鸡繁殖性状相关基因功能分析及卵巢转录组和miRNAs鉴定
发布时间：2023-02-18 21:05
我国地方家禽遗传资源非常丰富，分别具有特色的优良性状，但繁殖性能普遍较低，成为制约其产业化开发的瓶颈之一。运用传统育种手段，经过长期的持续选择，家禽繁殖性状的选育上已经获得重要的遗传进展，有些品种甚至已接近生理极限。随着分子生物学技术的快速发展，筛选与繁殖性状紧密相关的分子标记或功能基因，为这些性状的选择提供了新的、快捷的途径。 本研究以山东地方鸡种为研究对象，采用直接测序、PCR-RFLP、RT-PCR和第二代Solexa测序技术，从DNA水平、mRNA水平以及全基因转录组和miRNA水平对鸡繁殖性状的遗传机制进行深入研究。 一、VLDLR、BMPR-IB和BMP15基因的多态性与遗传效应 选择山东3个地方鸡种(济宁百日鸡、汶上芦花鸡、莱芜黑鸡)和海兰褐蛋鸡为实验动物，共计1536只，分别检测VLDLR、BMPR-IB和BMP15基因的多态性，并分析与济宁百日鸡繁殖性状的相关性。 VLDLR基因检测到4个SNPs位点：分别是内含子1内的C2500T (V2500)、外显子6内G8467A (V8467)、内含子15内G12321A (V12321)和内含子17内A13876G(V13...
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
符号说明
中文摘要
summary
文献综述
1 影响鸡繁殖性状的因素
1.1 光照
1.2 温度
1.3 饲料营养
1.4 遗传因素
2 影响鸡繁殖性状的相关基因
2.1 极低密度脂蛋白受体
2.2 骨形态发生蛋白受体IB
2.3 骨形态发生蛋白 15
3 关于miRNA
3.1 miRNA的发现
3.2 miRNA的命名
3.3 miRNA的特征
3.4 miRNA的生物合成机制
3.5 miRNA的作用机制及其功能
3.6 miRNA在家禽中的相关研究
4 本研究的目的和意义
第一章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因多态性与遗传效应分析
前言
1 试验材料
1.1 实验群体
1.2 主要仪器设备
1.3 主要药品和限制性内切酶
1.4 主要试剂及配制
1.5 主要数据库及分析软件
2 试验方法
2.1 性状测定记录
2.2 血液基因组DNA抽提
2.3 DNA池构建
2.4 引物信息
2.5 基因型分析
2.6 DNA片段的克隆测序
2.7 单倍型构建及关联分析
3 结果与分析
3.1 基因组DNA的提取
3.2 VLDLR基因多态位点与繁殖性状关联分析
3.3 BMPR-IB基因多态位点与繁殖性状关联分析
3.4 BMP15 基因多态位点与繁殖性状关联分析
4 讨论
5 结论
第二章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因的表达分析
前言
1 试验材料
1.1 试验群体
1.2 主要仪器设备
1.3 主要试剂
2 试验方法
2.1 性状测定记录
2.2 样本总RNA抽提
2.3 RNA质量检测
2.4 反转录
2.5 RealTimePCR
3 结果与分析
3.1 总RNA电泳图
3.2 荧光定量PCR扩增的标准曲线及溶解曲线
3.3 鸡VLDLR基因表达规律
3.4 鸡BMP15 基因表达规律
3.5 鸡BMPR-IB基因表达规律
4 讨论
5 结论
第三章 高、低产汶上芦花鸡卵巢组织的转录组分析
前言
1 试验材料
2 试验方法
2.1 卵巢组织总RNA制备提取
2.2 高、低产鸡卵巢组织转录组测序技术路线
2.3 转录组测序数据分析流程
3 结果与分析
3.1 RNA质量检测
3.2 原始测序数据产出量
3.3 获得基因的GO注释及分类统计
3.4 获得基因的pathway注释分析
3.5 差异表达基因
3.6 基因差异基因的GO注释及分类统计
4 讨论
5 结论
第四章 高、低产汶上芦花鸡卵巢差异表达miRNAs分析
前言
1 试验材料
2 试验方法
2.1 卵巢组织总RNA制备提取
2.2 小RNA测序技术路线
2.3 小RNA测序数据分析流程
3 结果与分析
3.1 RNA质量检测
3.2 原始测序数据产出量
3.3 序列长度分布统计
3.4 Clean reads的碱基偏好
3.5 NcRNA的过滤去除
3.6 高、低产卵巢组织中的miRNAs分析
3.7 高、低产卵巢组织中的差异表达miRNAs分析
4 讨论
5 结论
第五章 全文结论
1 结论
2 有待解决的问题
参考文献
作者简历
导师简介
致谢
本文编号：3745531
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
符号说明
中文摘要
summary
文献综述
1 影响鸡繁殖性状的因素
1.1 光照
1.2 温度
1.3 饲料营养
1.4 遗传因素
2 影响鸡繁殖性状的相关基因
2.1 极低密度脂蛋白受体
2.2 骨形态发生蛋白受体IB
2.3 骨形态发生蛋白 15
3 关于miRNA
3.1 miRNA的发现
3.2 miRNA的命名
3.3 miRNA的特征
3.4 miRNA的生物合成机制
3.5 miRNA的作用机制及其功能
3.6 miRNA在家禽中的相关研究
4 本研究的目的和意义
第一章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因多态性与遗传效应分析
前言
1 试验材料
1.1 实验群体
1.2 主要仪器设备
1.3 主要药品和限制性内切酶
1.4 主要试剂及配制
1.5 主要数据库及分析软件
2 试验方法
2.1 性状测定记录
2.2 血液基因组DNA抽提
2.3 DNA池构建
2.4 引物信息
2.5 基因型分析
2.6 DNA片段的克隆测序
2.7 单倍型构建及关联分析
3 结果与分析
3.1 基因组DNA的提取
3.2 VLDLR基因多态位点与繁殖性状关联分析
3.3 BMPR-IB基因多态位点与繁殖性状关联分析
3.4 BMP15 基因多态位点与繁殖性状关联分析
4 讨论
5 结论
第二章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因的表达分析
前言
1 试验材料
1.1 试验群体
1.2 主要仪器设备
1.3 主要试剂
2 试验方法
2.1 性状测定记录
2.2 样本总RNA抽提
2.3 RNA质量检测
2.4 反转录
2.5 RealTimePCR
3 结果与分析
3.1 总RNA电泳图
3.2 荧光定量PCR扩增的标准曲线及溶解曲线
3.3 鸡VLDLR基因表达规律
3.4 鸡BMP15 基因表达规律
3.5 鸡BMPR-IB基因表达规律
4 讨论
5 结论
第三章 高、低产汶上芦花鸡卵巢组织的转录组分析
前言
1 试验材料
2 试验方法
2.1 卵巢组织总RNA制备提取
2.2 高、低产鸡卵巢组织转录组测序技术路线
2.3 转录组测序数据分析流程
3 结果与分析
3.1 RNA质量检测
3.2 原始测序数据产出量
3.3 获得基因的GO注释及分类统计
3.4 获得基因的pathway注释分析
3.5 差异表达基因
3.6 基因差异基因的GO注释及分类统计
4 讨论
5 结论
第四章 高、低产汶上芦花鸡卵巢差异表达miRNAs分析
前言
1 试验材料
2 试验方法
2.1 卵巢组织总RNA制备提取
2.2 小RNA测序技术路线
2.3 小RNA测序数据分析流程
3 结果与分析
3.1 RNA质量检测
3.2 原始测序数据产出量
3.3 序列长度分布统计
3.4 Clean reads的碱基偏好
3.5 NcRNA的过滤去除
3.6 高、低产卵巢组织中的miRNAs分析
3.7 高、低产卵巢组织中的差异表达miRNAs分析
4 讨论
5 结论
第五章 全文结论
1 结论
2 有待解决的问题
参考文献
作者简历
导师简介
致谢
本文编号：3745531
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3745531.html
