牛支原体贵州株TU基因的克隆及序列分析

发布时间：2023-02-16 19:51

　　为了解牛支原体(M.bovis)贵州株GZ1、GZ2 TU基因的生物信息学特征,试验对牛支原体贵州株TU基因进行克隆测序和序列分析,应用DNAStar软件对TU基因推导氨基酸序列蛋白亲水性、表面可及性、骨架柔韧性及抗原指数进行预测和分析。结果表明:TU基因克隆测序基因片段长度为1 009 bp,与预期相符。TU基因序列分析显示,牛支原体GZ1株与PG45标准株同源性为99.1%,与GZ2株同源性为99.0%。基因变异性显示,参考牛支原体标准株PG45,GZ1株在第55,134,191,257,389,512,674位发生了突变,在第178,951,962位发生了缺失,GZ2株仅在273位发生了突变。进化树分析显示,GZ1株与国内分离株属同一分支,进化关系近。GZ1株与GZ2、PG45株属不同分支,并且与国外的分离株进化关系较远。TU基因B细胞抗原表位预测结果显示,该蛋白亲水性、表面可及性、骨架区柔韧性都较好,抗原指数高,且分布相对均匀。该蛋白整体区域抗原优势明显,具有良好的抗原性。说明牛支原体TU基因相对保守,各地区分离株存在一定的进化关系。

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【文章目录】：
1 材料
    1.1 菌株
    1.2 主要试剂
2 方法
    2.1 目的基因的扩增
    2.2 TU 基因克隆及序列分析
    2.3 TU 基因抗原性分析
3 结果与分析
    3.1 TU基因的PCR 扩增
    3.2 TU基因克隆及序列分析
        3.2.1 阳性重组质粒筛选
        3.2.2 TU基因的核苷酸序列同源性分析
        3.2.3 牛支原体GZ1、GZ2株TU基因的系统进化树分析
        3.2.4 牛支原体GZ1、GZ2株与标准株PG45的变异位点分析
    3.3 TU基因B细胞抗原表位分析
4 讨论



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