鸭 MyoD1、SCD1、DRD1 基因变异对肉质和血清生化指标的遗传效应研究
发布时间：2022-12-04 20:04
本研究以樱桃谷鸭（104只）、三穗鸭（133只）和兴义鸭（110只）为材料，主要采用PCR-SSCP结合直接测序法研究MyoD1、DRD1和SCD1基因变异对血清生化指标和肉质性状的遗传效应，并对不同多态位点及多态座位间的不同基因型进行聚合效应分析，以期找出对血清生化指标和肉质性状有积极影响作用的分子遗传标记辅助选择位点，服务于鸭的早期选育和育种工作，为改善鸭肉质性状，提高鸭的生产性能提供理论依据，为下一步开展3个基因的作用机制，基因间聚合效应研究等奠定工作基础。本研究主要结果如下： 1．鸭MyoD1基因多态对肉质和血清生化指标的遗传效应分析 （1）设计5对引物对MyoD1基因的1-4全部外显子及部分5’调控区和内含子进行SNPs检测，在樱桃谷鸭和兴义鸭MyoD1基因g.95589-95863区域发现1个处于5’调控区的SNP位点g.95617C＞G，均属中度多态座位，基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡（P＞0.05）。在三穗鸭MyoD1基因g.95589-95863区域检测到5个SNPs位点，其中g.95730G＞A处于5’端调控区内；g.95740G＞A...
【文章页数】：108 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 前言
1.2 实验鸭品种介绍
1.2.1 樱桃谷鸭
1.2.2 三穗鸭
1.2.3 兴义鸭
1.3 MyoD1 的研究进展
1.3.1 MyoD1 基因的结构及生物学功能
1.3.2 MyoD1 的多态性研究
1.4 DRD1 的研究进展
1.4.1 DRD1 基因的结构及生物学功能
1.4.2 DRD1 的多态性研究
1.5 SCD1 的研究进展
1.5.1 SCD1 基因的结构及生物学功能
1.5.2 SCD1 基因的多态性研究
1.6 PCR-SSCP 法
1.6.1 PCR-SSCP 的原理及步骤
1.6.2 PCR-SSCP 技术的应用
1.6.3 PCR-SSCP 技术应用注意事项
1.7 single nucleotide Polymorphism，SNP
1.8 本研究的目的与意义
第二章 鸭 MyoD1 基因多态与肉质和血清生化指标关联性分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验鸭群
2.2.2 试验仪器
2.2.3 试验主要试剂
2.2.4 试验方法
2.2.4.1 测定的肉质性状及方法
2.2.4.2 血清生化指标测定方法
2.2.5 试验主要溶液的配制
2.2.6 鸭全基因组 DNA 酚-氯仿提取方法
2.2.7 DNA 浓度和纯度检测
2.2.8 琼脂糖凝胶电泳检测
2.2.9 引物设计与合成
2.2.10 合成引物的稀释
2.2.11 PCR 扩增
2.2.12 PCR 产物检测
2.2.13 PCR 产物纯化
2.2.14 PCR-SSCP 检测
2.2.15 制胶方法及电泳
2.2.16 聚丙烯酰胺凝胶银染
2.2.17 序列分析
2.2.18 主要数据分析软件及在线网站
2.2.19 群体遗传特性分析
2.2.19.1 基因频率和基因型频率
2.2.19.2 群体纯合度
2.2.19.3 群体杂合度
2.2.19.4 有效等位基因数
2.2.19.5 多态信息含量(PIC)
2.2.19.6 群体 Hardy-Weinberg 平衡状态的检验
2.2.20 单基因聚合模型
2.2.21 数据统计与分析
2.3 结果与分析
2.3.1 DNA 检测结果
2.3.2 PCR 产物检测结果
2.3.3 PCR-SSCP 分型结果
2.3.3.1 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-1F/1R 扩增的目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.3.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.3.3 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-4F1/4R1 扩增目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.4 SNPs 检测结果
2.3.4.1 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-1F/1R 扩增的目的片段SNPs 分析
2.3.4.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增目的片段 SNPs分析
2.3.4.3 鸭MyoD1基因引物MyoD1-4F1/4R1扩增目的片段SNPs分析
2.3.5 基因遗传特性分析结果
2.3.5.1 鸭MyoD1基因MyoD1-1F/1R引物扩增区域遗传特异性分析
2.3.5.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增区域遗传特异性分析
2.3.5.3 鸭MyoD1基因引物MyoD1-4F1/4R1扩增区域遗传特异性分析
2.3.6 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.7 鸭MyoD1基因g.100111-100414区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.8 鸭 MyoD1 基因 g.100956-101194 区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.9 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态座位和g.100111-100414 区域多态座位聚合效应分析
2.3.10 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态座位和g.100956-101194 区域多态座位聚合效应分析
2.3.11 鸭 MyoD1 基因 g.100111-100414 区域多态座位和g.100956-101194 区域多态座位聚合效应分析
2.4 讨论
第三章 鸭 DRD1 基因多态性与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 试验材料
3.2.2 试验方法
3.2.3 引物设计
3.2.4 PCR 扩增
3.2.5 PCR-SSCP 分型
3.2.6 数据统计与分析
3.3. 结果与分析
3.3.1 DNA 检测结果
3.3.2 PCR 产物检测结果
3.3.3 PCR-SSCP 分型结果
3.3.3.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增片段 PCR-SSCP 分型
3.3.3.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增片段 PCR-SSCP 分型
3.3.4 SNPs 检测结果
3.3.4.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增的目的片段 SNPs 分析
3.3.4.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增的目的片段 SNPs 分析
3.3.5 遗传特性分析结果
3.3.5.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增片段遗传特性分析
3.3.5.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增片段遗传特性分析
3.3.6 鸭 DRD1 基因多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.1 鸭 DRD1 基因编码区 130-587 bp 区域多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.2 鸭 DRD1 基因编码区 572-980bp 区域多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.3 鸭 DRD1 基因编码区 130-587 bp 区域多态座位和572-980bp 区域多态座位聚合效应分析
3.4 讨论
第四章 鸭 SCD1 基因多态性与血清生化指标和肉质性状的
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 试验材料
4.2.2 试验方法
4.2.3 引物设计
4.2.4 PCR 扩增
4.2.5 PCR-SSCP 分型
4.2.6 数据统计与分析
4.3 结果与分析
4.3.1 DNA 检测结果
4.3.2 PCR 产物检测结果
4.3.3 PCR-SSCP 分型结果
4.3.4 SNP 分析结果
4.3.5 遗传特性分析结果
4.3.6 鸭 SCD1 基因多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
4.4 讨论
第五章 结论
5.1 主要结论
5.2 本研究创新点
5.3 进一步需要开展的工作
参考文献
致谢
附录
附图
【参考文献】：
期刊论文
[1]优质肉鸡肌苷酸与肌内脂肪含量相关基因聚合效应研究[J]. 张增荣,杜华锐,金红,李晴云,杨朝武,李雯,邱莫寒,刘岚,宋小燕,蒋小松. 四川农业大学学报. 2013(03)
[2]山猪与杜洛克猪7个肉质相关基因的比较分析[J]. 王薇,薛雷,赵丹璐,章熙霞,薛文达,许晓风. 中国畜牧杂志. 2013(17)
[3]樱桃谷鸭DRD1基因CDS区域多态与生长性状的关联性分析[J]. 潘兰兵,张依裕,林家栋,李万贵,李思. 广东农业科学. 2013(15)
[4]家兔MyoD1基因多态性与生长和屠宰性能的相关性[J]. 何桦,张文秀,赖松家. 畜牧与兽医. 2013(06)
[5]高邮鸭和金定鸭胸肌早期发育及MyoD1基因表达分析[J]. 朱春红,陶志云,宋迟,宋卫涛,胡艳,束婧婷,章双杰,李慧芳. 家畜生态学报. 2013(04)
[6]兴义鸭体重生长曲线拟合与比较[J]. 张依裕,赵素阁,潘兰兵,伍悦,刘传朝,张明,王俊,肖纯猛. 贵州农业科学. 2013(03)
[7]庄河大骨鸡GHR、IGF-Ⅰ基因的多态性及基因聚合对产肉性能的影响[J]. 王洪才,马巍,袁晓春,宋天玉. 畜牧与兽医. 2013(02)
[8]五指山猪不同组织中Myf5与MyoD1基因的表达研究[J]. 曹婷,侯冠彧,施力光,周汉林,张立岭. 家畜生态学报. 2012(05)
[9]鸭胚骨骼肌生肌调节因子MyoD1和Myf5发育性变化研究[J]. 陶志云,邹剑敏,宋迟,宋卫涛,胡艳,束婧婷,章双杰,李慧芳. 中国家禽. 2012(17)
[10]猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析[J]. 赵广珍,贾青,张翠翠,雷娜,冯安学,邢增喜. 河北农业大学学报. 2012(04)
博士论文
[1]动物标记辅助基因聚合优化体系研究[D]. 徐凌洋.中国农业科学院 2011
硕士论文
[1]鹅SCD1基因全长cDNA的克隆、组织表达及填饲对其表达的影响[D]. 付晓英.四川农业大学 2010
[2]MyoD、MyoG基因的多态性及其与鸡屠宰性状和肉质性状的相关性研究[D]. 王琼.四川农业大学 2007
本文编号：3708905
【文章页数】：108 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 前言
1.2 实验鸭品种介绍
1.2.1 樱桃谷鸭
1.2.2 三穗鸭
1.2.3 兴义鸭
1.3 MyoD1 的研究进展
1.3.1 MyoD1 基因的结构及生物学功能
1.3.2 MyoD1 的多态性研究
1.4 DRD1 的研究进展
1.4.1 DRD1 基因的结构及生物学功能
1.4.2 DRD1 的多态性研究
1.5 SCD1 的研究进展
1.5.1 SCD1 基因的结构及生物学功能
1.5.2 SCD1 基因的多态性研究
1.6 PCR-SSCP 法
1.6.1 PCR-SSCP 的原理及步骤
1.6.2 PCR-SSCP 技术的应用
1.6.3 PCR-SSCP 技术应用注意事项
1.7 single nucleotide Polymorphism，SNP
1.8 本研究的目的与意义
第二章 鸭 MyoD1 基因多态与肉质和血清生化指标关联性分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验鸭群
2.2.2 试验仪器
2.2.3 试验主要试剂
2.2.4 试验方法
2.2.4.1 测定的肉质性状及方法
2.2.4.2 血清生化指标测定方法
2.2.5 试验主要溶液的配制
2.2.6 鸭全基因组 DNA 酚-氯仿提取方法
2.2.7 DNA 浓度和纯度检测
2.2.8 琼脂糖凝胶电泳检测
2.2.9 引物设计与合成
2.2.10 合成引物的稀释
2.2.11 PCR 扩增
2.2.12 PCR 产物检测
2.2.13 PCR 产物纯化
2.2.14 PCR-SSCP 检测
2.2.15 制胶方法及电泳
2.2.16 聚丙烯酰胺凝胶银染
2.2.17 序列分析
2.2.18 主要数据分析软件及在线网站
2.2.19 群体遗传特性分析
2.2.19.1 基因频率和基因型频率
2.2.19.2 群体纯合度
2.2.19.3 群体杂合度
2.2.19.4 有效等位基因数
2.2.19.5 多态信息含量(PIC)
2.2.19.6 群体 Hardy-Weinberg 平衡状态的检验
2.2.20 单基因聚合模型
2.2.21 数据统计与分析
2.3 结果与分析
2.3.1 DNA 检测结果
2.3.2 PCR 产物检测结果
2.3.3 PCR-SSCP 分型结果
2.3.3.1 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-1F/1R 扩增的目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.3.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.3.3 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-4F1/4R1 扩增目的片段PCR-SSCP 分型
2.3.4 SNPs 检测结果
2.3.4.1 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-1F/1R 扩增的目的片段SNPs 分析
2.3.4.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增目的片段 SNPs分析
2.3.4.3 鸭MyoD1基因引物MyoD1-4F1/4R1扩增目的片段SNPs分析
2.3.5 基因遗传特性分析结果
2.3.5.1 鸭MyoD1基因MyoD1-1F/1R引物扩增区域遗传特异性分析
2.3.5.2 鸭 MyoD1 基因引物 MyoD1-3F/3R 扩增区域遗传特异性分析
2.3.5.3 鸭MyoD1基因引物MyoD1-4F1/4R1扩增区域遗传特异性分析
2.3.6 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.7 鸭MyoD1基因g.100111-100414区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.8 鸭 MyoD1 基因 g.100956-101194 区域多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
2.3.9 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态座位和g.100111-100414 区域多态座位聚合效应分析
2.3.10 鸭 MyoD1 基因 g.95589-95863 区域多态座位和g.100956-101194 区域多态座位聚合效应分析
2.3.11 鸭 MyoD1 基因 g.100111-100414 区域多态座位和g.100956-101194 区域多态座位聚合效应分析
2.4 讨论
第三章 鸭 DRD1 基因多态性与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 试验材料
3.2.2 试验方法
3.2.3 引物设计
3.2.4 PCR 扩增
3.2.5 PCR-SSCP 分型
3.2.6 数据统计与分析
3.3. 结果与分析
3.3.1 DNA 检测结果
3.3.2 PCR 产物检测结果
3.3.3 PCR-SSCP 分型结果
3.3.3.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增片段 PCR-SSCP 分型
3.3.3.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增片段 PCR-SSCP 分型
3.3.4 SNPs 检测结果
3.3.4.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增的目的片段 SNPs 分析
3.3.4.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增的目的片段 SNPs 分析
3.3.5 遗传特性分析结果
3.3.5.1 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F1/R1 扩增片段遗传特性分析
3.3.5.2 鸭 DRD1 基因引物 DRD1F2/R2 扩增片段遗传特性分析
3.3.6 鸭 DRD1 基因多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.1 鸭 DRD1 基因编码区 130-587 bp 区域多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.2 鸭 DRD1 基因编码区 572-980bp 区域多态与血清生化指标和肉质的关联性分析
3.3.6.3 鸭 DRD1 基因编码区 130-587 bp 区域多态座位和572-980bp 区域多态座位聚合效应分析
3.4 讨论
第四章 鸭 SCD1 基因多态性与血清生化指标和肉质性状的
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 试验材料
4.2.2 试验方法
4.2.3 引物设计
4.2.4 PCR 扩增
4.2.5 PCR-SSCP 分型
4.2.6 数据统计与分析
4.3 结果与分析
4.3.1 DNA 检测结果
4.3.2 PCR 产物检测结果
4.3.3 PCR-SSCP 分型结果
4.3.4 SNP 分析结果
4.3.5 遗传特性分析结果
4.3.6 鸭 SCD1 基因多态与血清生化指标和肉质性状的关联性分析
4.4 讨论
第五章 结论
5.1 主要结论
5.2 本研究创新点
5.3 进一步需要开展的工作
参考文献
致谢
附录
附图
【参考文献】：
期刊论文
[1]优质肉鸡肌苷酸与肌内脂肪含量相关基因聚合效应研究[J]. 张增荣,杜华锐,金红,李晴云,杨朝武,李雯,邱莫寒,刘岚,宋小燕,蒋小松. 四川农业大学学报. 2013(03)
[2]山猪与杜洛克猪7个肉质相关基因的比较分析[J]. 王薇,薛雷,赵丹璐,章熙霞,薛文达,许晓风. 中国畜牧杂志. 2013(17)
[3]樱桃谷鸭DRD1基因CDS区域多态与生长性状的关联性分析[J]. 潘兰兵,张依裕,林家栋,李万贵,李思. 广东农业科学. 2013(15)
[4]家兔MyoD1基因多态性与生长和屠宰性能的相关性[J]. 何桦,张文秀,赖松家. 畜牧与兽医. 2013(06)
[5]高邮鸭和金定鸭胸肌早期发育及MyoD1基因表达分析[J]. 朱春红,陶志云,宋迟,宋卫涛,胡艳,束婧婷,章双杰,李慧芳. 家畜生态学报. 2013(04)
[6]兴义鸭体重生长曲线拟合与比较[J]. 张依裕,赵素阁,潘兰兵,伍悦,刘传朝,张明,王俊,肖纯猛. 贵州农业科学. 2013(03)
[7]庄河大骨鸡GHR、IGF-Ⅰ基因的多态性及基因聚合对产肉性能的影响[J]. 王洪才,马巍,袁晓春,宋天玉. 畜牧与兽医. 2013(02)
[8]五指山猪不同组织中Myf5与MyoD1基因的表达研究[J]. 曹婷,侯冠彧,施力光,周汉林,张立岭. 家畜生态学报. 2012(05)
[9]鸭胚骨骼肌生肌调节因子MyoD1和Myf5发育性变化研究[J]. 陶志云,邹剑敏,宋迟,宋卫涛,胡艳,束婧婷,章双杰,李慧芳. 中国家禽. 2012(17)
[10]猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析[J]. 赵广珍,贾青,张翠翠,雷娜,冯安学,邢增喜. 河北农业大学学报. 2012(04)
博士论文
[1]动物标记辅助基因聚合优化体系研究[D]. 徐凌洋.中国农业科学院 2011
硕士论文
[1]鹅SCD1基因全长cDNA的克隆、组织表达及填饲对其表达的影响[D]. 付晓英.四川农业大学 2010
[2]MyoD、MyoG基因的多态性及其与鸡屠宰性状和肉质性状的相关性研究[D]. 王琼.四川农业大学 2007
本文编号：3708905
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