安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特性分析

发布时间：2023-05-14 01:57

　　为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV(GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS)penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%～100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主(54.29%);结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 毒株
    1.2 主要试剂
    1.3 引物设计与合成
    1.4 病毒总DNA的提取
    1.5 PCR扩增
    1.6 克隆及测序
    1.7 生物信息学分析
2 结 果
    2.1 penton基因片段扩增
    2.2 penton基因的克隆鉴定
    2.3 penton基因核苷酸序列及推导氨基酸同源性比对分析
    2.4 penton基因序列系统进化树
    2.5 penton蛋白理化性质分析
    2.6 penton蛋白结构与功能预测分析
    2.7 penton蛋白B细胞多参数预测
3 讨 论
4 结 论



本文编号：3816957