沙葱萤叶甲幼虫对温度胁迫响应的转录组学研究

发布时间：2023-03-28 18:29

　　沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是近年来在内蒙古荒漠草原猖獗成灾的一种新害虫。沙葱萤叶甲幼虫最早于4月上旬开始发生,此时发生地气温低、波动大,最低温度可达-10℃。本实验室前期研究表明,沙葱萤叶甲幼虫具有较强的抗寒能力,但对其抗寒性的机理目前了解得很少。本研究采用高通量测序技术,以沙葱萤叶甲2龄幼虫为研究对象,进行了转录组测序。对得到的测序数据进行初步的处理后,再通过数据组装、注释和生物信息学(GO分类、COG注释、Nr注释、代谢通路分析等)分析方法,对其转录组进行了分析;对不同温度处理的幼虫转录组间进行差异表达分析,筛选出与温度胁迫相关的关键基因和代谢通路;同时,对筛选出与冷胁迫相关的2个关键基因进行了克隆、生物信息学及表达谱分析。主要结果如下:1.沙葱萤叶甲2龄幼虫分别经-10、-5、0、5、25(对照)和35℃处理1 h、25℃恢复30 min后,进行转录组测序,组装获得6个转录组,经测序质量控制,共得到32.67Gb clean data,6个样品Q30碱基百分比均高于85.75%。共得到30,915,046条reads片段和22,732,768个c...

【文章页数】：132 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 沙葱萤叶甲概述
        1.1.1 内蒙古草原沙葱萤叶甲的发生危害
        1.1.2 沙葱萤叶甲研究进展
    1.2 转录组学研究概况
    1.3 高通量测序技术及其在昆虫转录组研究中的应用
    1.4 基因表达分析方法
    1.5 昆虫对温度胁迫响应的分子机制研究进展
    1.6 研究目的及意义
2 沙葱萤叶甲转录组测序及生物信息学分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 研究方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1 总RNA提取结果
        2.2.2 Illumina测序以及组装
        2.2.3 生物信息学分析
    2.3 讨论
3 沙葱萤叶甲温度胁迫差异表达基因筛选及分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 研究方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 差异表达基因的筛选
        3.2.2 差异表达基因的聚类分析
        3.2.3 注释差异表达基因的筛选
        3.2.4 差异表达基因验证
    3.3 讨论
4 沙葱萤叶甲丝氨酸蛋白酶基因GdSP的克隆及对温度胁迫的响应
    4.1 材料与方法
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 研究方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 沙葱萤叶甲丝氨酸蛋白酶基因的克隆与序列分析
        4.2.2 沙葱萤叶甲丝氨酸蛋白酶同源比对和系统进化分析
        4.2.3 沙葱萤叶甲GdSP在不同温度胁迫下的表达分析
    4.3 讨论
5 沙葱萤叶甲表皮蛋白基因GdAbd的克隆及对温度胁迫的响应
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 研究方法
    5.2 结果与分析
        5.2.1 沙葱萤叶甲表皮蛋白基因的克隆与序列分析
        5.2.2 沙葱萤叶甲表皮蛋白基因的同源比对和系统进化分析
        5.2.3 沙葱萤叶甲表皮蛋白基因在不同温度胁迫下的表达分析
    5.3 讨论
6 结论与展望
    6.1 结论
        6.1.1 沙葱萤叶甲幼虫转录组分析
        6.1.2 沙葱萤叶甲温度胁迫差异表达基因分析
        6.1.3 沙葱萤叶甲丝氨酸蛋白酶基因GdSP的克隆及对温度胁迫的响应
        6.1.4 沙葱萤叶甲表皮蛋白基因GdAbd的克隆及对温度胁迫的响应
    6.2 本研究的创新点
    6.3 展望
致谢
参考文献
附录
作者简介



本文编号：3773049