基因组上的整合定位及特征
3.1 EIAVFDDV13在马胎皮肤细胞中的生长曲线
3.2 该研究中所使用的整合位点数据集
3.3 EIAVFDDV13前病毒的染色体分布
3.4 EIAVFDDV13前病毒在基因内的整合频率
3.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
3.6 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
3.7 EIAVFDDV13前病毒整合靶向与重复元素的相关性
3.8 整合有EIAVFDDV13前病毒宿主基因的GO分析
小结
第四章 弱毒疫苗株EIAVDLV121在马基因组上的整合定位及特征
4.1 EIAVDLV121在马巨噬细胞中的生长曲线
4.2 该研究中所使用的整合位点数据集
4.3 EIAVDLV121前病毒的染色体分布
4.4 EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较
4.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
4.6 EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
4.7 EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性
4.8 整合有EIAVDLV121前病毒宿主基因的GO分析
小结
第五章 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马基因组上整合位点选择特征比较
5.1 在马巨噬细胞中，EIAVDLV34和EIAVDLV121的生长曲线
5.2 该章所使用的数据集
5.3 EIAVDLV34和EIAVDLV121在马染色体上的分布
5.4 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒在基因内的整合频率及比较
5.5 整合位点周围 40 BP范围内各位点的碱基频率
5.6 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与基因组特征的相关性
5.7 EIAVDLV34和EIAVDLV121前病毒整合靶向与重复元素的相关性
5.8 整合有EIAV前病毒宿主基因的GO分析
小结
第六章 讨论
第七章 全文结论
参考文献
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株致弱过程中不同代次病毒LTR的进化分析[J]. 王雪峰,杨彬,韩秀娥,林跃智,姜成刚,吕晓玲,赵利平,周建华,王凤龙. 中国预防兽医学报. 2010(12)
[2]马传染性贫血病毒白细胞弱毒疫苗株及其亲本毒驴强毒株前病毒基因组比较分析[J]. 王雪峰,姜成刚,郭巍,项伟,吕晓玲,赵立平,王凤龙,孔宪刚,张晓燕,邵一鸣,周建华. 病毒学报. 2008(06)
[3]马传染性贫血病免疫的研究[J]. 沈荣显,徐振东,何云生,张盛兴. 中国农业科学. 1979(04)
本文编号：3550695
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