基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究

发布时间：2023-08-18 17:22

　　研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因。结果表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个。与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支。通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因。GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 RAD-seq 简化基因组测序
        1.2.2 SNP 质控
        1.2.3 统计分析
2 结 果
    2.1 基因组SNP鉴定
    2.2 群体遗传多样性分析
    2.3 群体遗传结构分析
    2.4 选择信号分析
3 讨 论
    3.1 基因组SNP鉴定和遗传多样性分析
    3.2 基因组选择信号分析



本文编号：3842621