单、多羔山羊卵巢差异表达miRNA筛选与分析

发布时间：2023-04-06 19:24

　　在山羊中,安徽白山羊总体各项繁殖力参数较高,是安徽省皖北和江淮之间的广大平原、丘陵地区人民的重要生产资料,其经济效益依赖于它的总生产力,而这种总生产力更多的依赖于母羊的高产羔率。然而,有关于山羊繁殖性状的遗传力很低(0.09-0.14),较难过传统的育种方法来改进其遗传进展。因此研究者们将他们的目光聚焦于分子育种技术,以期快速提高山羊繁殖力。卵巢是动物体内重要的生殖器官之一,在生殖调控过程中发挥非常重要的作用,其排卵的多少影响个体产羔率的高低。MicroRNA(miRNA)是一类通过降解或干扰mRNA正常表达的方式来实现调控基因转录后表达的非编码小RNA。许多研究表明,miRNA在卵巢的所有生物学过程都起较重要的作用,包括卵泡形成、发育、凋亡,黄体形成与消失。为探索解释miRNA在山羊繁殖性状中产羔率方面所扮演的角色,期望筛选并鉴别某些miRNA序列可被用于后续研究以提高山羊排卵率及产羔率。在本研究中,我们使用高通量测序的方法,在产单羔和多羔的安徽白山羊母羊卵泡期卵巢中探测miRNA的各自表达谱,及其差异性表达情况,预测其潜在的候选miRNA,并对miRNA的靶基因进行了GO富集分析和...

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略词表
文献综述
    1 山羊的产羔率性状
        1.1 山羊的产羔率定义
        1.2 各品种山羊的产羔率概况
        1.3 山羊产羔率性状的经济价值
    2 山羊产羔率的差异研究
        2.1 环境因素对山羊产羔率的影响
        2.2 营养水平对山羊产羔率的影响
        2.3 激素分泌对山羊产羔率的影响
        2.4 遗传基因对山羊产羔率的影响
    3 关于山羊卵巢的研究
        3.1 卵巢中的卵泡生长
        3.2 卵巢的激素分泌研究
        3.3 卵巢基因表达研究
    4 miRNA在卵巢上的研究进展
        4.1 miRNA的特点与生物学功能
        4.2 卵巢中的miRNA研究
        4.3 研究较多的几种卵巢miRNA
引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
        1.1.1 试验动物与样品采集
        1.1.2 主要仪器设备
        1.1.3 主要试验药品与试剂
    1.2 试验方法与流程
        1.2.1 总RNA提取
        1.2.2 总RNA的质量分析
        1.2.3 RNA混合池建立
        1.2.4 卵巢miRNA测序文库的构建和高通量测序
        1.2.5 测序原始数据处理
        1.2.6 小RNA的基因组比对
        1.2.7 与重复序列的比对
        1.2.8 与外显子、内含子的比对
        1.2.9 小RNA文库的分类注释
        1.2.10 卵泡期卵巢miRNA的表达谱构建
        1.2.11 已知miRNA的差异分析
        1.2.12 聚类分析
        1.2.13 候选miRNA的预测
        1.2.14 miRNA靶基因的GO富集分析
        1.2.15 miRNA靶基因的KEGG通路分析
        1.2.16 miRNA测序结果的qRT-PCR验证
2 结果与分析
    2.1 总RNA质量检测
    2.2 文库序列质量处理
    2.3 小RNA文库片段长度分布统计
    2.4 小RNA基因组比对
    2.5 与重复序列比对
    2.6 与外显子、内含子的比对
    2.7 小RNA文库的分类注释
    2.8 山羊卵泡期卵巢miRNA的表达谱构建
    2.9 单、多羔山羊卵泡期卵巢miRNA的差异表达分析
    2.10 绘制miRNA表达聚类图
    2.11 候选miRNA的预测
    2.12 miRNA靶基因的GO富集分析
    2.13 miRNA靶基因的KEGG通路分析
    2.14 定量验证结果
3 讨论
    3.1 试验材料的选择
    3.2 数据统计补充说明
    3.3 miRNA表达谱与候选miRNA的预测
    3.4 单、多羔文库差异表达miRNA的探测
    3.5 GO富集分析与KEGG通路分析
    3.6 定量验证讨论
4 结论
参考文献
附录A 单、多羔山羊卵巢组织miRNA差异表达(单羔组归一化表达量高于100部分)
致谢
个人简介



本文编号：3784272