健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群结构及多样性的比较研究

发布时间：2024-03-27 23:42

　　本研究以腹泻仔猪和健康仔猪的粪便样品作为研究对象,通过比较细菌总DNA提取的不同方法,选取其中最佳方法提取腹泻组和健康组样品的细菌总DNA,使用PCR-DGGE技术对其菌群结构及多样性变化作比较研究,并采用实时荧光定量方法检测了5种与腹泻相关的肠道菌群的变化。 1、采集同一年龄段的断奶健康仔猪和腹泻仔猪新鲜粪样,使用8种方法,即直酶法、间酶法、直匀法、间匀法、直碾法、间碾法、参考文献提取DNA的方法和E.Z.N.A.TM Stool DNA Kit试剂盒,分别对其进行细菌总DNA提取。然后比较这8种方法的优劣。这8种提取方法,以直酶法提取的DNA得率最高,间匀法最低。通过比较分析,文献法、直碾法、直酶法和间酶法存在大量23kb左右的大片段的基因组完整DNA,而几乎所有样品中还存在许多小片段的DNA。DGGE分析发现,图谱上显示出的菌群种类在20～50之间,8种方法的DNA菌群种类大部分相同,且直碾法>间碾法=直酶法>间酶法=文献法>直匀法>间匀法>试剂盒法,quantity one聚类分析,相似性在530%～96%之间。最后选取最适合本研究的DNA提取方法...

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
符号说明
1 文献综述
    1.1 引言
    1.2 肠道正常菌群
    1.3 肠道正常菌群的作用
        1.3.1 生物拮抗作用
        1.3.2 营养与消化作用
        1.3.3 免疫作用
        1.3.4 抗肿瘤作用
        1.3.5 治疗菌群失调和抗生素相关性腹泻
    1.4 仔猪肠道菌群的形成
    1.5 肠道菌群的分子生物学研究新技术
        1.5.1 限制性片断长度多态性
        1.5.2 随机扩增多态性技术
        1.5.3 荧光原位杂交
        1.5.4 变性/温度梯度凝胶电泳
        1.5.5 实时荧光定量PCR
        1.5.6 高通量测序技术
    1.6 本研究的目的意义
2 材料和方法
    2.1 材料
        2.1.1 样品
        2.1.2 主要试验试剂
        2.1.3 主要试验仪器
    2.2 方法步骤
        2.2.1 8种方法提取粪便菌群总DNA
        2.2.2 细菌总DNA检测
        2.2.3 两组粪便样品细菌总DNA的提取及多样性比较
        2.2.4 腹泻相关菌群的含量检测
    2.3 数据整理分析
3 结果与分析
    3.1 几种不同方法对粪便菌群DNA提取效果
        3.1.1 DNA得率
        3.1.2 细菌总DNA的检测
        3.1.3 PCR产物的琼脂糖检测
        3.1.4 DGGE指纹图谱
    3.2 健康及腹泻仔猪粪便菌群DGGE指纹图谱
    3.3 测序结果
    3.4 粪便中5种菌群的含量
        3.4.1 荧光定量PCR产物特异性分析
        3.4.2 荧光定量PCR的优化
        3.4.3 标准曲线的绘制
        3.4.4 荧光定量检测两组粪便菌群的差异
4 讨论
    4.1 提取方法的比较
    4.2 PCR-DGGE技术分析动物粪便菌群多样性的优越性和局限性
    4.3 腹泻仔猪和健康仔猪粪便菌群的比较
5 结论
参考文献
致谢



本文编号：3940672