五指山近交系小型猪骨髓和脐带间充质干细胞的全基因组甲基化和转录组联合分析
发布时间：2022-01-20 11:04
不同组织来源的间充质干细胞（mesenchymal stem cells, MSCs）由于其所处的微环境不同,它们的生物学功能也存在着一定的差异。由于人类的MSCs来源有限,因此动物来源的MSCs在细胞治疗中的潜在价值受到了科研人员的重视。而猪MSCs来源丰富,并与人的MSCs相似,使得MSCs在应用于人类治疗之前,可以先用猪源的MSCs作为模型进行临床之前的初步研究。近交系小型猪个体相似性高,其MSCs体系更稳定,有利于建立可靠的、标准的体外评价体系。本研究利用组织贴壁法分离培养了五指山近交系小型猪（Wuzhishan pig, WZSP）的骨髓MSCs （bone marrow MSCs, BMMSCs）;和脐带MSCs （umbilical cord MSCs, UCMSCs）,并通过细胞表面抗原测定及成骨、成脂分化诱导等方法对所获得的细胞进行鉴定；通过免疫富集DNA甲基化测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing, MeDIP-Seq）和转录组测序（RNA-seq）,构建了其全基因组甲基化和转录组图谱并分析两者的关系,分析不...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：84 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 MSCs的研究进展
1.1.1 MSCs的生物学特性
1.1.2 MSCs的临床应用
1.1.3 骨髓间充质干细胞(bone marrow MSCs,BMMSCs)和脐带间充质干细胞(umbilical cord MSCs,UCMSCs)
1.2 DNA甲基化研究进展
1.2.1 全基因组甲基化分析的方法
1.3 RNA-seq研究进展
1.3.1 转录组学的主要研究方法
1.3.2 RNA-Seq技术的应用
1.4 五指山小型猪近交系(Wuzhishan pig,WZSP)简介
1.5 本研究的目的及意义
第二章 WZSP MSCs的分离、培养与鉴定
2.1 试验材料
2.1.1 实验动物及样品采集
2.1.2 主要仪器和设备
2.1.3 主要试剂、耗材及溶液配制
2.2 试验方法
2.2.1 WZSP MSCs的原代分离、培养与鉴定
2.3 结果与分析
2.3.1 WZSP MSCs分离、纯化及形态学观察
2.3.2 猪UCMSCs和BMMSCs的鉴定
2.3.3 猪UCMSCs和BMMSCs的成骨成脂分化
2.4 讨论
第三章 WZSP MSCs的全基因组甲基化、转录组测序及其联合分析
3.1 试验材料
3.1.1 实验动物及样品采集
3.1.2 主要仪器和设备
3.1.3 主要试剂和耗材
3.2 试验方法
3.2.1 基因组DNA的提取
3.2.2 MeDIP-seq文库构建及前期数据处理
3.2.3 总RNA的提取
3.2.4 RNA-seq文库构建
3.2.5 Gene Ontology和KEGG pathway分析
3.2.6 反转录
3.2.7 RT-qPCR
3.2.8 Sequenom mass ARRAY(?)的甲基化验证
3.2.9 迁移能力检测
3.3 结果与分析
3.3.1 BMMSCs和UCMSCs的全基因组甲基化情况
3.3.2 BMMSCs和UCMSCs的全基因组转录组情况
3.3.3 BMMSCs和UCMSCs的全基因组甲基化和转录组的联合分析
3.4 讨论
第四章 全文总结
4.1 本研究的主要结论和创新点
4.2 本研究的不足之处和下一步的计划
致谢
参考文献
个人简历
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]表观遗传、环境与疾病[J]. 师明磊,赵志虎. 中国医药生物技术. 2013(05)
[2]全基因组DNA甲基化图谱及其在动物遗传育种中的研究进展[J]. 赵敬贤,张路培,高会江,李俊雅,许尚忠,高雪. 生物技术通报. 2013(09)
[3]间充质干细胞研究进展[J]. 李忠俊,相丽欣,叶兴德. 中国输血杂志. 2013(04)
[4]转染isl1基因促进骨髓间充质干细胞向心肌样细胞分化[J]. 李杏肖,李晓红,林秋雄,肖定璋,刘晓颖,单志新,朱杰宁,麦丽萍,夏慧苏,余细勇. 中国病理生理杂志. 2012(01)
[5]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[6]DNA甲基化的生物学应用及检测方法进展[J]. 武立鹏,朱卫国. 中华检验医学杂志. 2004(07)
博士论文
[1]小鼠骨髓间充质干细胞亚群向心肌样细胞分化实验研究[D]. 贺继刚.苏州大学 2013
硕士论文
[1]Vimentin影响五指山小型猪间充质干细胞迁移的研究[D]. 何微.中国农业科学院 2013
本文编号：3598708
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：84 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 MSCs的研究进展
1.1.1 MSCs的生物学特性
1.1.2 MSCs的临床应用
1.1.3 骨髓间充质干细胞(bone marrow MSCs,BMMSCs)和脐带间充质干细胞(umbilical cord MSCs,UCMSCs)
1.2 DNA甲基化研究进展
1.2.1 全基因组甲基化分析的方法
1.3 RNA-seq研究进展
1.3.1 转录组学的主要研究方法
1.3.2 RNA-Seq技术的应用
1.4 五指山小型猪近交系(Wuzhishan pig,WZSP)简介
1.5 本研究的目的及意义
第二章 WZSP MSCs的分离、培养与鉴定
2.1 试验材料
2.1.1 实验动物及样品采集
2.1.2 主要仪器和设备
2.1.3 主要试剂、耗材及溶液配制
2.2 试验方法
2.2.1 WZSP MSCs的原代分离、培养与鉴定
2.3 结果与分析
2.3.1 WZSP MSCs分离、纯化及形态学观察
2.3.2 猪UCMSCs和BMMSCs的鉴定
2.3.3 猪UCMSCs和BMMSCs的成骨成脂分化
2.4 讨论
第三章 WZSP MSCs的全基因组甲基化、转录组测序及其联合分析
3.1 试验材料
3.1.1 实验动物及样品采集
3.1.2 主要仪器和设备
3.1.3 主要试剂和耗材
3.2 试验方法
3.2.1 基因组DNA的提取
3.2.2 MeDIP-seq文库构建及前期数据处理
3.2.3 总RNA的提取
3.2.4 RNA-seq文库构建
3.2.5 Gene Ontology和KEGG pathway分析
3.2.6 反转录
3.2.7 RT-qPCR
3.2.8 Sequenom mass ARRAY(?)的甲基化验证
3.2.9 迁移能力检测
3.3 结果与分析
3.3.1 BMMSCs和UCMSCs的全基因组甲基化情况
3.3.2 BMMSCs和UCMSCs的全基因组转录组情况
3.3.3 BMMSCs和UCMSCs的全基因组甲基化和转录组的联合分析
3.4 讨论
第四章 全文总结
4.1 本研究的主要结论和创新点
4.2 本研究的不足之处和下一步的计划
致谢
参考文献
个人简历
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]表观遗传、环境与疾病[J]. 师明磊,赵志虎. 中国医药生物技术. 2013(05)
[2]全基因组DNA甲基化图谱及其在动物遗传育种中的研究进展[J]. 赵敬贤,张路培,高会江,李俊雅,许尚忠,高雪. 生物技术通报. 2013(09)
[3]间充质干细胞研究进展[J]. 李忠俊,相丽欣,叶兴德. 中国输血杂志. 2013(04)
[4]转染isl1基因促进骨髓间充质干细胞向心肌样细胞分化[J]. 李杏肖,李晓红,林秋雄,肖定璋,刘晓颖,单志新,朱杰宁,麦丽萍,夏慧苏,余细勇. 中国病理生理杂志. 2012(01)
[5]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[6]DNA甲基化的生物学应用及检测方法进展[J]. 武立鹏,朱卫国. 中华检验医学杂志. 2004(07)
博士论文
[1]小鼠骨髓间充质干细胞亚群向心肌样细胞分化实验研究[D]. 贺继刚.苏州大学 2013
硕士论文
[1]Vimentin影响五指山小型猪间充质干细胞迁移的研究[D]. 何微.中国农业科学院 2013
本文编号：3598708
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