重庆地区犬圆环病毒检测及序列分析

发布时间：2022-08-02 17:00

　　本试验旨在调查近年来新发的犬圆环病毒（canine circovirus,CCV）在重庆地区的流行情况,探索重庆流行毒株的特性。本研究利用PCR方法对2017年采集于重庆地区的100份犬血清样品进行CCV核酸检测,对所得CCV阳性样品进行全基因组扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 6.0和RDP4等软件对分离到的重庆CCV毒株进行分析。结果显示,重庆地区100份犬血清中共有4份为CCV阳性,阳性率为4%,从4份阳性样品中共获得3株不同的CCV基因组（CQ76、CQ79和CQ82）,全长基因组序列均为2 062 nt,与此前报道长度为2 063 nt的CCV基因组相比缺少了一个碱基,该碱基位于5′-基因间隔区内茎环结构的下游。3个毒株的两个ORF之间5′末端间隔区和3′末端间隔区长度分别为134（1 929-2 062 nt）和203 nt（913-1 115 nt）。CQ76、CQ79和CQ82的同源性在99.8%～100%之间,其中CQ76与CQ82仅在第2 019位点存在同义突变;所获得的3个重庆毒株与国内外报道的其他CCV基因组序列同源性为82.7%～97.1%,其中,... 

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【部分图文】：

基因组全长扩增结果

阳性样品PCR扩增结果

CQ76、CQ79和CQ82与参考毒株基因组核苷酸同源性分析

【参考文献】：
期刊论文
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[2]犬圆环病毒Cap蛋白的生物信息学分析及原核表达[J]. 汪伟,辛佳亮,杜倩,韩知晓,易驰喆,闭璟珊,曹亮,庄忻雨,张赫,郑敏,孙文超,鲁会军,金宁一.  中国动物传染病学报. 2020(02)
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[6]犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 孙文超,解长占,赵冠宇,曹亮,郑敏,曹慧慧,张红云,韦显凯,韩继成,温树波,肖朋朋,靖杰,张萍,鲁会军,金宁一.  动物医学进展. 2017(05)
[7]犬圆环病毒全基因组克隆与序列分析[J]. 孙文超,曹慧慧,郑敏,徐素萍,张红云,韦显凯,苏姣秀,何杰勇.  病毒学报. 2016(04)



本文编号：3668902