猪miRNA调控蛋白质相互作用“双色网络”预测及呼吸道病毒病系统生物学分子机制分析
发布时间：2022-08-07 23:30
蛋白质相互作用是细胞中最重要的功能元件之一。目前，科学家特别关注miRNA调控蛋白质相互作用双色网络的研究。这不仅有助于理解miRNA在蛋白质相互作用网络中的微调作用，而且也可以为疫病诊断提供科学依据。高致病性猪繁殖与呼吸综合征（HP-PRRS）和猪流感（SI）严重危害养猪业。在本研究中，我们预测出猪的蛋白质相互作用网络，并构建出miRNA调控蛋白质相互作用的双色网络，研究了高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV）和甲型H1N1亚型猪流感病毒（SIV）感染猪的系统生物学分子机制，为理解疾病的生物过程提供参考。论文的研究内容如下：（1）本研究使用三种方法预测猪的蛋白质相互作用网络：基于同源比对、domain-motif互作（D-MIST）和motif-motif互作（M-MIST）的方法，分别预测出20213、331484和218705对蛋白质相互作用，并将它们合并为一个网络，得到567441对互作。接着对网络的拓扑特性进行分析，并用PFAM DOMAIN注释和GO注释对网络进行验证。在PFAM DOMAIN验证中，分别有70、10495和863对互作与PFAM DOMAIN互...
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 miRNA 调控蛋白质相互作用“双色网络”及疫病系统生物学分子机制研究
1.1 蛋白质相互作用研究现状
1.1.1 蛋白质相互作用预测的相关研究
1.1.2 蛋白质相互作用对功能及关键蛋白的预测
1.1.3 蛋白质相互作用研究所面临的挑战
1.2 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络
1.2.1 miRNA 的靶标预测
1.2.2 双色网路
1.3 HP‐PRRSV 与甲型 H1N1 猪流感病毒感染仔猪的系统生物学研究
1.4 论文的研究内容
1.5 本研究的目的和意义
第二章 猪蛋白质相互作用网络的预测及特征
2.1 实验材料
2.1.1 数据来源
2.1.2 设备和软件
2.2 实验方法
2.2.1 基于同源比对方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.2.2 基于 D-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.2.3 基于 M-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.3 验证方法
2.3.1 Pfam 数据库方法
2.3.2 GO 注释方法
2.4 准确性和精确性
2.5 结果与分析
2.5.1 同源比对方法预测的结果
2.5.2 D-MIST 方法预测的结果
2.5.3 M-MIST 方法预测的结果
2.5.4 合并的结果
2.5.5 分析
2.6 猪蛋白质相互作用网络的应用
2.6.1 差异蛋白质在猪蛋白质相互作用网路中的应用
2.6.2 差异磷酸化蛋白质在猪蛋白质相互作用网络中的应用
2.7 讨论
2.8 本章小结
第三章 猪的 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的研究
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.3 结果与分析
3.3.1 miRNA 调控蛋白互作双色网络通路分析
3.3.2 miRNA 靶标的疾病蛋白 GO 功能富集分析
3.3.3 miRNA 调控疾病蛋白质相互作用网络
3.3.4 miRNA 调控疾病蛋白相互作用网络的聚类
3.4 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的应用
3.5 讨论
3.6 本章小结
第四章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程蛋白质与磷酸化蛋白质演化网络的系统生物学分析64
4.1 实验材料
4.2 实验方法
4.2.1 差异蛋白
4.2.2 差异磷酸化蛋白
4.3 结果
4.3.1 差异蛋白
4.3.2 差异磷酸化蛋白
4.4 讨论
4.5 本章小结
第五章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程 miRNA 调控蛋白质分子演化网络的系统生物学分析74
5.1 实验材料
5.2 实验方法
5.3 结果
5.4 讨论
5.5 本章小结
第六章 HP‐PRRSV 感染猪 PAM 病变过程 miRNA 调控磷酸化蛋白网络的系统生物学分析82
6.1 实验材料
6.2 实验方法
6.3 实验结果
6.4 讨论
6.5 本章小结
第七章 猪流感病毒（SIV）感染 PAM 差异 miRNA 调控网络的系统生物学分析
7.1 实验材料
7.2 实验方法
7.2.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建
7.2.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较
7.3 实验结果
7.3.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建
7.3.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较
7.4 讨论
7.5 本章小结
第八章 总结与展望
8.1 创新点
8.2 展望
参考文献
附录
附录 1 蛋白质度的统计学分析
主要缩略词和中英文对照表
致谢
作者简历
本文编号：3671240
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 miRNA 调控蛋白质相互作用“双色网络”及疫病系统生物学分子机制研究
1.1 蛋白质相互作用研究现状
1.1.1 蛋白质相互作用预测的相关研究
1.1.2 蛋白质相互作用对功能及关键蛋白的预测
1.1.3 蛋白质相互作用研究所面临的挑战
1.2 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络
1.2.1 miRNA 的靶标预测
1.2.2 双色网路
1.3 HP‐PRRSV 与甲型 H1N1 猪流感病毒感染仔猪的系统生物学研究
1.4 论文的研究内容
1.5 本研究的目的和意义
第二章 猪蛋白质相互作用网络的预测及特征
2.1 实验材料
2.1.1 数据来源
2.1.2 设备和软件
2.2 实验方法
2.2.1 基于同源比对方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.2.2 基于 D-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.2.3 基于 M-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络
2.3 验证方法
2.3.1 Pfam 数据库方法
2.3.2 GO 注释方法
2.4 准确性和精确性
2.5 结果与分析
2.5.1 同源比对方法预测的结果
2.5.2 D-MIST 方法预测的结果
2.5.3 M-MIST 方法预测的结果
2.5.4 合并的结果
2.5.5 分析
2.6 猪蛋白质相互作用网络的应用
2.6.1 差异蛋白质在猪蛋白质相互作用网路中的应用
2.6.2 差异磷酸化蛋白质在猪蛋白质相互作用网络中的应用
2.7 讨论
2.8 本章小结
第三章 猪的 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的研究
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.3 结果与分析
3.3.1 miRNA 调控蛋白互作双色网络通路分析
3.3.2 miRNA 靶标的疾病蛋白 GO 功能富集分析
3.3.3 miRNA 调控疾病蛋白质相互作用网络
3.3.4 miRNA 调控疾病蛋白相互作用网络的聚类
3.4 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的应用
3.5 讨论
3.6 本章小结
第四章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程蛋白质与磷酸化蛋白质演化网络的系统生物学分析64
4.1 实验材料
4.2 实验方法
4.2.1 差异蛋白
4.2.2 差异磷酸化蛋白
4.3 结果
4.3.1 差异蛋白
4.3.2 差异磷酸化蛋白
4.4 讨论
4.5 本章小结
第五章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程 miRNA 调控蛋白质分子演化网络的系统生物学分析74
5.1 实验材料
5.2 实验方法
5.3 结果
5.4 讨论
5.5 本章小结
第六章 HP‐PRRSV 感染猪 PAM 病变过程 miRNA 调控磷酸化蛋白网络的系统生物学分析82
6.1 实验材料
6.2 实验方法
6.3 实验结果
6.4 讨论
6.5 本章小结
第七章 猪流感病毒（SIV）感染 PAM 差异 miRNA 调控网络的系统生物学分析
7.1 实验材料
7.2 实验方法
7.2.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建
7.2.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较
7.3 实验结果
7.3.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建
7.3.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较
7.4 讨论
7.5 本章小结
第八章 总结与展望
8.1 创新点
8.2 展望
参考文献
附录
附录 1 蛋白质度的统计学分析
主要缩略词和中英文对照表
致谢
作者简历
本文编号：3671240
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