不同品种猪骨骼肌表型差异的全基因组甲基化调控研究

发布时间：2024-01-23 13:58

　　不同类型的猪种生长速度和骨骼肌表型差异很大。本研究以通城猪（脂肪型）、长白猪（瘦肉型）和五指山猪（小型猪）成年期骨骼肌作为研究对象，探索不同猪种间骨骼肌发育产生差异的分子机制。利用MeDIP-seq技术分析比较不同猪种成年期骨骼肌的甲基化图谱，分析甲基化对不同猪种骨骼肌发育的调控影响。利用RNA-seq技术分析不同猪种间成年期骨骼肌的基因表达图谱，分析不同猪种间基因的差异表达模式，筛选鉴定不同猪种间成年期骨骼肌的差异表达基因。结合MeDIP-seq和RNA-seq的数据，分析甲基化对不同猪种骨骼肌发育基因的表达调控，进一步研究甲基化对猪骨骼肌的调控机制。同时利用亚硫酸盐测序（BSP）和实时荧光定量PCR（QPCR）的方法对高通量测序的结果进行试验验证。 MeDIP-seq分析结果表明，通城猪、长白猪和五指山猪分别有38,327,405（62.6%）、41,130,862（67.18%）、38,431,456（62.77%）个reads可以比对上猪参考基因组（Sscrofa10.2）的唯一位置，基因组范围内染色体的甲基化程度和染色体的长度成负相关（P=0.001），和基因密度和重复元件密...

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【学位级别】：硕士

图2-2RNA-seq信息分析流程

图3-1MeDIP-Seq测序reads在全基因组每条染色体上的分布

图3-2不同猪种唯一比对Reads在基因元件上的分布

图3-3不同猪种唯一比对Reads在重复元件上的分布

本文编号：3882789