感染H5N1亚型高致病性禽流感鸡和鸭的microRNA表达谱和T细胞受体基因的差异
发布时间：2021-12-31 09:22
H5N1亚型高致病性禽流感（HPAIV）在过去十几年的爆发和流行为养禽业和公共卫生造成了巨大的威胁。鸡和鸭对H5N1亚型禽流感的易感性表现出巨大的差异，鸡感染后死亡率极高，而鸭作为禽流感病毒的自然储存宿主仅仅表现出微弱的症状或没有症状。大量的研究多集中在流感病毒的演化、宿主适应性和疫苗研制，很少有研究关注着两个物种不同易感性的机制。我们的研究总体上分为两部分：研究感染禽流感后鸡和鸭免疫器官miRNA的表达差异和T细胞受体基因的差异。（1）应用高通量测序技术和生物信息学方法，我们分析了鸡和鸭感染HPAIV后脾脏、胸腺和法氏囊的miRNA。首先，使用miRDeep程序包，我们对鸭miRNA进行了注释，分别得到了486个和262个鸡和鸭成熟miRNA，这262个鸭miRNA属于83个miRNA家族（miRBase中128个鸡的miRNA家族）。其次，比较了鸡和鸭免疫器官miRNA的表达差异，结果表明，鸡和鸭免疫器官的保守miRNA的表达水平有较大的差异，而且这种差异具有组织特异性。第三，对鸡和鸭所有组织miRNA相对表达量进行了聚类和相关分析，结果表明，鸡感染HPAIV后免疫器官差异表达的m...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：134 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
总RNA电泳图（部分样品）
图 1.3 所有样本数据中 miRNA 的 read 数的比例，miRNA 比例的范围 42.05%-94.12%（中位数 88.71%）。Figure 1.3 Percentage of miRNA reads in all libraries. miRNAs account for 42.05% to94.12% of sequencing reads (median 88.71%).1.2.3 鸡和鸭 miRNA 的注释1.2.3.1 基于保守性预测鸭 miRNA由于 miRBase (version 20) 没有收录鸭 miRNA，我们在分析鸭 miRNA 的表达之前，需首先对鸭的基因组进行注释。一般注释 miRNA 的方法有三种：miRNA克隆测序、基于演化保守性的生物信息学预测和高通量测序结合生物信息学分析。从NCBI下载鸭的基因组scaffolds，从miRBase (v20) 下载所有物种的miRNA发夹序列，选择所有非脊椎动物和脊椎动物的序列，应用 BLAST 2.2.29+独立程序，将 miRNA 发夹序列比对到鸭基因组。我们保留 identiy >80%和 e-value<10-5[170]
图 1.4 miRDeep2 预测的 apla-mir-363 图示，左上方显示的是 miRDeep2 得分及成熟 miRNA、环和 star 臂的 read 数，右上方是 miRNA 二级结构，下方是比对到前体序列的 read 分布。miRBase 中没有 mir-363，我们在鸡和鸭所有的样本中都检测到 mir-363。Figure 1.4 A graphic illustration of apla-mir-363 predicted by miRDeep2. The upperleft table shows the miRDeep2 Scores and reads count for the mature, loop and stararms. The upper right is the structure. The lower part is the distribution of readsmapped to the precursor sequence. Chicken mir-363 was absent from miRBase. Weidentified existence of both chicken and duck mir-363 in all the libraries.38
本文编号：3560009
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：134 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
总RNA电泳图（部分样品）
图 1.3 所有样本数据中 miRNA 的 read 数的比例，miRNA 比例的范围 42.05%-94.12%（中位数 88.71%）。Figure 1.3 Percentage of miRNA reads in all libraries. miRNAs account for 42.05% to94.12% of sequencing reads (median 88.71%).1.2.3 鸡和鸭 miRNA 的注释1.2.3.1 基于保守性预测鸭 miRNA由于 miRBase (version 20) 没有收录鸭 miRNA，我们在分析鸭 miRNA 的表达之前，需首先对鸭的基因组进行注释。一般注释 miRNA 的方法有三种：miRNA克隆测序、基于演化保守性的生物信息学预测和高通量测序结合生物信息学分析。从NCBI下载鸭的基因组scaffolds，从miRBase (v20) 下载所有物种的miRNA发夹序列，选择所有非脊椎动物和脊椎动物的序列，应用 BLAST 2.2.29+独立程序，将 miRNA 发夹序列比对到鸭基因组。我们保留 identiy >80%和 e-value<10-5[170]
图 1.4 miRDeep2 预测的 apla-mir-363 图示，左上方显示的是 miRDeep2 得分及成熟 miRNA、环和 star 臂的 read 数，右上方是 miRNA 二级结构，下方是比对到前体序列的 read 分布。miRBase 中没有 mir-363，我们在鸡和鸭所有的样本中都检测到 mir-363。Figure 1.4 A graphic illustration of apla-mir-363 predicted by miRDeep2. The upperleft table shows the miRDeep2 Scores and reads count for the mature, loop and stararms. The upper right is the structure. The lower part is the distribution of readsmapped to the precursor sequence. Chicken mir-363 was absent from miRBase. Weidentified existence of both chicken and duck mir-363 in all the libraries.38
本文编号：3560009
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