三种三齿线虫线粒体全基因组扩增与亲缘关系分析

发布时间：2017-05-16 14:16

  本文关键词：三种三齿线虫线粒体全基因组扩增与亲缘关系分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：三齿线虫是寄生于马、驴、骡等马属动物大肠内的小型圆线虫。它呈世界性分布,可导致宿主贫血和卡他性炎症、创伤和溃疡,胃肠道障碍、营养不良、消瘦,给畜牧业生产造成严重的经济损失。目前对三齿线虫的研究仅限于虫体形态学、流行病学、病原诊断及综合防治等方面,关于线粒体基因组序列分析及亲缘关系的研究还未见报道。本研究的虫体采自然感染马匹,经形态学鉴定为锯齿三齿线虫(Triodontophorus serratus)、短尾三齿线虫(T.brevicauda)和日本三齿线虫(T.nipponicus)后,采用PCR方法对三种三齿线虫线粒体基因组全序列进行扩增、分析。结果:锯齿三齿线虫、短尾三齿线虫和日本三齿线虫线粒体基因组全序列长度分别为13 794 bp、14 305 bp、13 701 bp。每个线粒体基因组均包含36个基因,即12个蛋白编码基因、22个t RNA基因和2个r RNA基因;非编码区(noncoding region)分别为2个、3个和2个。三种三齿线虫线粒体基因组全序列的同源性分别为86.5%(锯齿~短尾)、86.4%(短尾~日本)、85.6%(日本~锯齿),12个蛋白编码基因串联氨基酸序列的同源性分别为93.6%(锯齿~短尾)、93.4%(短尾~日本)、92.8%(日本~锯齿)。三种线虫12个蛋白编码基因长度相同,编码基因长度顺序为:nad5cox1nad4cytbnad1nad2cox3cox2atp6nad6nad3nad4L。三种三齿线虫的基因排列顺序均属于GA3型。为探讨三种三齿线虫之间及与其它圆线虫间的亲缘关系,以串联的12个蛋白编码基因氨基酸序列为基因标记,采用最大简约法(maximum parsimony,MP)、最大似然法(maximum likelihood,ML)及贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发生树。结果三种方法构建的进化树相同或相似,进化树形成两个大的分支,寄生于消化系统和呼吸系统的线虫各形成一个分支;三种三齿线虫位于消化系统这一分支上,且与杯环属和圆线属形成一个小的分支,三齿属与杯环属的关系较圆线属近,锯齿三齿线虫与短尾三齿线虫的关系较日本三齿线虫近。本研究首次获得了锯齿三齿线虫、短尾三齿线虫和日本三齿线虫线粒体基因组全序列,不仅对寄生线虫的线粒体基因组库进行了补充,同时也为进一步研究三齿属线虫的遗传变异、分子分类和进化奠定了基础。
【关键词】：锯齿三齿线虫 短尾三齿线虫 日本三齿线虫 线粒体基因组 进化分析
【学位授予单位】：黑龙江八一农垦大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.7
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 文献综述9-37
• 1.1 三齿线虫病11-15
• 1.1.1 病原11
• 1.1.2 三种三齿线虫的形态特征11-13
• 1.1.3 三齿线虫的生活史13
• 1.1.4 三齿线虫的流行病学13-14
• 1.1.5 三齿线虫病的临床症状及危害14
• 1.1.6 三齿线虫病的防治14-15
• 1.2 线虫mt DNA的研究概况15-35
• 1.2.1 线虫线粒体基因组特点15-33
• 1.2.2 线粒体基因组的应用33-35
• 1.3 研究的目的和意义35-37
• 第二章 材料与方法37-51
• 2.1 材料37-39
• 2.1.1 虫体样本37
• 2.1.2 主要仪器37
• 2.1.3 试剂和酶37-38
• 2.1.4 溶液的配制38
• 2.1.5 培养基的配制38-39
• 2.1.6 主要应用软件39
• 2.1.7 引物的设计与合成39
• 2.2 方法39-51
• 2.2.1 虫体总DNA的提取39-43
• 2.2.2 三种三齿线虫线粒体基因组各部分的扩增及测序43-47
• 2.2.3 三种三齿线虫线粒体基因组的拼接与分析47-48
• 2.2.4 系统发生的研究48-51
• 第三章 结果51-83
• 3.1 三种三齿线虫线粒体全基因组中各段基因序列的扩增及鉴定51-61
• 3.2 三种三齿线虫线粒体基因组全序列的分析61-78
• 3.2.1 三种三齿线虫线粒体基因组的特征分析61-68
• 3.2.2 三种三齿线虫t RNA和r RNA基因68-74
• 3.2.3 三种三齿线虫的非编码区74
• 3.2.4 三种三齿线虫线粒体基因组的基因排列顺序和密码子的使用74
• 3.2.5 亲缘关系分析74-78
• 3.3 讨论78-83
• 3.3.1 三种三齿线虫线粒体基因组的结构特征78-79
• 3.3.2 蛋白编码基因的特征79-80
• 3.3.3 tRNA基因和r RNA基因80-81
• 3.3.4 非编码区81
• 3.3.5 进化分析81-83
• 第四章 全文结论83-85
• 附录85-91
• 参考文献91-103
• 致谢103-105
• 个人简历105-106

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 图尔荪·萨迪尔;卡丽比努尔·尔肯;朱玉涛;木合牙提·沙得别克;恰布旦·阿仔拜;巴音查汗;;新疆阿勒泰富蕴县马自然感染消化道线虫情况初报[J];中国动物传染病学报;2015年03期

2 哈西巴特;李永畅;才仁加甫;红叶;巴图宝力代;巴音查汗;;新疆和静县焉耆马肠道线虫感染情况调查分析[J];草食家畜;2015年03期

3 李永畅;邓海峰;索意利·李吉;巴叶尔;巴音查汗;;伊犁河谷马匹感染消化道寄生虫分析[J];畜牧与兽医;2015年02期

4 贾万忠;闫鸿斌;倪兴维;娄忠子;李宏民;曹平;才学鹏;;蠕虫线粒体基因组研究及其应用进展[J];科学通报;2011年Z2期

5 贾万忠;闫鸿斌;倪兴维;曹平;娄忠子;付宝权;史万贵;;线虫线粒体基因组全序列分析研究进展[J];中国农业科学;2011年06期

6 卜艳珍;崔长海;张路平;;河南省驴寄生圆线虫的种类记述—三齿属Triodontophorus Looss,1902[J];安徽农业科学;2009年18期

7 王摆;汝少国;于子山;房燕;;自由生活海洋线虫Chromadorina sp.的生活史研究[J];水生生物学报;2007年05期

8 钱德兴，杜玉磐，毛银选，何定国，，肖耀南，王道地，阮正祥，苗西明，陈能桥;贵州省马寄生虫区系调查[J];中国兽医科技;1995年10期

9 于德海;黑河地区马寄生虫调查报告[J];黑龙江畜牧兽医;1989年07期

10 黄德生;云南省马寄生虫初步调查(续)[J];兽医科技资料;1979年02期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 王春仁;牛羊仰口线虫PCR-RFLP鉴别方法的建立及线粒体全基因组序列分析[D];吉林农业大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 宿文文;马圆形线虫和马尖尾线虫线粒体全基因组扩增与序列分析[D];黑龙江八一农垦大学;2015年

2 娄艳;两种鼠蛲虫线粒体基因遗传变异研究及线粒体基因组全序列分析[D];黑龙江八一农垦大学;2014年

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本文编号：371078