猪hnRNPUL1基因克隆及变异剪接体鉴定

发布时间：2021-12-31 15:05

　　旨在克隆民猪hnRNPUL1基因全长编码区（complete coding sequence, CDS）序列并进行可变剪接分析,研究其组织表达和亚细胞定位情况。本研究以3头3月龄民猪为试验材料,利用RT-PCR技术克隆hnRNPUL1基因CDS及可变剪接体,应用qRT-PCR检测其在心、肝、脾、肺、肾、胃、大肠、小肠、背肌、腿肌等组织中的表达情况,同时,在生物信息学预测的基础上,通过融合表达绿色荧光蛋白的方法鉴定核定位序列。研究结果表明,猪hnRNPUL1基因（GenBank accession No.:MN399154） CDS全长2 580 bp,预期编码的多肽链存在着hnRNPs家族的特征性结构域——SAP、SPRY和AAA;猪hnRNPUL1普遍表达于所检测的各组织中,其中在脾脏中表达量最高,在腿肌中表达量最低;核定位序列（NLS）位于多肽链的133～430 aa处,与生物学信息学预测的结果存在着偏差;同时获得了2个变异剪接体和11种可变剪接片段。本研究结果对进一步揭示猪hnRNPUL1基因功能及转录调控机制提供了基础。 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(03)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

猪hnRNPUL1核苷酸序列

猪hnRNPUL1组织表达谱

通过RT-PCR和克隆、测序获得了猪hnRNPUL1的全长编码区序列,长度为2 580 bp(图1、图2),预期编码859个氨基酸残基的多肽链,分子量为98.06 ku,等电点为8.26,平均亲水性为-0.986(亲水性)。其与人(NP_008971.2)、鼠(NP_659171.1)、牛(NP_001076935.1)hnRNPUL1蛋白的同源性分别为96.97%、89.56%、95.47%。利用SMART程序预测,发现其存在着SAP、SPRY和AAA结构域,分别位于多肽链的3～37、257～390和426～571 aa处。通过BLAT程序(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat)分析,确定其含有15个外显子。利用核定位序列预测软件发现,在多肽链的2～30和498～507 aa处存在2个核定位序列(nuclear location sequence, NLS)。将该序列已经提交到GenBank数据库得到序列登录号:MN399154。图2 猪hnRNPUL1核苷酸序列

【参考文献】：
期刊论文
[1]变异剪接体的结构、功能及其在疾病治疗中的应用[J]. 谢玉霜,包永芬,白育庭,单士刚,杨军.  生命的化学. 2019(04)
[2]版纳微型猪近交系CMAH基因克隆及亚细胞定位研究[J]. 张霞,宋雪,王配,王淑燕,霍海龙,潘伟荣,李罗刚,曾日彬,霍金龙.  河北农业大学学报. 2019(03)
[3]猪PKM2基因的序列分析与组织表达及亚细胞定位[J]. 赵为民,涂枫,方晓敏,王学敏,付言峰,李碧侠,周李生,任守文.  湖南农业大学学报(自然科学版). 2019(01)
[4]有氧运动影响低密度脂蛋白受体pre-mRNA的选择性剪接及组蛋白修饰机制研究[J]. 赵晋枫,武宝爱.  山东体育学院学报. 2018(06)
[5]不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因剪接体类型研究[J]. 张天,李祥龙,周荣艳,李兰会.  畜牧兽医学报. 2015(11)
[6]猪PILRA基因克隆及变异剪接体鉴定[J]. 李利族,韩丽鑫,王金奎,汪亮,刘娣,杨秀芹.  遗传. 2015(09)
[7]猪Fosl2基因克隆、结构预测及其mRNA发育性表达变化[J]. 范兴兴,李新建,李改英,郭吉利,韩雪蕾,吕刚,任广志.  畜牧兽医学报. 2015(02)
[8]两种存活蛋白变异剪接体在HeLa细胞中的表达定位及相互作用[J]. 邵红伟,张文峰,胡青莲,黄树林.  中国生物化学与分子生物学报. 2009(12)



本文编号：3560475