龙江和牛瘤胃微生物分离鉴定及多样性分析
发布时间：2022-01-02 00:51
反刍动物瘤胃微生物群落的丰度变化与机体的许多表型都有关系,包括饲料效率、疾病状态、甲烷排放以及机体的免疫功能。研究瘤胃微生物与机体表型之间的关系是目前反刍动物的一个研究热点。本研究通过高通量测序技术探索龙江和牛瘤胃微生物的组成,并利用培养组学技术对瘤胃微生物菌群进行分离鉴定,将培养组学技术与高通量测序技术相结合,分析龙江和牛瘤胃中细菌群落的组成,初步建立龙江和牛瘤胃微生物菌群库。实验所用的瘤胃内容物均采自黑龙江省齐齐哈尔市龙江县某商业化龙江和牛屠宰场。共无菌采集5头自然生长状态下的健康雄性龙江和牛瘤胃内容物,分别提取瘤胃内容物菌群的总DNA,通过高通量测序技术,针对16S rDNA的V3-V4区进行测序分析,总共鉴定出37个细菌纲,其中占90%以上DNA序列的细菌纲有7种,包括拟杆菌纲（Bacteroi dia 38.22%-45.39%）、梭菌纲（Clostridia30.31%-34.88%）、厚壁菌纲（Negativicutes 7.21%-10.06%）、未分类菌纲（unclassified 4.72%-10.72%）、丹毒丝菌纲（Erysipelotrichia0.42%-2...
【文章来源】：黑龙江八一农垦大学黑龙江省
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
细菌扩增16SrDNA结果
（Citrobacter2株0.64％；不同菌种：布氏柠檬酸杆菌）；棒状杆菌属（Corynebacterium1株0.32％；不同菌种：干燥棒杆菌）；梭菌属（Fusobacterium1株0.32％；不同菌种：变形梭杆菌）；考克氏菌属（Kocuria1株0.32%；不同菌种：考克氏菌）；细杆菌属（Microbacterium1株0.32%；不同菌种：细杆菌）；光岗菌属（Mitsuokella2株0.64%）；丙酸杆菌属（Propionibacterium2株0.64%；不同菌种：痤疮丙酸杆菌）；沙雷氏菌属（Serratia1株0.32%；不同菌种：粘质沙雷氏菌）；未分类芽胞杆菌科1（unclassified_Bacillaceae11株0.32％）。图2-2扩繁后的细菌菌属分布图Fig.2-2DistributionofBacteriaafterExpansion注：不同颜色代表不同菌属，包括肠球菌属（Enterococcus161株51.27％），芽孢杆菌属（bacillus28株8.92％），不动杆菌属（Acinetobacter26株8.28%），变形杆菌属（Proteus23株7.32％），葡萄球菌属（Staphylococcus22株7.01％），梭菌属（Clostridium19株6.05％），狭义梭菌属（Clostridiumsensustricto2株0.64％），氨基酸球菌属（Acidaminococcus6株1.91%），大肠杆菌/志贺菌（Escherichia/Shigella5株1.59％），短杆菌属（Bravibacterium3株0.96％），链球菌属（Streptococcus4株1.27％），气球菌属（Aerococcus2株0.64％），柠檬酸杆菌属（Citrobacter2株0.64％），棒状杆菌属（Corynebacterium1株0.32％），梭菌属（Fusobacterium1株0.32％），考克氏菌属（Kocuria1株0.32%），细杆菌属（Microbacterium1株0.32%），光岗菌属（Mitsuokella2株0.64%），丙酸杆菌属（Propionibacterium2株0.64%），沙雷氏菌属（Serratia1株0.32%），未分类芽胞杆菌科1（unclassified_Bacillaceae1株0.32％）。
龙江和牛瘤胃微生物分离鉴定及多样性分析142.4.3不同菌种及不同基因型的系统进化树分析已被测序鉴定完毕的细菌归类为4个门，6个纲，9个目，20个科，21个属，52个种，其中不同基因型159种，筛选已被分离鉴定出来的所有菌种和有价值的基因型，并将这些序列通过MEGA6软件系统建树分析，结果呈现在图2-3中。图2-3菌种系统进化树发育性分析Fig.2-3PhylogeneticTreeDevelopmentAnalysisofStrains注：共52个菌种：双酶梭菌（Clostridiumbifermentans）、发酵氨基酸球菌（Acidaminococcusfermentans）、约氏不动杆菌（Acinetobacterjohnsonii）、鲁氏不动杆菌（Acinetobacterlwoffii）、不动杆菌属（Acinetobactersp）、气球菌属（Aerococcussp）、海洋细菌（Aerococcusurinaeequi）、高地芽孢杆菌（Bacillusaltitudinis）、蜡状芽孢杆菌（Bacilluscereus）、环状芽孢杆菌（Bacilluscirculans）、坚强芽孢杆菌（Bacillusfirmus）、地衣芽孢杆菌（Bacilluslicheniformis）、海泥芽胞杆菌（Bacillusoceanisediminis）、芽孢杆菌（Bacillusoryzaecorticis）、短小芽孢杆菌（Bacilluspumilus）、芽孢杆菌（Bacillussafensis）、枯草芽孢杆菌（Bacillussubtilis）、苏云金芽孢杆菌（Bacillusthuringiensis）、地衣芽孢菌株（Bacilluslicheniformis）、短状杆菌（Brachybacterium）、亚麻短杆菌（Brevibacteriumlinens）、短杆菌（Brevibacterium）、布氏柠檬酸杆菌（Citrobacterbraakii）、梭菌（Clostridium）、产芽胞梭状芽胞杆菌（Clostridiumsporogenes）、棒状杆菌干燥株（Corynebacteriumxerosis）、阪崎肠杆菌（Cronobactersakazakii）、痤疮角质层细菌株（Cutibacteriumacnes）、肠球菌科细菌株（Enterococcaceaebacterium）、肠球菌（Enterococcusavium?
【参考文献】：
期刊论文
[1]氟哌噻吨美利曲辛片联合山莨菪碱片与地衣芽孢杆菌对肠易激综合征患者心理状态的影响和临床疗效观察[J]. 张唐芬,刘功松,尹梦蝶. 当代医学. 2020(06)
[2]基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究[J]. 吴琼,王思珍,张适,张丽媛,胡宗福,尤欢,牛化欣. 畜牧与兽医. 2020(01)
[3]利用微生物杀菌剂防治马铃薯黄萎病[J]. 鹿秀云,赵卫松,白颖,马丽,张丽红,商俊燕,苏振贺,郭庆港,张晓云,王培培,闫磊,马平,李社增. 中国生物防治学报. 2020(02)
[4]瘤胃微生物培养组学研究及Hungate1000计划项目进展[J]. 綦世金,桂干北,曾泽,钱玺丞,张华琦. 农技服务. 2019(12)
[5]Effects of live yeast on differential genetic and functional attributes of rumen microbiota in beef cattle[J]. Ibukun M.Ogunade,Jerusha Lay,Kenneth Andries,Christina J.Mc Manus,Frederick Bebe. Journal of Animal Science and Biotechnology. 2019(04)
[6]枯草芽胞杆菌262XY2x对马铃薯炭疽病的预防效果较好[J]. 郑庆伟. 农药市场信息. 2019(23)
[7]枯草芽胞杆菌262XY2x对马铃薯炭疽病的预防效果较好[J]. 郑庆伟. 农药市场信息. 2019 (23)
[8]酿酒酵母和地衣芽孢杆菌对绵羊瘤胃体外发酵的影响[J]. 郑玮才,郝小燕,张春香,项斌伟,张文佳,温灏宇,张建新. 中国畜牧兽医. 2019(11)
[9]浅谈地衣芽孢杆菌在畜禽上的应用[J]. 郭浩,曹忠辉,王林庚. 江西畜牧兽医杂志. 2019(05)
[10]瘤胃微生物宏组学分析及研究进展[J]. 盖叶顶,王后福,王淑玲,矣国,李鹏飞,杨仁辉,周荣康,杨振,成潇,冷静. 中国畜牧杂志. 2020(03)
本文编号：3563141
【文章来源】：黑龙江八一农垦大学黑龙江省
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
细菌扩增16SrDNA结果
（Citrobacter2株0.64％；不同菌种：布氏柠檬酸杆菌）；棒状杆菌属（Corynebacterium1株0.32％；不同菌种：干燥棒杆菌）；梭菌属（Fusobacterium1株0.32％；不同菌种：变形梭杆菌）；考克氏菌属（Kocuria1株0.32%；不同菌种：考克氏菌）；细杆菌属（Microbacterium1株0.32%；不同菌种：细杆菌）；光岗菌属（Mitsuokella2株0.64%）；丙酸杆菌属（Propionibacterium2株0.64%；不同菌种：痤疮丙酸杆菌）；沙雷氏菌属（Serratia1株0.32%；不同菌种：粘质沙雷氏菌）；未分类芽胞杆菌科1（unclassified_Bacillaceae11株0.32％）。图2-2扩繁后的细菌菌属分布图Fig.2-2DistributionofBacteriaafterExpansion注：不同颜色代表不同菌属，包括肠球菌属（Enterococcus161株51.27％），芽孢杆菌属（bacillus28株8.92％），不动杆菌属（Acinetobacter26株8.28%），变形杆菌属（Proteus23株7.32％），葡萄球菌属（Staphylococcus22株7.01％），梭菌属（Clostridium19株6.05％），狭义梭菌属（Clostridiumsensustricto2株0.64％），氨基酸球菌属（Acidaminococcus6株1.91%），大肠杆菌/志贺菌（Escherichia/Shigella5株1.59％），短杆菌属（Bravibacterium3株0.96％），链球菌属（Streptococcus4株1.27％），气球菌属（Aerococcus2株0.64％），柠檬酸杆菌属（Citrobacter2株0.64％），棒状杆菌属（Corynebacterium1株0.32％），梭菌属（Fusobacterium1株0.32％），考克氏菌属（Kocuria1株0.32%），细杆菌属（Microbacterium1株0.32%），光岗菌属（Mitsuokella2株0.64%），丙酸杆菌属（Propionibacterium2株0.64%），沙雷氏菌属（Serratia1株0.32%），未分类芽胞杆菌科1（unclassified_Bacillaceae1株0.32％）。
龙江和牛瘤胃微生物分离鉴定及多样性分析142.4.3不同菌种及不同基因型的系统进化树分析已被测序鉴定完毕的细菌归类为4个门，6个纲，9个目，20个科，21个属，52个种，其中不同基因型159种，筛选已被分离鉴定出来的所有菌种和有价值的基因型，并将这些序列通过MEGA6软件系统建树分析，结果呈现在图2-3中。图2-3菌种系统进化树发育性分析Fig.2-3PhylogeneticTreeDevelopmentAnalysisofStrains注：共52个菌种：双酶梭菌（Clostridiumbifermentans）、发酵氨基酸球菌（Acidaminococcusfermentans）、约氏不动杆菌（Acinetobacterjohnsonii）、鲁氏不动杆菌（Acinetobacterlwoffii）、不动杆菌属（Acinetobactersp）、气球菌属（Aerococcussp）、海洋细菌（Aerococcusurinaeequi）、高地芽孢杆菌（Bacillusaltitudinis）、蜡状芽孢杆菌（Bacilluscereus）、环状芽孢杆菌（Bacilluscirculans）、坚强芽孢杆菌（Bacillusfirmus）、地衣芽孢杆菌（Bacilluslicheniformis）、海泥芽胞杆菌（Bacillusoceanisediminis）、芽孢杆菌（Bacillusoryzaecorticis）、短小芽孢杆菌（Bacilluspumilus）、芽孢杆菌（Bacillussafensis）、枯草芽孢杆菌（Bacillussubtilis）、苏云金芽孢杆菌（Bacillusthuringiensis）、地衣芽孢菌株（Bacilluslicheniformis）、短状杆菌（Brachybacterium）、亚麻短杆菌（Brevibacteriumlinens）、短杆菌（Brevibacterium）、布氏柠檬酸杆菌（Citrobacterbraakii）、梭菌（Clostridium）、产芽胞梭状芽胞杆菌（Clostridiumsporogenes）、棒状杆菌干燥株（Corynebacteriumxerosis）、阪崎肠杆菌（Cronobactersakazakii）、痤疮角质层细菌株（Cutibacteriumacnes）、肠球菌科细菌株（Enterococcaceaebacterium）、肠球菌（Enterococcusavium?
【参考文献】：
期刊论文
[1]氟哌噻吨美利曲辛片联合山莨菪碱片与地衣芽孢杆菌对肠易激综合征患者心理状态的影响和临床疗效观察[J]. 张唐芬,刘功松,尹梦蝶. 当代医学. 2020(06)
[2]基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究[J]. 吴琼,王思珍,张适,张丽媛,胡宗福,尤欢,牛化欣. 畜牧与兽医. 2020(01)
[3]利用微生物杀菌剂防治马铃薯黄萎病[J]. 鹿秀云,赵卫松,白颖,马丽,张丽红,商俊燕,苏振贺,郭庆港,张晓云,王培培,闫磊,马平,李社增. 中国生物防治学报. 2020(02)
[4]瘤胃微生物培养组学研究及Hungate1000计划项目进展[J]. 綦世金,桂干北,曾泽,钱玺丞,张华琦. 农技服务. 2019(12)
[5]Effects of live yeast on differential genetic and functional attributes of rumen microbiota in beef cattle[J]. Ibukun M.Ogunade,Jerusha Lay,Kenneth Andries,Christina J.Mc Manus,Frederick Bebe. Journal of Animal Science and Biotechnology. 2019(04)
[6]枯草芽胞杆菌262XY2x对马铃薯炭疽病的预防效果较好[J]. 郑庆伟. 农药市场信息. 2019(23)
[7]枯草芽胞杆菌262XY2x对马铃薯炭疽病的预防效果较好[J]. 郑庆伟. 农药市场信息. 2019 (23)
[8]酿酒酵母和地衣芽孢杆菌对绵羊瘤胃体外发酵的影响[J]. 郑玮才,郝小燕,张春香,项斌伟,张文佳,温灏宇,张建新. 中国畜牧兽医. 2019(11)
[9]浅谈地衣芽孢杆菌在畜禽上的应用[J]. 郭浩,曹忠辉,王林庚. 江西畜牧兽医杂志. 2019(05)
[10]瘤胃微生物宏组学分析及研究进展[J]. 盖叶顶,王后福,王淑玲,矣国,李鹏飞,杨仁辉,周荣康,杨振,成潇,冷静. 中国畜牧杂志. 2020(03)
本文编号：3563141
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