H9N2亚型禽流感病毒感染鹌鹑肺的转录组学研究
发布时间：2022-10-06 19:29
H9N2亚型禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）属于低致病性AIV,可引起家禽、野鸟、人类等发生感染。鸟类感染H9N2亚型AIV,多呈隐性感染或者表现出轻微的临床症状,但是其消化道和呼吸道有不同程度的损伤。鹌鹑作为H9N2亚型AIV的一种宿主,不仅可以引发感染,而且还可以将病毒传播给其他鸟类、哺乳动物和人类。以往的研究表明,鹌鹑和鸡感染H9N2亚型AIV,鹌鹑表现出比鸡更高的易感性,肺表现出比鸡更严重的病理损伤。目前关于H9N2亚型AIV感染鸡的致病机制已经趋于完善,而关于H9N2亚型AIV感染鹌鹑的分子致病机制尚不明确。本研究选用一株分离于湖北省荆门市活禽市场的H9N2亚型AIV（A/chicken/Jinmen/JM0305/2017）,将病毒以107.0 EID50/100μl的剂量滴鼻感染28日龄鹌鹑,通过组织病理学、免疫学和转录组学综合分析H9N2亚型AIV感染鹌鹑的分子致病机制及免疫应答机制,为鹌鹑禽流感的防控提供理论依据。研究结果如下:1.H9N2亚型AIV感染鹌鹑的组织病理学分析鹌鹑感染H9N2亚型...
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 文献综述
1.1 禽流感病毒概况
1.1.1 禽流感病毒的分类
1.1.2 AIV各结构蛋白对其生物学特性的影响
1.1.3 禽流感的爆发与流行
1.1.4 先天免疫调节相关信号通路对AIV的影响
1.2 H9N2亚型AIV对鸟类的危害
1.2.1 H9N2亚型AIV的传播与突变
1.2.2 H9N2亚型AIV感染其它家禽
1.3 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的研究进展
1.3.1 鹌鹑简介
1.3.2 鹌鹑在H9N2亚型AIV研究中的重要性
1.3.3 H9N2亚型AIV感染鹌鹑
1.4 转录组测序技术
1.4.1 转录组测序简介
1.4.2 Illumina测序平台简介
1.4.3 转录组测序在AIV研究中的应用
1.5 研究目的与意义
2 试验材料及方法
2.1 试验材料
2.1.1 病毒及实验动物
2.1.2 主要试剂
2.1.3 主要仪器
2.2 试验方法
2.2.1 鹌鹑感染试验
2.2.2 石蜡切片制作及HE染色
2.2.3 免疫组织化学染色
2.2.4 肺组织RNA提取
2.2.5 肺组织c DNA合成
2.2.6 荧光定量PCR检测
2.2.6.1 引物设计
2.2.6.2 荧光定量PCR分析
2.2.7 转录组学分析
2.2.7.1 提取Total RNA
2.2.7.2 Oligo dT富集mRNA
2.2.7.3 mRNA片段化
2.2.7.4 cDNA合成和adaptor连接
2.2.7.5 Illumina Hiseq上机测序
2.2.7.6 测序数据质量剪切及统计
2.2.8 数据统计学分析
2.2.8.1 荧光定量PCR验证结果分析
2.2.8.2 转录组测序结果分析
3 结果
3.1 鹌鹑感染H9N2亚型AIV的大体病理变化
3.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的病理学研究
3.3 肺转录组学分析
3.3.1 物种筛选
3.3.2 基因差异表达聚类分析
3.3.3 差异表达基因统计学分析及分类
3.3.4 差异表达基因GO分析
3.3.5 差异表达基因KEGG通路富集分析
3.3.6 免疫相关DEGs之间蛋白互作关系
3.3.7 荧光定量PCR验证
4 讨论
4.1 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的组织学分析
4.1.1 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的大体病理变化
4.1.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的组织病理学分析
4.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑肺转录组学分析
4.2.1 免疫相关DEGs对比分析
4.2.2 GO分析
4.2.3 免疫系统相关信号通路
4.2.4 信号通路关联分析
4.2.5 蛋白互作分析
5 结论
参考文献
附录1 学术成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]14-3-3蛋白在人类疾病中的研究进展[J]. 唐裕福,张怡冰,冯晓东,林绅晖,乔娜,孙忠怡,周文平. 世界华人消化杂志. 2017(06)
[2]Astragalus polysaccharide enhances immunity and inhibits H9N2 avian influenza virus in vitro and in vivo[J]. Sanpha Kallon,Xiaorong Li,Jun Ji,Cuiying Chen,Qianyun Xi,Shuang Chang,Chunyi Xue,Jingyun Ma,Qingmei Xie,Youngliang Zhang. Journal of Animal Science and Biotechnology. 2013(04)
[3]《现代分子生物学》（第4版）（双色版）[J]. 朱玉贤,李毅,郑晓峰,郭红卫. 生命世界. 2013(03)
[4]H9N2亚型禽流感病毒人工感染蛋鸡的组织病理学研究[J]. 罗玲,胡薛英,程国富谷长勤,周全,李自力,赵雅心,周诗其,毕丁仁. 中国预防兽医学报. 2004(04)
博士论文
[1]H5N1亚型禽流感病毒感染鸡脾脏蛋白质组和转录组差异研究[D]. 赵玉辉.东北农业大学 2015
[2]禽流感病毒感染鸡的病毒定位及基因差异表达研究[D]. 张万坡.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]神经毒力禽流感病毒感染神经细胞的转录组学研究及神经入侵途径初探[D]. 张军.华中农业大学 2018
本文编号：3687269
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 文献综述
1.1 禽流感病毒概况
1.1.1 禽流感病毒的分类
1.1.2 AIV各结构蛋白对其生物学特性的影响
1.1.3 禽流感的爆发与流行
1.1.4 先天免疫调节相关信号通路对AIV的影响
1.2 H9N2亚型AIV对鸟类的危害
1.2.1 H9N2亚型AIV的传播与突变
1.2.2 H9N2亚型AIV感染其它家禽
1.3 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的研究进展
1.3.1 鹌鹑简介
1.3.2 鹌鹑在H9N2亚型AIV研究中的重要性
1.3.3 H9N2亚型AIV感染鹌鹑
1.4 转录组测序技术
1.4.1 转录组测序简介
1.4.2 Illumina测序平台简介
1.4.3 转录组测序在AIV研究中的应用
1.5 研究目的与意义
2 试验材料及方法
2.1 试验材料
2.1.1 病毒及实验动物
2.1.2 主要试剂
2.1.3 主要仪器
2.2 试验方法
2.2.1 鹌鹑感染试验
2.2.2 石蜡切片制作及HE染色
2.2.3 免疫组织化学染色
2.2.4 肺组织RNA提取
2.2.5 肺组织c DNA合成
2.2.6 荧光定量PCR检测
2.2.6.1 引物设计
2.2.6.2 荧光定量PCR分析
2.2.7 转录组学分析
2.2.7.1 提取Total RNA
2.2.7.2 Oligo dT富集mRNA
2.2.7.3 mRNA片段化
2.2.7.4 cDNA合成和adaptor连接
2.2.7.5 Illumina Hiseq上机测序
2.2.7.6 测序数据质量剪切及统计
2.2.8 数据统计学分析
2.2.8.1 荧光定量PCR验证结果分析
2.2.8.2 转录组测序结果分析
3 结果
3.1 鹌鹑感染H9N2亚型AIV的大体病理变化
3.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的病理学研究
3.3 肺转录组学分析
3.3.1 物种筛选
3.3.2 基因差异表达聚类分析
3.3.3 差异表达基因统计学分析及分类
3.3.4 差异表达基因GO分析
3.3.5 差异表达基因KEGG通路富集分析
3.3.6 免疫相关DEGs之间蛋白互作关系
3.3.7 荧光定量PCR验证
4 讨论
4.1 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的组织学分析
4.1.1 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的大体病理变化
4.1.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑的组织病理学分析
4.2 H9N2亚型AIV感染鹌鹑肺转录组学分析
4.2.1 免疫相关DEGs对比分析
4.2.2 GO分析
4.2.3 免疫系统相关信号通路
4.2.4 信号通路关联分析
4.2.5 蛋白互作分析
5 结论
参考文献
附录1 学术成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]14-3-3蛋白在人类疾病中的研究进展[J]. 唐裕福,张怡冰,冯晓东,林绅晖,乔娜,孙忠怡,周文平. 世界华人消化杂志. 2017(06)
[2]Astragalus polysaccharide enhances immunity and inhibits H9N2 avian influenza virus in vitro and in vivo[J]. Sanpha Kallon,Xiaorong Li,Jun Ji,Cuiying Chen,Qianyun Xi,Shuang Chang,Chunyi Xue,Jingyun Ma,Qingmei Xie,Youngliang Zhang. Journal of Animal Science and Biotechnology. 2013(04)
[3]《现代分子生物学》（第4版）（双色版）[J]. 朱玉贤,李毅,郑晓峰,郭红卫. 生命世界. 2013(03)
[4]H9N2亚型禽流感病毒人工感染蛋鸡的组织病理学研究[J]. 罗玲,胡薛英,程国富谷长勤,周全,李自力,赵雅心,周诗其,毕丁仁. 中国预防兽医学报. 2004(04)
博士论文
[1]H5N1亚型禽流感病毒感染鸡脾脏蛋白质组和转录组差异研究[D]. 赵玉辉.东北农业大学 2015
[2]禽流感病毒感染鸡的病毒定位及基因差异表达研究[D]. 张万坡.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]神经毒力禽流感病毒感染神经细胞的转录组学研究及神经入侵途径初探[D]. 张军.华中农业大学 2018
本文编号：3687269
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