VRTN和KTN1基因转座子插入多态鉴定及其与生产性能的关联分析

发布时间：2023-06-03 10:07

　　转座元件(Transposable elements,TEs)是能够在其原始宿主细胞内移动的DNA序列,根据不同的结构和转座机制分为RNA转座子(I类)和DNA转座子(II类)。哺乳动物基因组中的转座子主要是RNA转座子,其转座时均需要借助RNA中间体进行。研究表明,反转录转座子对哺乳动物蛋白编码基因的进化、结构和功能有很大贡献,其中短散在重复序列(short interspersed repeated sequences,SINE)是哺乳动物基因组中重要的反转录转座子,蛋白编码基因中SINE的插入可能影响其功能。因此,本文挑选VRT和KTN1两个蛋白编码基因,研究转座子对其序列和结构变异的贡献,探究SINE的插入对猪生长繁殖性能是否产生影响,并开发新型有价值的猪基因组分子标记。主要结果如下:1、通过BLAST获得不同品种猪VRTN基因和KTN1基因及其侧翼序列,用C1 ustralx程序进行多序列比对,并通过RepeatMasker注释转座子插入位点。在VR N基因中发现3个大的结构突变,由SINE转座子插入引起,命名为VRTN-sRTI P1、VRTN-sRTIP2和VRTN-sR...

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【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
文献综述
    第一章 转座子概述
        1 转座子
            1.1 转座子的定义
            1.2 转座子分类
            1.3 转座子对基因组和基因进化的影响
            1.4 转座子技术的应用
            1.5 短散在重复序列(SINE)概述
            1.6 VRTN基因研究进展
            1.7 KTN1基因研究进展
实验部分
    第二章 SINE-VRTN与生长繁殖性能的关联分析及生物信息学分析
        1 材料与方法
            1.1 试验动物
            1.2 主要仪器设备
            1.3 主要试剂
            1.4 基因组提取
            1.5 聚合酶链式反应——PCR及琼脂糖凝胶电泳检测
            1.6 引物设计及合成
            1.7 统计分析
            1.8 获取VRTN基因和侧翼序列
            1.9 VRTN序列(包括基因和侧翼区)与不同物种进行基因组比对分析
            1.10 逆转录转座子注释
            1.11 基因结构和启动子预测
        2 结果
            2.1 通过比较基因组比对发现VRTN基因3个大的结构突变
            2.2 逆转录转座子注释从SINE插入多态发现VRTN基因3个大片段结构突变
            2.3 VRTN-sRTIPs在不同品种的不均匀分布
            2.4 VRTN基因中SINE插入情况在群体中与生长繁殖性状关联分析
        3 讨论
        4 小结
    第三章 SINE-KTN1与生产性能的关联分析及生物信息学分析
        1 试验材料
            1.1 试验样品
            1.2 基因组提取
            1.3 聚合酶链式反应——PCR及琼脂糖凝胶电泳检测
            1.4 统计分析
            1.5 获取KTN1基因和侧翼序列
            1.6 KTN1序列(包括基因和侧翼区)在不同物种间保守性分析
            1.7 逆转录转座子注释
            1.8 启动子预测
            1.9 多序列比对
        2 结果
            2.1 KTN1基因比较基因组比对
            2.2 KTN1基因在不同物种中相对比较保守
            2.3 转座子对KTN1基因的贡献
            2.4 KTN1基因中存在13个结构突变
            2.5 群体多态性检测
            2.6 KTN1基因中SINE插入情况在群体中与生长繁殖性状关联分析
        3 讨论
        4 小结
全文结论
本研究创新点
参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
附录



本文编号：3829134