番鸭繁殖相关性状的转录组分析

发布时间：2022-01-16 04:37

　　番鸭是优良的瘦肉型肉鸭,但由于就巢性强,繁殖力低的原因在一定程度上影响了它的养殖效益。转录组深度测序技术（RNA-Seq）是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录组分析的技术,这为深入研究禽类繁殖相关基因提供了一个更高的平台。本研究以就巢期和产蛋期的番鸭为材料,利用Illumina HiSeqTM2500对下丘脑、垂体、卵巢三种组织的混合样品进行RNA-seq测序。得到如下结论：1.通过对构建的2个cDNA文库进行测序,每个文库获得超过2百万条高质量的序列信息,共得到约10.87 Gb的数据量。获得了总长度约为8752.11Mb,平均长度为202 bp的序列。每个样本均有50%以上的序列可以比对到参考基因组上。2.对基因的表达量分析后发现：就巢状态与产蛋状态下的差异表达基因有1459个,上调表达635个,下调表达824个。与公共数据库NR、Swiss-Pro、KEGG、COG、和GO的Blast比对,1382个差异表达转录本得到功能注释,占总数的94.72%。其中1382个Unigene与NR数据库有同源比对信息,439个Unigene能够注释到COG的25个功能类别上,1308个Un... 

【文章来源】：福建农林大学福建省

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1 家禽就巢机制和产蛋性能研究进展
        1.1 家禽就巢和产蛋内分泌机理
        1.2 家禽就巢和产蛋的分子水平研究
    2 转录组及测序技术进展
        2.1 转录组和转录组学
        2.2 基因测序技术
            2.2.1 第一代测序技术
            2.2.2 第二代测序技术
            2.2.3 第三代测序技术
        2.3 RNA-seq技术
            2.3.1 RNA-seq技术的优势
            2.3.2 RNA-seq技术的流程
        2.4 高通量测序技术在畜禽领域的应用
    3 本课题研究的目的及意义
第二章 就巢期与产蛋期番鸭组织RNA-seq
    1 引言
    2 试验材料与方法
        2.1 试验材料
        2.2 主要仪器
        2.3 试验方法
            2.3.1 样品RNA的提取
            2.3.2 RNA样品的检测
            2.3.3 cDNA文库的制备
            2.3.4 Illumina HiSeq~(TM) 2500测序
            2.3.5 原始数据的处理与初步分析
            2.3.6 测序数据的深度分析
    3. 结果与分析
        3.1 RNA的质量检测
        3.2 原始数据的处理与初步分析
            3.2.1 测序质量值分布检查
            3.2.2 碱基分布检查
            3.2.3 测序产量统计与评估
            3.2.4 测序数据与参考基因组的比对及随机性评估
        3.3 基因表达分析
            3.3.1 基因表达定量
            3.3.2 不同样品表达量比对
        3.4 差异表达分析
            3.4.1 差异表达筛选
            3.4.2 差异表达基因统计
            3.4.3 差异表达基因聚类分析
        3.5 基因功能注释
            3.5.1 差异表达转录本注释
            3.5.2 差异表达转录本的COG注释
            3.5.3 差异表达转录本GO功能注释及分类统计
            3.5.4 差异表达转录本GO富集层次分析
            3.5.5 差异表达转录本的KEGG Pathway分析
        3.6 可变剪接事件统计与分析
            3.6.1 外显子跳跃
            3.6.2 内含子保留
            3.6.3 第一个外显子可变剪接
            3.6.4 最后一个外显子可变剪接
            3.6.5 5’端可变剪接
            3.6.6 3’端可变剪接
        3.7 基因结构的优化与新基因的统计和功能注释
            3.7.1 基因结构优化的结果
            3.7.2 新基因的统计
            3.7.3 新基因的功能注释
        3.8 SNP分析
    4 讨论
总结与展望
    1. 总结
    2. 展望
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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硕士论文
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[2]基于Pyrosequencing技术的乙型肝炎病毒（HBV）耐药变异检测试剂盒性能评价和临床试用[D]. 覃霞.第二军医大学 2011
[3]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
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本文编号：3591950