塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

发布时间：2024-05-07 03:19

　　为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5’UTR(670 bp)、ORF(6 546 bp)以及3’UTR(76 bp)。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%¹00%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue₄3₂016和USAIN_Purdue₃698₂016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 毒株与细胞
    1.2 参考毒株
    1.3 主要试剂
    1.4 仪器与设备
    1.5 引物设计
    1.6 病毒RNA提取及反转录
    1.7 PCR扩增
    1.8 PCR产物克隆测序
    1.9 全基因序列拼接及组成分析
2 结果
    2.1 SVA/CH/ZZ/2016株全基因扩增
    2.2 全基因序列拼接及分析
    2.3 编码区基因同源性分析
    2.4 SVA/CH/ZZ/2016株VP1基因系统进化树分析
    2.5 VP1蛋白氨基酸差异比较
3 讨论



本文编号：3966745