马铜绿假单胞菌全基因组重测序研究

发布时间：2024-06-11 03:39

　　铜绿假单胞菌是广泛存在于自然界的人类及其它动物的病原体。当宿主正常防御机制被受损时,铜绿假单胞菌可从带菌状态发展为感染状态,甚至对多种抗生素产生耐药性。本研究对马血液中的铜绿假单胞菌构建TruSeq DNA文库,利用Illumina Miseq平台进行全基因组重测序,筛选其重要的SNPs和InDels并进行功能注释,为进一步研究马铜绿假单胞菌的致病机制打下基础。实验结果如下： 1全基因组重测序结果 总共获得大约51万对reads,插入片段为450bp,读长为170-220bp。测序得到的数据在参考基因组上进行比对发现片段配对率为93%,覆盖率为96.8%。检测到7990个SNP,其中纯合SNP为7903个,杂合SNP为87个；存在99个InDels,其中纯合InDels为97个,杂合InDels为2个。 2功能注释结果 根据SNPs和InDels分布进行COG和GO功能注释。根据COG数据库主要被归类为：氨基酸转运和代谢,信号传导机制,次生代谢产物的生物合成、转运和分解代谢及其它的一些未知功能；根据G0数据库被归类为：膜合成,ATP结合,氧化还原过程,DNA模板和转录调控,磷酸转移信号...

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

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图1Reads丨长度分布

Table4StatisticsoftheFilteredDataLibrary Rawdata(bp)Cleandata(bp)PE450 232，122,233】99,625，050表5Reads的长度统计Table5Statisticsoft....

本文编号：3992350