雄性布氏田鼠Stra8基因启动区DNA甲基化特征分析
发布时间：2022-10-08 11:03
布氏田鼠（Lasiopodomys brandtii）是我国北方典型草原上的有害鼠种，具有季节性繁殖的特点。Stra8（stimulated by retinoic acid）基因是减数分裂起始的标志基因，在布氏田鼠睾丸组织中特异表达，而且呈现季节性表达的特征。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，有研究发现DNA甲基化可能承载了环境变化对物种基因组影响的信息。本研究分析了布氏田鼠Stra8基因启动区在不同季节的DNA甲基化特征，从DNA甲基化的角度探索表观修饰在布氏田鼠Stra8基因季节性表达调控中的作用。 本研究克隆得到布氏田鼠Stra8基因部分cDNA序列，在此基础上通过5’-RACE获得了布氏田鼠Stra8基因转录起始位点；然后通过染色体步移的方法得到该基因转录起始位点上游序列。通过分析我们发现在布氏田鼠Stra8基因转录起始位点附近存在多个重要转录因子，如SP1、NF1等的结合位点，且存在多个视黄酸受体结合位点。在转录起始位点附近还有一个CpG岛。我们选取了4月、6月及8月的野外雄性布氏田鼠，对其睾丸组织中Stra8基因转录起始位点附近的DNA序列进行甲基化状态分析，我...
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 布氏田鼠的分布和繁殖生物学特征
1.2 Stra8 简介
1.2.1 Stra8 基因
1.2.2 布氏田鼠 Stra8 基因季节性表达特征
1.3 DNA 甲基化——表观遗传修饰的主要形式
1.3.1 表观遗传及其主要形式
1.3.2 DNA 甲基化
1.4 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 分子生物学试剂盒
2.1.3 主要试剂的配制
2.1.4 序列分析软件和网站
2.1.5 主要仪器设备
2.2 实验方法
2.2.1 布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列的克隆
2.2.2 5’–RACE 克隆布氏田鼠 Stra8 基因转录起始位点
2.2.3 Genome-Walking 克隆布氏田鼠 Stra8 基因启动区序列
2.2.4 重亚硫酸盐测序（Bisulfite-sequencing）法测定 Stra8 基因启动区甲基化程度
第三章 结果与分析
3.1 Stra8 基因 cDNA 序列的获得
3.1.1 提取总 RNA 的质量
3.1.2 目的片段的获得
3.2 Stra8 基因转录起始位点的获得
3.2.1 提取总 RNA 的质量
3.2.2 5’-RACE 克隆 Stra8 基因转录起始位点
3.3 Stra8 基因上游序列的获得
3.3.1 提取基因组 DNA 的质量
3.3.2 DNA 步移
3.4 雄性布氏田鼠 Stra8 基因启动子、转录因子结合位点以及 CpG 岛预测
3.5 Stra8 基因转录起始位点上游及附近序列的 DNA 甲基化分析
3.6 布氏田鼠睾丸组织 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内各 CpG 位点在不同季节的甲基化百分比的差异显著性分析
3.7 布氏田鼠 Stra8 基因启动区在 4 月、6 月、8 月之间具有显著性差异的 CpG 位点的甲基化百分比与 Stra8 基因表达量的相关性分析
第四章 讨论
参考文献
附录
附表 1 所获布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列
附表 2 5’-RACE 确定布氏田鼠 Stra8 基因转录起始位点所获 cDNA 序列
附表 3 染色体步移布氏田鼠 Stra8 基因所获上游序列
附表 4 布氏田鼠 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内不同组织不同季节的 CpG 位点的甲基化百分比统计
附表 5 布氏田鼠睾丸组织 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内各 CpG 位点在不同季节的甲基化百分比的差异差异显著性分析
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA甲基化与脊椎动物胚胎发育[J]. 杨晓丹,韩威,刘峰. 遗传. 2012(09)
[2]DNA甲基化在精子发生中的作用[J]. 葛少钦,李向阳,李建忠,段斐. 生命的化学. 2012(03)
[3]Effects of fasting and refeeding on expression of MAFbx and MuRF1 in chick skeletal muscle[J]. LI QingHe 1,LI JinXiu 1,LAN He 1,WANG Nan 2,HU XiaoXiang 1,CHEN Li 3 ＆ LI Ning 1 1 State Key Laboratory for Agrobiotechnology,China Agricultural University,Beijing 100193,China;2 College of Veterinary Medicine,China Agricultural University,Beijing 100193,China;3 Institute of Animal Sciences and Veterinary Medicine,Zhejiang Academy of Agricultural Sciences,Hangzhou 310021,China. Science China（Life Sciences）. 2011(10)
[4]小鼠精原干细胞体外分化中Stra8、mina53表达的研究[J]. 王宝峰,王菊,谢松松,周宗瑶. 石河子大学学报(自然科学版). 2010(06)
[5]繁殖季节和非繁殖季节布氏田鼠种群参数和生理特点的差异[J]. 王大伟,丛林,王宇,刘晓辉. 生态学报. 2010(13)
[6]棉铃虫细胞色素P450 CYP9A12基因5′-上游区的克隆及序列分析[J]. 周颖君,杨亦桦,武淑文,吴益东. 昆虫学报. 2008(02)
[7]锡林郭勒盟阿巴嘎旗布氏田鼠发生及防治[J]. 于成,萨仁花,罗建平,高宏. 内蒙古草业. 2006(01)
[8]布氏田鼠数量和空间分布的年际动态及周期性初步分析[J]. 房继明，孙儒泳. 动物学杂志. 1994(06)
[9]内蒙古草场鼠害的基本特征及其生态对策[J]. 钟文勤,周庆强,孙崇潞. 兽类学报. 1985(04)
[10]布氏田鼠种群繁殖的研究[J]. 张洁,钟文勤. 动物学报. 1979(03)
本文编号：3687600
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 布氏田鼠的分布和繁殖生物学特征
1.2 Stra8 简介
1.2.1 Stra8 基因
1.2.2 布氏田鼠 Stra8 基因季节性表达特征
1.3 DNA 甲基化——表观遗传修饰的主要形式
1.3.1 表观遗传及其主要形式
1.3.2 DNA 甲基化
1.4 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 分子生物学试剂盒
2.1.3 主要试剂的配制
2.1.4 序列分析软件和网站
2.1.5 主要仪器设备
2.2 实验方法
2.2.1 布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列的克隆
2.2.2 5’–RACE 克隆布氏田鼠 Stra8 基因转录起始位点
2.2.3 Genome-Walking 克隆布氏田鼠 Stra8 基因启动区序列
2.2.4 重亚硫酸盐测序（Bisulfite-sequencing）法测定 Stra8 基因启动区甲基化程度
第三章 结果与分析
3.1 Stra8 基因 cDNA 序列的获得
3.1.1 提取总 RNA 的质量
3.1.2 目的片段的获得
3.2 Stra8 基因转录起始位点的获得
3.2.1 提取总 RNA 的质量
3.2.2 5’-RACE 克隆 Stra8 基因转录起始位点
3.3 Stra8 基因上游序列的获得
3.3.1 提取基因组 DNA 的质量
3.3.2 DNA 步移
3.4 雄性布氏田鼠 Stra8 基因启动子、转录因子结合位点以及 CpG 岛预测
3.5 Stra8 基因转录起始位点上游及附近序列的 DNA 甲基化分析
3.6 布氏田鼠睾丸组织 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内各 CpG 位点在不同季节的甲基化百分比的差异显著性分析
3.7 布氏田鼠 Stra8 基因启动区在 4 月、6 月、8 月之间具有显著性差异的 CpG 位点的甲基化百分比与 Stra8 基因表达量的相关性分析
第四章 讨论
参考文献
附录
附表 1 所获布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列
附表 2 5’-RACE 确定布氏田鼠 Stra8 基因转录起始位点所获 cDNA 序列
附表 3 染色体步移布氏田鼠 Stra8 基因所获上游序列
附表 4 布氏田鼠 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内不同组织不同季节的 CpG 位点的甲基化百分比统计
附表 5 布氏田鼠睾丸组织 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 区域内各 CpG 位点在不同季节的甲基化百分比的差异差异显著性分析
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA甲基化与脊椎动物胚胎发育[J]. 杨晓丹,韩威,刘峰. 遗传. 2012(09)
[2]DNA甲基化在精子发生中的作用[J]. 葛少钦,李向阳,李建忠,段斐. 生命的化学. 2012(03)
[3]Effects of fasting and refeeding on expression of MAFbx and MuRF1 in chick skeletal muscle[J]. LI QingHe 1,LI JinXiu 1,LAN He 1,WANG Nan 2,HU XiaoXiang 1,CHEN Li 3 ＆ LI Ning 1 1 State Key Laboratory for Agrobiotechnology,China Agricultural University,Beijing 100193,China;2 College of Veterinary Medicine,China Agricultural University,Beijing 100193,China;3 Institute of Animal Sciences and Veterinary Medicine,Zhejiang Academy of Agricultural Sciences,Hangzhou 310021,China. Science China（Life Sciences）. 2011(10)
[4]小鼠精原干细胞体外分化中Stra8、mina53表达的研究[J]. 王宝峰,王菊,谢松松,周宗瑶. 石河子大学学报(自然科学版). 2010(06)
[5]繁殖季节和非繁殖季节布氏田鼠种群参数和生理特点的差异[J]. 王大伟,丛林,王宇,刘晓辉. 生态学报. 2010(13)
[6]棉铃虫细胞色素P450 CYP9A12基因5′-上游区的克隆及序列分析[J]. 周颖君,杨亦桦,武淑文,吴益东. 昆虫学报. 2008(02)
[7]锡林郭勒盟阿巴嘎旗布氏田鼠发生及防治[J]. 于成,萨仁花,罗建平,高宏. 内蒙古草业. 2006(01)
[8]布氏田鼠数量和空间分布的年际动态及周期性初步分析[J]. 房继明，孙儒泳. 动物学杂志. 1994(06)
[9]内蒙古草场鼠害的基本特征及其生态对策[J]. 钟文勤,周庆强,孙崇潞. 兽类学报. 1985(04)
[10]布氏田鼠种群繁殖的研究[J]. 张洁,钟文勤. 动物学报. 1979(03)
本文编号：3687600
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