巴马香猪VRTN基因克

发布时间：2024-05-11 07:21

　　旨在研究VRTN(vertebrae development homolog)基因在巴马香猪群体中的编码区序列特征、组织表达情况、脊椎数性状因果突变位点ins291的等位基因频率及其与乳头数和产仔数性状的关联。本研究采集3头0日龄巴马香猪组织,利用cDNA克隆技术获得VRTN基因编码区全长序列并进行生物信息学分析,利用荧光定量PCR技术检测VRTN在心、肝、脾、肺、肾、背最长肌和皮下脂肪组织中的表达情况;采集279头经产巴马香猪母猪血液,检测ins291位点在该群体中的频率分布,并与乳头数、产仔数性状进行关联分析。结果表明,巴马香猪VRTN基因编码区全长2 097 bp,其编码的氨基酸序列在不同物种间存在大量保守区域;VRTN基因编码698个氨基酸,预测为亲水性蛋白质,存在1个螺旋转角螺旋域超家族结构功能区、2个低复杂度区域和2个内部重复结构,并与核受体辅抑制子1(NR6A1)、果蝇同源框基因Prospero的脊椎动物同源蛋白2(PROX2)和富亮氨酸重复序列74亚基(LRRC74A)等蛋白具有相互作用;VRTN基因在0日龄巴马香猪各组织中均有表达,其中在背最长肌组织中表达量最高;巴马...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验样品
    1.2 主要试剂
    1.3 主要仪器、设备
    1.4 巴马香猪组织DNA和RNA提取
    1.5 引物的设计与合成
    1.6 PCR扩增巴马香猪VRTN基因
    1.7 巴马香猪VRTN基因编码区序列生物信息学分析
    1.8 荧光定量PCR检测巴马香猪VRTN的组织表达
    1.9 巴马香猪VRTN ins291多态性检测
    1.10 VRTN ins291基因型与乳头数、产仔数性状的关联分析
2 结 果
    2.1 巴马香猪VRTN基因编码区序列分析
    2.2 巴马香猪VRTN蛋白结构分析
        2.2.1 巴马香猪VRTN蛋白基本理化性质
        2.2.2 空间结构和亲疏水性分析
        2.2.3 磷酸化位点和糖基化位点预测
        2.2.4 跨膜结构、信号肽和亚细胞定位预测
    2.3 巴马香猪VRTN蛋白功能预测、互作分析和序列保守性分析
    2.4 VRTN基因系统进化树构建
    2.5 巴马香猪VRTN基因组织表达分析
    2.6 巴马香猪VRTN ins291位点多态性检测
    2.7 VRTN ins291与巴马香猪乳头数、产仔数性状关联分析
3 讨 论
4 结 论



本文编号：3969713