陆川猪和杜洛克猪肝脏、肌肉与脂肪组织circRNA的表达差异分析

发布时间：2023-03-28 21:15

　　近几年在动物、植物、微生物以及人类转录组的研究中,发现一种在细胞内稳定存在并具有一定功能的RNA分子,名为环状RNA(circular RNA,circRNA)。已有研究表明,生物细胞中存在较高丰度和较多种类的circRNA,并且部分circRNA在细胞内起到miRNA海绵的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,上调靶基因的表达水平。猪中具有哪些circRNA,它们可能的功能是什么,这些问题尚不清楚。本项目通过比较中外猪种不同组织的circRNA表达差异,试图揭示circRNA在脂肪代谢中的潜在作用。在本实验研究中,我们选择了陆川猪和杜洛克猪作为实验对象。测定了两种猪的基本生理指标,证实它们在背膘厚度上存在显著差异。而后采集两种猪的肝脏、脂肪和肌肉组织样品进行mRNA和circRNA测序和分析。每个组织由3头猪的样品构建混合样品池,完成2个猪种、3个组织共6个样品的转录组和circRNA测序,一共获得101.82Gb Clean Data,平均每个样品的Clean Data均达到15.46Gb,并且Q30碱基百分比也在85.00%及以上l分别将各样品的Clean Reads与指...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
引用术语缩写说明
第一章 文献综述
    1.1 研究背景
    1.2 实验动物
        1.2.1 陆川猪
        1.2.2 杜洛克猪
    1.3 猪肉品质
        1.3.1 猪肉品质的指标
    1.4 脂代谢
    1.5 circRNA以及circRNA测序
        1.5.1 circRNA的概念
        1.5.2 circRNA的研究进展
        1.5.3 circRNA的功能和作用机制
    1.6 高通量测序技术及其应用
    1.7 GO数据库和KEGG数据库的介绍
    1.8 试验研究的内容、目的及意义
        1.8.1 研究的内容
        1.8.2 研究目的与意义
第二章 材料与方法
    2.1 试验仪器与试剂耗材
        2.1.1 实验仪器与设备
        2.1.2 试验试剂与耗材
    2.2 试验动物处理和主要试剂的配制
        2.2.1 试验动物饲喂管理以及屠宰取样
        2.2.2 主要溶液的配置方法
    2.3 肉质测定
        2.3.1 背膘厚度测定
        2.3.2 pH值测定
        2.3.3 肉色测定
        2.3.4 系水力测定
        2.3.5 剪切力测定
    2.4 试验方法
        2.4.1 组织总RNA的提取
        2.4.2 高通量测序
    2.5 高通量测序的数据分析
        2.5.1 数据质量控制
        2.5.2 测序数据与参考基因组序列比对分析
        2.5.3 转录组文库质量评估
    2.6 circRNA的鉴定
    2.7 差异表达分析
    2.8 统计分析
第三章 试验结果与分析
    3.1 正常饲养条件下两种猪的猪肉品质性状评价
    3.2 高通量测序
        3.2.1 样品中总RNA的质量检测结果
        3.2.2 RNA文库构建及质量控制
        3.2.3 circRNA片段化的随机性检测
    3.3 circRNA测序数据概况
        3.3.1 原始数据及其质量控制
        3.3.2 Mapped Reads在染色体上和参考基因组上不同区域的分布
    3.4 circRNA的分析结果
        3.4.1 circRNA的鉴定
        3.4.2 circRNA的特征分析
        3.4.3 circRNA的表达特征
        3.4.4 circRNA与mRNA的表达差异分析
        3.4.5 circRNA功能相关的分析
        3.4.6 脂肪相关的circRNA的QTL联合分析
第四章 讨论
    4.1 circRNA的组织特异性分析
    4.2 circRNA的差异表达分析
    4.3 脂肪相关的QTL联合分析
第五章 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士学位期间发表的论文情况



本文编号：3773303