野牦牛基因组组装及牦牛泛基因组的构建

发布时间：2022-07-27 19:29

　　牦牛是我国青藏高原及其毗邻高山、亚高山等高寒地区特有的珍稀牛种,也是世界上生存于高海拔环境中的稀有家畜。牦牛经过长时间的自然选择,对高海拔地区高寒缺氧的恶劣环境有着极强的适应能力,使其成为研究极端环境适应性的极佳模式物种。然而由于长期过度的选育和纯繁,导致现有家养牦牛品质退化严重,极大地影响了青藏高原及其周边地区农牧业生产的稳定性。而家养牦牛的野生祖先——野牦牛至今仍然存活,并且具有更为优良的生产性状,如:体型较大,抗病能力强等,使得引入野牦牛的遗传资源进而改良家养牦牛成为可能。我们课题组已经发表了家牦牛全基因组序列图谱以及13头野牦牛的基因组重测序数据,但野牦牛的全基因组序列图谱仍然没有破译,妨碍了在牦牛育种研究中的应用。基于第二代高通量测序技术,对野牦牛进行了全基因组序列图谱的绘制工作。共产生了761Gb的原始数据,测序深度为220×,组装产生的野牦牛基因组序列Contig N50长度为63.2kb,Scaffold N50长度为16.3Mb,总碱基数为2.83Gb。利用BUSCO软件对组装进行评估,结果表明96.8%的哺乳动物高度保守的基因部分或完整地存在于野牦牛基因组组装中,说... 

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【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
第一章 研究背景
    1.1 基因组学概述
        1.1.1 基因组学的理论基础
        1.1.2 测序技术的发展和应用
        1.1.3 基于第二代测序技术的组装
        1.1.4 泛基因组研究进展
    1.2 牦牛
        1.2.1 牦牛的起源、分类和分布
        1.2.2 牦牛组学研究进展
    1.3 研究意义与科学问题
第二章 材料与方法
    2.1 基因组测序
        2.1.1 样品采集与基因组DNA的提取
        2.1.2 DNA文库的构建及基因组测序
    2.2 基因组组装
        2.2.1 测序数据过滤
        2.2.2 基因组大小评估
        2.2.3 基因组组装
    2.3 基因组注释
        2.3.1 重复序列注释
        2.3.2 基因注释
        2.3.3 基因功能注释
    2.4 泛基因组
        2.4.1 泛基因组的构建
        2.4.2 基因存在/缺失变异的鉴定
        2.4.3 可变基因的功能富集分析
第三章 研究结果
    3.1 基因组测序及组装
        3.1.1 测序数据描述
        3.1.2 基因组组装
    3.2 基因组注释
        3.2.1 重复序列注释
        3.2.2 基因结构预测
        3.2.3 基因功能注释
    3.3 泛基因组
        3.3.1 泛基因组的构建
        3.3.2 核心和可变基因比较分析
第四章 讨论与展望
    4.1 野牦牛基因组
    4.2 牦牛泛基因组
    4.3 展望
参考文献
在学期间的研究成果
致谢



本文编号：3666041