淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

发布时间：2022-10-03 18:52

　　【目的】通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。【方法】对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。【结果】经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/... 

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 血液DNA提取
    1.3 DNA文库构建和全基因组重测序
    1.4 全基因组转座子的鉴定和注释
    1.5 转座子家族区分
    1.6 转座子与基因的关系
    1.7 转座子相关基因GO功能注释及KEGG Pathway分析
2 结果
    2.1 基因组中TEs的鉴定
    2.2 淅川乌骨鸡转座子的全基因组注释
    2.3 转座子与基因关系的分析
    2.4 转座子插入基因组位置偏好性
    2.5转座子相关基因GO功能注释及分析
    2.6 转座子相关基因功能Pathway分析
3 讨论
    3.1 转座子所占基因组比例
    3.2 转座子和基因的关系
    3.3 Pathway富集分析
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]斑马鱼转座子时空表达特性[J]. 高波,王伟,钱跃,陈才,钟继汉,沈丹,陈伟,宋成义.  生物信息学. 2017(04)
[2]LINE-1编码的逆转录酶在肿瘤形成过程中的作用[J]. 叶仲杰,刘启鹏,岑山,李晓宇.  遗传. 2017(05)
[3]逆转录转座子LINE-1与肿瘤的发生和发展[J]. 刘茜,王瑾晖,李晓宇,岑山.  遗传. 2016(02)



本文编号：3684633