略阳鸡皮肤和肌肉组织转录组研究

发布时间：2017-05-22 17:08

  本文关键词：略阳鸡皮肤和肌肉组织转录组研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：略阳鸡是产于陕西汉中地区的一个优良地方品种,在陕西省略阳县独特的地理环境条件下经长期风土驯化和长期精心选育饲养而形成,具有“六端乌”(乌冠、乌喙、乌趾、乌舌、乌皮、乌骨)的特征,是略阳县独有的一种生物资源。又因其原产于略阳县黑河流域,故俗称黑河乌鸡。乌鸡体内富含的黑色素,食用后可以促进人体内血色素和红血球的增生,促进身体健康,具有极高的滋补和药用价值。因而黑色素作为乌鸡价值的承载者,乌鸡体内黑色素的含量越多越好。但是,近年来略阳鸡群体中乌质性状出现明显退化,对乌鸡生产造成很大的经济损失。同时,由于略阳鸡属于地方品种,较肉鸡生长速度缓慢,生产力低下,直接影响了养殖户的养殖积极性。纯化群体乌质性状和提高生长速度是目前略阳鸡育种工作的核心内容。本研究通过对16周龄黑色皮肤和白色皮肤略阳鸡类群的皮肤及胸肌组织进行转录组高通量测序。依据测序结果,筛选、分析色素相关基因ASIP、TYR、KIT、OCA2、TYRP1、KITLG、MITF、MC1R等在皮肤组织的差异表达,以及调控肌肉沉积主效基因——MUSTN1基因在肌肉组织中的差异表达,并通过荧光实时定量PCR反应对差异表达基因进行了验证。取得以下结果:1.检测得到只在黑色皮肤略阳鸡个体中表达的基因81个,只在白色皮肤个体中表达的基因82个,在二者中都检测到的基因有506个。2.检测得到在白色皮肤略阳鸡和黑色皮肤略阳鸡的肌肉组织中表达的基因个数分别为18608和22563,并发现28个差异表达基因。3.略阳鸡黑色皮肤与白色皮肤中,除了TYRP1基因,调控色素沉着的主效基因(ASIP、TYR、KIT、OCA2、KITLG、MITF、MC1R)在两种不同肤色皮肤组织中均可以表达。4.荧光实时定量PCR验证表明,皮肤组织中ASIP、TYR、KIT和OCA2的表达量黑色皮肤较白色皮肤显著上调(P0.05),KITLG、MITF和MC1R在不同肤色中差异不显著(P0.05),TYRP1在皮肤组织中未检测到表达,与测序结果一致。5.肌肉和皮肤组织测序结果均表明,MUSTN1基因在略阳鸡皮肤和肌肉中均差异表达,且在黑皮肤个体中均极显著上调(P0.01),揭示MUSTN1基因在肌肉和皮肤组织中的表达与肤色性状密切相关。6.通过荧光实时定量PCR检测表明,在16周龄黑皮肤略阳鸡类群中,MUSTN1基因在皮肤组织中的表达量显著高于在腿肌和胸肌中的表达量(P0.05);在胸肌组织中,MUSTN1基因在白色皮肤类群中的表达量显著高于黑色皮肤类群中的表达量(P0.05)。7.通过对两组测序数据的进一步分析发现,MITF基因在略阳鸡两个肤色类群中存在可变剪接,剪接存在于5’UTR区和第一外显子之间。以上结果对略阳鸡乌质性状及肌肉性状的选种选育提供了重要的参考价值,同时为乌鸡黑色素沉着和肌肉沉积机理的进一步深入研究提供科学的理论依据。
【关键词】：略阳鸡 转录组测序 皮肤 肌肉 荧光定量
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S831
【目录】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文献综述12-22
• 1.1 略阳鸡概况12-13
• 1.1.1 略阳鸡的历史起源与现状12-13
• 1.1.2 目前略阳鸡养殖过程中存在的问题13
• 1.2 黑色素合成机制13-14
• 1.3 色素性状相关基因在鸡遗传育种中的研究进展14-18
• 1.3.1 TYR家族基因15-16
• 1.3.2 KIT和KITLG基因16
• 1.3.3 ASIP基因16-17
• 1.3.4 MC1R基因17
• 1.3.5 OCA2基因17
• 1.3.6 MITF基因17-18
• 1.4 肌肉沉积主效调控基因—MUSTN1基因18-19
• 1.5 转录组测序技术机理及在家禽遗传育种中的应用19-20
• 1.6 本研究的目的与意义20-22
• 第二章 略阳鸡皮肤组织转录组研究22-39
• 2.1 本研究技术路线22-23
• 2.2 材料与方法23-25
• 2.2.1 试验动物和样品23
• 2.2.2 主要试验试剂及其配制23
• 2.2.3 仪器设备23-24
• 2.2.4 总RNA的提取24
• 2.2.5 荧光定量PCR特异性引物24-25
• 2.2.6 模板CDNA25
• 2.3 转录组测序25-27
• 2.4 验证试验27-28
• 2.4.1 RNA的提取27
• 2.4.2 模板CDNA的制备27
• 2.4.3 PCR反应27
• 2.4.4 荧光定量PCR反应27-28
• 2.4.5 数据处理28
• 2.5 结果与分析28-35
• 2.5.1 皮肤组织转录组测序28-33
• 2.5.2 差异表达基因的验证33-35
• 2.6 讨论35-39
• 2.6.1 MC1R基因对鸡肤色的调控35-36
• 2.6.2 主效色素调控基因对鸡肤色的调控36-37
• 2.6.3 MITF基因的可变剪接分析37-39
• 第三章 略阳鸡肌肉组织转录组研究39-48
• 3.1 技术路线39
• 3.2 材料与方法39-40
• 3.2.1 试验动物和样品39
• 3.2.2 主要试验试剂及其配制39
• 3.2.3 仪器设备39
• 3.2.4 总RNA的提取39
• 3.2.5 荧光定量PCR特异性引物39-40
• 3.2.6 模板CDNA40
• 3.3 转录组测序40
• 3.4 MUSTN1基因的表达验证40
• 3.4.1 RNA的提取40
• 3.4.2 模板CDNA的制备40
• 3.4.3 PCR反应40
• 3.4.4 荧光定量PCR反应40
• 3.4.5 数据处理40
• 3.5 结果与分析40-46
• 3.5.1 肌肉组织转录组测序40-44
• 3.5.2 MUSTN1基因的表达验证44-46
• 3.6 讨论46-48
• 第四章 结论48-49
• 参考文献49-54
• 附录54-57
• 致谢57-58
• 作者简介58

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