藏系绵羊种质资源鉴定技术的研究

发布时间：2023-04-20 00:24

　　藏系绵羊生活在高海拔的青藏高原地区,恶劣的生态环境造就了藏羊适应力强、免疫力高、可饲范围广等特性,是青藏高原地区农牧民的主要生产和生活资料。高寒地区复杂的地形、气候使藏系绵羊群体逐步趋于多样化,仅基于地域、外貌特征以及生产性能已很难将这些群体进行分类和鉴定,各样式的命名方式、粗略的划分方法以及遗传学信息的匮乏等都将会成为藏系绵羊在推广与品种选育过程中的阻碍。基因组测序和基因分型技术的飞速发展,使得从基因组水平对畜禽品种进行种质资源鉴定成为了可能。本研究基于AffymetrixOvineSNP600K高密度芯片对西藏、青海、甘肃、云南、四川5个地区的20个藏系绵羊群体(共384个个体)进行全基因组检测,分析藏系绵羊群体的遗传多样性及群体间的结构关系,并利用群体分化指数FST筛选出各个藏系绵羊群体的候选特异性SNP位点,大大降低了种质资源鉴定的成本,技术具有较好的推广前景。研究结果如下:(1)384个样品DNA的分型结果显示,大部分样本的位点检出率达到94%以上,检测到604554个SNPs位点;质量控制后,有10个个体被去除,剩余374个个体和423178个高质量SNPs。(2)利用杂合...

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
缩略词表
第一章 文献综述
    1 藏系绵羊简介
    2 遗传标记在藏系绵羊品种鉴定中的应用
        2.1 形态学遗传标记的应用
        2.2 细胞学遗传标记的应用
        2.3 生化遗传标记的应用
        2.4 分子遗传标记的应用
            2.4.1 限制性片段长度多态性(RFLP)
            2.4.2 随机扩增多态性DNA (RAPD)
            2.4.3 扩增片段长度多态性(AFLP)
            2.4.4 简单重复序列(SSR)
            2.4.5 单核苷酸序列多态性(SNPs)
    3 选择信号
        3.1 选择信号的分类
        3.2 选择信号的检测方法
            3.2.1 基于位点频率谱的检测方法
            3.2.2 基于群体分化的检测方法
            3.2.3 基于连锁不平衡的检测方法
    4 本研究的目的和意义
第二章 藏系绵羊群体遗传结构研究
    1 材料与方法
        1.1 实验动物和样品采集
        1.2 主要实验仪器与试剂
        1.3 基因组DNA提取
        1.4 基因组DNA质量检测
    2 芯片数据的分型和质量控制
        2.1 基因分型
        2.2 质量控制
    3 遗传多样性分析
        3.1 杂合度
        3.2 近交系数
    4 群体结构分析
        4.1 主成分分析(PCA)
        4.2 系统发育树构建(NJ-tree)
        4.3 群体结构(STRUCTURE)
    5 结果
        5.1 分型及质控结果
        5.2 遗传多样性分析结果
        5.3 群体关系分析结果
            5.3.1 藏系绵羊群体进行PCA分析
            5.3.2 藏系绵羊群体进行NJ树分析
            5.3.3 藏系绵羊群体进行STRUCTURE分析
    6 讨论
第三章 藏系绵羊品种特异性遗传标签的构建
    1 群体分化指数F_ST检验
    2 特异性遗传标签的构建方法
    3 基因注释和富集分析
    4 结果
        4.1 地域特异性遗传标签的构建
        4.2 品种特异性遗传标签的构建
        4.3 富集分析结果
    5 讨论
第四章 全文结论
参考文献
致谢



本文编号：3794510