鹿科动物胃内微生物菌群结构及其功能分析
发布时间：2023-03-19 02:45
近年来,随着动物消化系统微生物菌群结构研究的深入,宿主及其消化系统内微生物菌群间协同进化关系正逐步被认知。鹿科动物胃内微生物菌群结构在与其长期协同进化过程中,不断影响其采食行为与食物结构,促使鹿科动物形成了可分解高纤维物质的消化系统,进化出具有特殊膨大的腔体器官和独特的生理结构,来满足复杂的微生物所需的生长环境。但其4个胃内微生物菌群结构及其相互间互作关系与功能,以及差异性是否可以反映出鹿种间系统发育关系仍不清楚。本研究采用高通量测序技术与组织学分析等,对梅花鹿、马鹿、驯鹿、白唇鹿、狍五种鹿科动物的瘤胃、网胃、瓣胃、皱胃内的微生物菌群进行测序,以探索:1)对五种鹿科动物4个胃内细菌、古菌、真菌三大微生物菌群组成结构全面解析,澄清各胃内微生物菌群组成结构。2)通过对比五种鹿科动物胃内微生物菌群差异,尝试探索鹿种耐高海拔或耐寒适应性与胃内微生物菌群关系。3)对比不同鹿种各胃内微生物菌群差异,尝试解析其功能,通过代谢通路功能预测,探究微生物菌群在不同鹿胃内参与分解代谢过程中的功能差异性。4)尝试通过解析胃内微生物菌群差异,探究其与鹿种间系统发育的关系。研究结果表明:1 细菌梅花鹿、驯鹿、白唇...
【文章页数】：168 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
1.1 中国鹿科动物分类及分布区域
1.1.1 分类地位
1.1.2 数量及分布区域
1.2 鹿科动物消化系统、食性研究进展
1.2.1 鹿科动物食性
1.2.2 消化系统形态解剖学
1.3 胃内微生物菌群结构研究方法
1.3.1 传统方法
1.3.2 16S rRNA
1.3.3 KEGG功能预测
1.4 反刍动物胃内微生物菌群多样性研究
1.5 反刍动物胃内微生物菌群功能研究
1.6 本研究目的意义与内容
2 鹿科动物胃内细菌菌群结构与分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.2.1 实验动物
2.2.2 样品处理
2.2.3 实验方法
2.2.4 16S rRNA文库构建
2.2.5 生物信息学分析
2.3 结果
2.3.1 基本序列数据分析
2.3.2 不同鹿科动物胃内细菌菌群差异比对分析
2.3.3 同种鹿科动物不同胃内细菌菌群差异比对分析
2.3.4 不同鹿科动物同一胃内细菌菌群差异比对分析
2.4 讨论
2.5 小结
3 鹿科动物胃内古菌菌群结构与分析
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 实验动物
3.2.2 样品处理
3.2.3 实验方法
3.2.4 16S rRNA文库构建
3.2.5 生物信息学分析
3.3 结果
3.3.1 基本序列数据分析
3.3.2 不同鹿科动物胃内古菌菌群差异比对分析
3.3.3 同种鹿科动物不同胃内古菌菌群结构差异比对分析
3.3.4 不同鹿科动物同一胃内古菌菌群结构差异比对分析
3.4 讨论
3.5 小结
4 鹿科动物胃内真菌菌群结构与分析
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 实验动物
4.2.2 样品处理
4.2.3 实验方法
4.2.4 生物信息学分析
4.3 结果
4.3.1 基本序列数据分析
4.3.2 不同鹿科动物胃内真菌菌群差异比对分析
4.3.3 同种鹿科动物不同胃内真菌菌群结构差异比对分析
4.3.4 不同鹿科动物同一胃内真菌菌群结构差异比对分析
4.4 讨论
4.5 小结
5 鹿科动物胃内微生物菌群功能预测分析
5.1 前言
5.2 材料与方法
5.2.1 实验动物
5.2.2 测定的指标和方法
5.3 结果
5.3.1 鹿科动物采食与消化组织形态的协同关系
5.3.2 基于宏基因组的鹿科动物胃内菌群功能预测分析
5.4 讨论
5.5 小结
结论
参考文献
胃内主要菌及相对应的分类地位
含显著性分析的GraPhlAn进化树图
攻读学位期间发表的学术论文
致谢
本文编号：3764392
【文章页数】：168 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
1.1 中国鹿科动物分类及分布区域
1.1.1 分类地位
1.1.2 数量及分布区域
1.2 鹿科动物消化系统、食性研究进展
1.2.1 鹿科动物食性
1.2.2 消化系统形态解剖学
1.3 胃内微生物菌群结构研究方法
1.3.1 传统方法
1.3.2 16S rRNA
1.3.3 KEGG功能预测
1.4 反刍动物胃内微生物菌群多样性研究
1.5 反刍动物胃内微生物菌群功能研究
1.6 本研究目的意义与内容
2 鹿科动物胃内细菌菌群结构与分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.2.1 实验动物
2.2.2 样品处理
2.2.3 实验方法
2.2.4 16S rRNA文库构建
2.2.5 生物信息学分析
2.3 结果
2.3.1 基本序列数据分析
2.3.2 不同鹿科动物胃内细菌菌群差异比对分析
2.3.3 同种鹿科动物不同胃内细菌菌群差异比对分析
2.3.4 不同鹿科动物同一胃内细菌菌群差异比对分析
2.4 讨论
2.5 小结
3 鹿科动物胃内古菌菌群结构与分析
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 实验动物
3.2.2 样品处理
3.2.3 实验方法
3.2.4 16S rRNA文库构建
3.2.5 生物信息学分析
3.3 结果
3.3.1 基本序列数据分析
3.3.2 不同鹿科动物胃内古菌菌群差异比对分析
3.3.3 同种鹿科动物不同胃内古菌菌群结构差异比对分析
3.3.4 不同鹿科动物同一胃内古菌菌群结构差异比对分析
3.4 讨论
3.5 小结
4 鹿科动物胃内真菌菌群结构与分析
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 实验动物
4.2.2 样品处理
4.2.3 实验方法
4.2.4 生物信息学分析
4.3 结果
4.3.1 基本序列数据分析
4.3.2 不同鹿科动物胃内真菌菌群差异比对分析
4.3.3 同种鹿科动物不同胃内真菌菌群结构差异比对分析
4.3.4 不同鹿科动物同一胃内真菌菌群结构差异比对分析
4.4 讨论
4.5 小结
5 鹿科动物胃内微生物菌群功能预测分析
5.1 前言
5.2 材料与方法
5.2.1 实验动物
5.2.2 测定的指标和方法
5.3 结果
5.3.1 鹿科动物采食与消化组织形态的协同关系
5.3.2 基于宏基因组的鹿科动物胃内菌群功能预测分析
5.4 讨论
5.5 小结
结论
参考文献
胃内主要菌及相对应的分类地位
含显著性分析的GraPhlAn进化树图
攻读学位期间发表的学术论文
致谢
本文编号：3764392
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3764392.html
