两广地区3株猪非典型瘟病毒的流行及遗传演化分析

发布时间：2022-01-11 04:06

　　为了解我国两广地区猪非典型瘟病毒（APPV）的流行及变异情况,本研究于2017年～2018年从该地区的两个规模化养殖场采集了10份患先天性震颤仔猪的各组织病料样品,利用RT-PCR进行APPV检测,挑选3份阳性样品进行该病毒的开放阅读框（ORF）基因序列的RT-PCR扩增、测序,并对ORF基因、该基因包含的E2和P7基因进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析及该3种基因的遗传进化分析。结果显示,10份病料样品均为APPV阳性,采用RT-PCR分段扩增获得3株APPV的ORF基因全长序列。ORF基因序列分析显示,3株APPV之间的核苷酸同源性为81.6%～99.8%,与41株中国株的同源性为80.8%～99.3%,与19株国外参考株的同源性为81.3%～91.1%;E2和P7基因的同源性分析结果与ORF基因同源性分析结果一致。ORF、E2和P7基因的遗传进化树显示,广西猪场分离的GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型,而广东猪场分离的GD-CT4株属于基因3型。上述结果表明3株APPV与中国株的亲缘关系更近,两广地区的APPV基因型呈现地域差异性,本研究有助于了解APPV在中国的流行情况... 

【文章来源】：中国预防兽医学报. 2020,42(09)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

APPV E2基因（A）和P7基因（B）的遗传进化树

P7基因编码病毒孔蛋白，该蛋白可以运输离子和其它分子通过宿主细胞膜，有助于病毒进入细胞及其在细胞中的成熟[2]。APPV P7基因的同源性分析结果显示，3株APPV与60株参考株的核苷酸序列的同源性为74.5%～100%，氨基酸序列的同源性为61.3%～100%。3株APPV均与四川SWU-ZH株（MH499647)P7基因氨基酸序列同源性最低（<70%）（图2B）。猪瘟病毒（Classical swine fever virus,CS-FV）的P7蛋白与毒力相关[8],APPV的P7蛋白变异是否会影响APPV的毒力还需进一步研究。为了进一步确定经ORF基因鉴定的APPV的基因分型结果，本研究对APPV的E2和P7基因进行了遗传进化分析。E2和P7基因的遗传进化树结果均显示，GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型且与基因1型的2株广西株（MH715893、KY652092）、1株四川株（MH499645）、1株云南株（MH499646）和1株贵州株（KY475592）聚为一个分支；而GD-CT4株属于基因3型，与基因3型的3株广东株（MH493894、MH493895、MH493896）聚为一个分支。63株APPV在E2和P7基因的遗传进化树中的分型结果与ORF基因序列分型结果基本一致，这表明当前所有已鉴定的APPV可分为3个基因型，分别是基因1型、2型和3型。


本文编号：3582054