肉鸡血糖—肌糖原—乳酸轴代谢相关调控基因的全基因组鉴定

发布时间：2023-02-28 20:45

　　畜禽血糖-肌糖原-乳酸轴影响机体稳态、生长性能和屠宰后肉品质。血糖、肌糖原和乳酸都为典型低遗传力数量性状。肌糖原等性状代谢的分子调控机理尚未系统揭示。本研究利用全基因组关联分析(GWAS)和转录组表达谱鉴定调控血糖-肌糖原-乳酸轴代谢的候选功能基因,揭示肉鸡血糖-肌糖原-乳酸轴的分子遗传机理,以期为鸡肌肉组织糖代谢相关性状的遗传改良和综合营养调控策略提供理论基础。本研究主要包括以下两个试验:以474只98日龄京星黄鸡母鸡为素材,测定血糖、胸肌组织肌糖原与乳酸含量;利用全基因组重测序技术筛选基因组SNPs和INDELs,用Linkage disequilibrium修正的Bonferroni方法校正P值并计算SNP(1.43E-6,1/699341)和INDEL(1.32E-6,1/755733)的潜在关联P值阈值。GWAS关联分析显示,与血糖性状达到潜在关联水平的SNP位点6个,基因注释分别定位到UBE3D和ACAD9基因附近;与肌糖原达到潜在关联水平的SNPs和INDELs分别为9个和3个,基因注释分别定位到CPNE4、FOSL2和NKD1等基因附近。血糖性状潜在关联的SNP(chr...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

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摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 血糖-肌糖原-乳酸代谢轴代谢概述
        1.1.1 糖代谢对机体生命活动的重要性
        1.1.2 血糖-肌糖原-乳酸轴代谢
    1.2 血糖、肌糖原代谢调控的研究进展
    1.3 全基因组关联分析在功能基因定位研究中的作用
        1.3.1 全基因组关联分析在功能基因定位中的优势和挑战
        1.3.2 GWAS分析在农业经济动物功能基因定位中的应用进展
    1.4 转录组测序与GWAS联合分析在功能基因定位研究中的应用
        1.4.1 转录组测序
        1.4.2 转录组与GWAS联合分析
    1.5 研究目的和意义
    1.6 研究内容和技术路线
        1.6.1 研究内容
        1.6.2 技术路线
第二章 血糖、肌糖原、乳酸性状的全基因组关联分析
    2.1 引言
    2.2 试验材料与方法
        2.2.1 试验动物
        2.2.2 仪器设备
        2.2.3 试剂及溶液配制
        2.2.4 样品采集
        2.2.5 表型测定
        2.2.6 DNA样品制备
        2.2.7 全基因组重测序数据
        2.2.8 荧光定量PCR
    2.3 GWAS数据分析
        2.3.1 表型数据的统计分析
        2.3.2 GWAS数据质量控制
        2.3.3 全基因组关联分析
        2.3.4 生物信息学分析与位置候选基因鉴别
    2.4 结果
        2.4.1 DNA检测结果
        2.4.2 基因分型及质量控制
        2.4.3 表型数据分析
        2.4.4 群体结构和群体分层检测
        2.4.5 血糖、肌糖原和乳酸性状的GWAS分析
    2.5 讨论
    2.6 小结
第三章 结合转录组表达谱鉴定肌糖原含量相关关键基因
    3.1 前言
    3.2 试验方法
        3.2.1 试验动物和样品
        3.2.2 主要仪器与试剂
        3.2.3 总RNA的提取
    3.3 转录组测序过程
        3.3.1 测序数据的质量控制
        3.3.2 比对到参考基因组
        3.3.3 表达水平统计
        3.3.4 差异基因表达水平聚类以及候选基因的功能分析
        3.3.5 WGCNA分析
    3.4 结果
        3.4.1 RNA的提取与质检
        3.4.2 测序数据的质量评估
        3.4.3 差异表达分析
        3.4.4 基因功能注释
        3.4.5 胸肌组织中候选基因表达量与肌糖原含量相关性
        3.4.6 加权基因共表达网络的构建以及模块鉴定
        3.4.7 胸肌组织中鉴定到与肌糖原性状相关的基因模块
    3.5 讨论
    3.6 小结
第四章 全文结论
参考文献
致谢
作者简历



本文编号：3751804