西藏牛和三江牛大脑组织中低氧适应相关circRNAs的比较分析

发布时间：2022-08-13 17:13

　　旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证测序数据的可靠性。结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个。其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路（P<0.05）,主要涉及MAPK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程。靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNA... 

【文章页数】：15 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验动物和样品制备
    1.2 西藏牛和三江牛大脑组织RNA提取及质控
    1.3 西藏牛和三江牛大脑组织cDNA文库构建及测序
    1.4 西藏牛和三江牛大脑组织转录组数据分析
    1.5 circRNA靶向miRNA的预测及互作网络构建
    1.6 circRNA的验证
2 结 果
    2.1 西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA测序数据质量评估
    2.2 西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达circRNA的分析与验证
    2.3 差异表达circRNA宿主基因的GO和KEGG富集注释
    2.4 miRNA的靶点预测及circRNA-miRNA-mRNA网络分析
    2.5 circRNA的RNaseR酶抗性验证
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3677429