牦牛CYGB基因序列分析及其内含子多态性研究

发布时间：2023-10-04 01:15

　　为了丰富牦牛细胞红蛋白（Cytoglobin，CYGB）遗传信息，本研究对牦牛的CYGB基因进行了克隆，成功获得了全序列，并运用Lasergene7、PredictProtein等相关的生物学软件预测分析了CYGB的基因编码序列、氨基酸序列、基本理化性质、高级结构等；同时采用PCR-SSCP技术检测了300头甘南牦牛和283头甘肃河西地区西门塔尔牛CYGB基因的3个内含子部分扩增区段的遗传多态性。 1.牦牛CYGB基因的克隆与生物信息学分析结果显示：克隆获得的牦牛CYGB基因序列全长8484bp，包括4个外显子和3个内含子，外显子的大小分别为143bp，232bp，164bp和34bp，内含子的大小分别为5175bp，280bp和2379bp；牦牛CYGB基因的G+C%（60.32%）比例大于A+T%(39.68%)；牦牛CYGB基因的ORF编码一个有190个氨基酸残基构成的可溶性蛋白，其相对分子质量为21399Da，理论等电点（pI）为6.32，其二级结构由α-螺旋（64%）和无规卷曲（36%）构成，归为全α类蛋白；牦牛CYGB系统进化与物种进化基本一致，且与黄牛、绵羊等物种之间的同...

【文章页数】：46 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Summary
第一部分 文献综述
    1 CYGB 的结构
        1.1 蛋白结构
        1.2 基因结构
    2 CYGB 的功能
        2.1 携氧和储氧功能
        2.2 氧感受器功能
        2.3 神经细胞保护功能
    3 CYGB 与相关疾病的研究
        3.1 CYGB 与肿瘤
        3.2 CYGB 与再灌注损伤
        3.3 CYGB 与肝纤维化
第二部分 牦牛 CYGB 基因序列分析与内含子多态性研究
    1 材料
        1.1 血液样本
        1.2 主要试剂
        1.3 主要仪器设备
        1.4 溶液的配制
            1.4.1 基因组 DNA 提取所用溶液
            1.4.2 转化、克隆所用溶液
            1.4.3 凝胶电泳所用溶液
    2 方法
        2.1 基因组 DNA 提取
        2.2 PCR 扩增
            2.2.1 引物设计
            2.2.2 引物溶液的配制
            2.2.3 PCR 最佳条件的建立
            2.2.4 PCR 产物检测
        2.3 克隆测序
            2.3.1 目的片断的回收
            2.3.2 目的 DNA 与克隆载体的连接
            2.3.3 转化与阳性克隆的筛选
            2.3.4 重组 DNA 的鉴定及序列测定
        2.4 SSCP 凝胶电泳
            2.4.1 凝胶制备及电泳
            2.4.2 银染
            2.4.3 测序
        2.5 生物信息学分析
        2.6 多样性分析
            2.6.1 序列分析
            2.6.2 遗传多样性分析
    3 结果
        3.1 牦牛 CYGB 基因全序列的分析
            3.1.1 CYGB 基因的扩增与测序结果
            3.1.2 牦牛 CYGB 氨基酸序列分析
            3.1.3 牦牛与其他物种 CYGB 氨基酸序列同源性分析
        3.2 甘南牦牛和甘肃河西西门塔尔牛 CYGB 基因内含子的 SSCP 分析
            3.2.1 PCR 结果
            3.2.2 SSCP 测序结果与分析
            3.2.3 等位基因频率和基因型频率
            3.2.4 两个群体 CYGB 基因内含子的遗传多样性分析
    4 讨论
        4.1 牦牛 CYGB 基因序列
            4.1.1 CYGB 基因结构
            4.1.2 CYGB 性质
            4.1.3 CYGB 基因同源分析
        4.2 甘南牦牛与河西西门塔尔牛 CYGB 基因内含子检测区域的遗传特征
        4.3 SSCP 检测的影晌因素
结论
参考文献
致谢
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导师简介



本文编号：3851023