东亚、中东、欧洲品种犬系统地理结构与家犬SNP数据库构建研究

发布时间：2025-04-18 00:30

　　家犬(Canis familiaris)的驯化研究一直是遗传学研究中的热点,由于其与人类经过上万年形成的密切关系,家犬一直备受国内外生物学者的重视。从被驯化开始,家犬从行为、食性、外型等方面表现出了和其祖先灰狼(Canis lupus)较大的差异,品种化过程进一步丰富了家犬的表型。家犬是人类研究家养动物的驯化过程、理解各种表型的遗传基础、与人类共同疾病的形成原因、甚至是自身的进化过程的绝佳遗传学研究材料。 第一章主要对家犬驯化研究工作进行了介绍,范围覆盖了家犬起源、家犬二段式驯化、品种犬丰富的表型及疾病研究。并在现有研究的基础上提出了两个本论文要探讨及解决的问题。一、我们通过分析家犬在东亚、中东、欧洲地区的系统地理结构,从而研究家犬早期在欧亚地区的扩散方式；二、近年来,家犬/灰狼重测序数据呈增长态势。丰富的数据,给了我们弥补家犬单核苷酸多态性(SNP)参考集(dbSNP139)缺陷的契机,也对如何合理的组织运用大量的家犬、灰狼重测序数据向我们提出了要求,因此,我们构建了第一个家犬/灰狼SNP数据库。 第二章主要通过分析品种犬在东亚、中东、欧洲地区的系统地理结构来探讨家犬的扩散问题...

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

图3.2数据比对、SNP检测流程

(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/canFam2/3.fa.gz)去比对数据和检测SNP(图3.2)。对于第一组样品，使用了专门根据SOLiD色彩空间标签nittps://Droducts.appliedbiosvstems.....

图3.5DoGSD主界面

图3.5DoGSD主界面。蓝色的工具条中包含了DoGSD的浏览、查询、下载及帮助接口。左下及右上的文字部分介绍了数据库的特点和更新信息。3.3.1浏览接口通过数据浏览接口，用户可以以文本表格形式浏览非冗余参考集和个体样品数据集（图3.6A),结果按照不同个体、不同染色体排列；....

图3夕浏览接口中直接浏览基因区域s}.rn.编码区域s.rr、同义突变}wr、异义突变sNP的二级接口及同义突变SNI〕浏览界面，

考虑到基因区域的，特别是异义突变的SNP时常是用户关注的重点，我们在浏览功能中专门针对以上问题，添加了三个二级查询入口（图3.7):基因区域SNP、编码区域SNP、同义突变SNP、异义突变SNP。这样的二级列表极大地方便了用户

本文编号：4040234