荷斯坦奶牛繁殖性状相关的分子标记筛选与鉴定
发布时间：2022-04-27 20:19
在全球奶牛繁殖力不断下降的同时,我国奶牛养殖业也不能避免地出现了同样的问题。在过去的半个世纪里,由于受到经济利益的驱动,人们过度地追逐奶牛的高产高效,而忽视繁殖性状,使得其繁殖性能一直在衰退。本研究使用的是基于BovineSNP50 （54K）芯片对495头分别来自中英两国的荷斯坦奶牛的54001个SNP位点进行GWAS第1阶段的研究结果,从中选取了RAD54L基因rs108938226位点和RRMl基因rs41771122位点作为研究位点,对其进行GWAS的第2阶段扩大群体验证,同时选取PPARy2基因与GPX4基因作为候选基因,在来自2个牛群共计925头荷斯坦奶牛大群体中进行研究,结果如下：1.RAD54L基因rs108938226位点存在C/T突变,突变前后不引起酶切位点变化,通过CRS-PCR,使得该位点发生突变时产生Sac I酶切多态性,在两个群体中均检测到CC、CT、TT三种基因型,其中CC基因型频率略高于CT基因型,两者基因型频率均明显高于TT基因型,C等位基因频率高于T等位基因频率。性状关联分析结果表明该位点不同基因型在荷斯坦奶牛前3胎总体的产后到初次配种天数与第1胎产...
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 文献综述
1.1 荷斯坦奶牛繁殖性能的相关研究
1.1.1 奶牛繁殖性能指标
1.1.2 影响奶牛繁殖性能的因素
1.2 基于高密度SNP芯片的GWAS的研究进展
1.3 氧化应激的相关研究
1.3.1 氧化应激的产生与危害
1.3.2 氧化应激对奶牛的影响
1.4 初筛位点所在基因的研究进展
1.4.1 RAD54L基因的研究进展
1.4.2 RRM1基因的研究进展
1.5 参与氧化还原过程的基因的研究进展
1.5.1 PPARγ2基因的研究进展
1.5.2 GPX4的研究进展
1.6 SNP分子标记的相关研究
2 研究目的和意义
3 材料与方法
3.1 试验材料
3.1.1 样本与数据采集
3.1.2 主要仪器设备
3.1.3 主要酶和试剂
3.1.4 主要溶液和试剂的配制
3.2 实验方法
3.2.1 奶牛血液基因组DNA提取
3.2.2 引物设计及PCR反应条件
3.2.3 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物
3.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)
3.2.5 银染检测
3.2.6 PCR-SSCP检测
3.2.7 回收纯化和测序
3.2.8 PCR产物的酶切分型(RFLP)
3.3 群体遗传学研究和数据统计分析
3.3.1 群体遗传学研究
3.3.2 数据统计分析
4 结果与分析
4.1 荷斯坦奶牛基因组DNA
4.2 奶牛繁殖性状及影响因素分析
4.3 RAD54L基因
4.3.1 RAD54L基因目的片段扩增
4.3.2 RAD54L基因多态性检测
4.3.3 RAD54L基因多态位点的遗传信息
4.3.4 RAD54L基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.4 RRM1基因
4.4.1 RRM1基因目的片段扩增
4.4.2 RRM1基因多态性检测
4.4.3 RRM1基因多态位点的遗传信息
4.4.4 RRM1基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.5 PPARγ2基因
4.5.1 PPARγ2基因目的片段扩增
4.5.2 PPARγ2基因多态性检测
4.5.3 PPARγ2基因多态位点的遗传信息
4.5.4 PPARγ2基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.6 GPX4基因
5 讨论
5.1 实验材料与方法分析
5.2 实验结果的分析讨论
5.2.1 荷斯坦奶牛繁殖状况与影响因素
5.2.2 荷斯坦奶牛RAD54L基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.3 荷斯坦奶牛RRM1基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.4 荷斯坦奶牛PPARγ2基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.5 荷斯坦奶牛GPX4基因多态性
5.2.6 关于本研究中的SNP位点
6 总结
6.1 主要研究成果
6.2 本研究的特色和创新点
参考文献
致谢
本文编号：3649106
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 文献综述
1.1 荷斯坦奶牛繁殖性能的相关研究
1.1.1 奶牛繁殖性能指标
1.1.2 影响奶牛繁殖性能的因素
1.2 基于高密度SNP芯片的GWAS的研究进展
1.3 氧化应激的相关研究
1.3.1 氧化应激的产生与危害
1.3.2 氧化应激对奶牛的影响
1.4 初筛位点所在基因的研究进展
1.4.1 RAD54L基因的研究进展
1.4.2 RRM1基因的研究进展
1.5 参与氧化还原过程的基因的研究进展
1.5.1 PPARγ2基因的研究进展
1.5.2 GPX4的研究进展
1.6 SNP分子标记的相关研究
2 研究目的和意义
3 材料与方法
3.1 试验材料
3.1.1 样本与数据采集
3.1.2 主要仪器设备
3.1.3 主要酶和试剂
3.1.4 主要溶液和试剂的配制
3.2 实验方法
3.2.1 奶牛血液基因组DNA提取
3.2.2 引物设计及PCR反应条件
3.2.3 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物
3.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)
3.2.5 银染检测
3.2.6 PCR-SSCP检测
3.2.7 回收纯化和测序
3.2.8 PCR产物的酶切分型(RFLP)
3.3 群体遗传学研究和数据统计分析
3.3.1 群体遗传学研究
3.3.2 数据统计分析
4 结果与分析
4.1 荷斯坦奶牛基因组DNA
4.2 奶牛繁殖性状及影响因素分析
4.3 RAD54L基因
4.3.1 RAD54L基因目的片段扩增
4.3.2 RAD54L基因多态性检测
4.3.3 RAD54L基因多态位点的遗传信息
4.3.4 RAD54L基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.4 RRM1基因
4.4.1 RRM1基因目的片段扩增
4.4.2 RRM1基因多态性检测
4.4.3 RRM1基因多态位点的遗传信息
4.4.4 RRM1基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.5 PPARγ2基因
4.5.1 PPARγ2基因目的片段扩增
4.5.2 PPARγ2基因多态性检测
4.5.3 PPARγ2基因多态位点的遗传信息
4.5.4 PPARγ2基因多态性与荷斯坦奶牛繁殖性状的关联分析
4.6 GPX4基因
5 讨论
5.1 实验材料与方法分析
5.2 实验结果的分析讨论
5.2.1 荷斯坦奶牛繁殖状况与影响因素
5.2.2 荷斯坦奶牛RAD54L基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.3 荷斯坦奶牛RRM1基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.4 荷斯坦奶牛PPARγ2基因多态性与荷斯坦奶牛的繁殖性状
5.2.5 荷斯坦奶牛GPX4基因多态性
5.2.6 关于本研究中的SNP位点
6 总结
6.1 主要研究成果
6.2 本研究的特色和创新点
参考文献
致谢
本文编号：3649106
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3649106.html
