鸡DGAT2基因组织表达特性及其SNP、CNV遗传效应分析

发布时间：2017-06-03 08:02

  本文关键词：鸡DGAT2基因组织表达特性及其SNP、CNV遗传效应分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：二脂酰甘油酰基转移酶(diacylgycerol acyltransferase,DGAT)是一种微粒体酶,主要作用机制是使二酰甘油加上脂肪酸酰基形成三酰甘油,目前发现的编码该酶的基因有DGAT1和DGAT2。有研究表明,DGAT2对脂肪代谢和生长发育具有重要的作用。本课题组前期通过a CGH芯片对5个本地鸡品种的全基因组CNV进行了检测,结果发现:固始鸡在1号染色体193951674-193966948处(CNVR)有拷贝数的缺失,而DGAT2基因处于这个CNVR中。本研究的目的是探索DGAT2基因的作用及其遗传变异(SNP和CNV)对鸡生产性能的影响。荧光定量PCR技术检测了DGAT2基因在固始鸡1日龄、6周龄和16周龄的13种不同组织中的表达情况;以固始鸡安卡鸡F_2代资源群为研究素材,筛选该基因的SNP,并与资源群的肉质性状、生长性状、屠体性状等经济性状进行关联分析,初步揭示该SNP的变异效应;验证芯片测定的DGAT2基因存在拷贝数是否真实存在,分析DGAT2基因拷贝数变异与组织表达的相关性,在固始鸡安卡鸡F_2代资源群体对DGAT2基因拷贝数进行分型,并与资源群的经济性状进行关联分析,揭示拷贝数变化所引起的基因剂量效应的影响。主要结果如下:1.组织表达定量结果表明,DGAT2基因在固始鸡腹脂、皮脂、下丘脑、小肠、脾脏、肾脏等组织都有不同程度的表达。1日龄时,DGAT2基因在皮脂中表达最高,其次是小肠和肾。6周龄时,DGAT2基因在腹脂中表达最高,其次是皮脂。16周龄时,DGAT2基因在腹脂中表达最高,其次是脾脏和小肠。各个周龄,在心脏、肝脏、肌肉中的表达量都比较低。2.DGAT2基因第7外显子g.13955位置存在一个同义突变位点(C→T),PCR扩增产物被限制性酶TapⅠ酶切消化后显示出CC、CT和TT三种不同基因型,基因型频率分别为0.49、0.48和0.03,等位基因C和T的频率分别为0.73和0.27。关联分析表明:该突变位点对固始鸡×安卡鸡F_2代个体初生重,2、4周龄体重、4、8周龄体尺指标及肌内脂肪含量在不同基因型之间差异显著(P0.05),CC基因型多数性状值显著高于TT基因型,对其他指标在统计学上无显著影响(P0.05)。3.DGAT2基因拷贝数结果表明:固始鸡拷贝数显著低于丝羽乌骨鸡、淅川乌骨鸡、卢氏绿壳蛋鸡、贵妃鸡、安卡鸡拷贝数(P0.05),其他五个品种之间差异不显著(P0.05),与芯片结果一致,说明DGAT2基因拷贝数变异是真实存在的。DGAT2基因在固始鸡的拷贝数和组织表达的相关性显示:DGAT2基因拷贝数变异与组织表达呈现不相关(r=-0.189,P=0.451);DGAT2基因在固始鸡-安卡鸡F_2代资源群的拷贝数与经济性状的关联分析结果显示:DGAT2基因拷贝数变异与固始鸡安卡鸡F_2代资源群4周体重、体斜长、胸骨长、胸角和胸深以及12周胸角和胸宽等生长性状关联显著(P0.05),且2个拷贝个体性状值占优势;与屠体性状的关联分析发现,其与屠体重显著关联(P0.05),且2、3和4个拷贝个体性状值显著高于1个拷贝;与血液生化指标的关联分析发现,其与谷草转氨酶和乳酸脱氢酶关联显著(P0.05),且4个拷贝个体性状值占优势。与肌纤维性状的关联分析发现,其与鸡腿肌纤维面积比关联显著(P0.05),且2和4个拷贝性状值显著高于1个拷贝;与肉质性状关联不显著。由以上试验结果,可得出如下结论:1.鸡DGAT2基因在不同阶段的脂肪组织高表达,在心脏、肝脏、胸肌和腿肌低表达。在高表达的组织中,16周龄的表达量最高。2.鸡DGAT2基因g.13955位置(C→T)突变与初生重,2、4周龄体重、4、8周龄体尺指标及肌内脂肪含量关联显著(P0.05),CC基因型多数性状值显著高于TT基因型。3.DGAT2基因存在拷贝数变异,其拷贝数变异与固始鸡脂肪组织表达呈现不相关(r=-0.189,P=0.451),与固始鸡安卡鸡F_2资源群4周龄的体重、体斜长、胸骨长、胸角和胸深,12周龄的胸角和胸宽,屠体重,谷草转氨酶,乳酸脱氢酶,鸡腿肌纤维面积关联显著(P0.05)。
【关键词】：鸡 二脂酰甘油酰基转移酶2 单核苷酸多态性 组织表达 拷贝数变异
【学位授予单位】：河南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S831
【目录】：

• 致谢4-10
• 摘要10-12
• 1 文献综述12-20
• 1.1 DGAT2基因的研究进展13-14
• 1.1.1 DGAT2基因13
• 1.1.2 DGAT2对脂肪代谢的影响13
• 1.1.3 DGAT2对生长性状的影响13-14
• 1.2 DNA分子标记14
• 1.3 单核苷酸多态性研究进展14-16
• 1.3.1 SNP特性14
• 1.3.2 SNP的检测方法14-15
• 1.3.2.1 聚合酶链反应一单链构象多态性14-15
• 1.3.2.2 直接测序技术15
• 1.3.2.3 限制性片段长度多态性聚合酶链反应15
• 1.3.2.4 创造酶切位点15
• 1.3.2.5 DNA芯片15
• 1.3.3 SNP在家禽遗传育种中的研究进展15-16
• 1.4 拷贝数变异的研究进展16-19
• 1.4.1 拷贝数变异的形成机制16-17
• 1.4.2 拷贝数变异的作用机制17
• 1.4.3 拷贝数变异的检测方法17-18
• 1.4.3.1 aCGH技术17
• 1.4.3.2 SNP芯片技术17-18
• 1.4.3.3 二代测序技术18
• 1.4.4 拷贝数变异的剂量效应18
• 1.4.4.1 基因剂量效应的定义18
• 1.4.4.2 基因剂量效应对表型的影响18
• 1.4.5 拷贝数变异在家禽中的研究进展18-19
• 1.4.6 拷贝数变异对家禽表型性状的影响19
• 1.5 本研究的目的和意义19-20
• 2 引言20-21
• 3 DGAT2基因在固始鸡不同发育时期的组织表达特性21-27
• 3.1 试验材料21
• 3.1.1 试验动物及样品采集21
• 3.1.2 试验主要试剂及配制21
• 3.1.3 试验主要仪器21
• 3.2 试验方法21-23
• 3.2.1 总RNA的提取21-22
• 3.2.2 RNA质量检测22
• 3.2.3 反转录22-23
• 3.2.4 荧光定量PCR引物设计23
• 3.2.5 荧光定量PCR反应23
• 3.2.6 数据分析23
• 3.3 结果分析23-25
• 3.3.1 总RNA质量检测23-24
• 3.3.2 鸡DGAT2基因在固始鸡不同发育时期的组织表达特性24-25
• 3.4 讨论25-26
• 3.5 小结26-27
• 4 鸡DGAT2基因第7外显子多态性与生产性能的关联27-37
• 4.1 试验材料27-28
• 4.1.1 研究群体27
• 4.1.2 测定指标27
• 4.1.3 试验主要试剂及配制27-28
• 4.1.4 试验主要仪器28
• 4.2 试验方法28-30
• 4.2.1 引物合成28-29
• 4.2.2 DGAT2基因扩增29
• 4.2.3 酶切反应29
• 4.2.4 数据处理29-30
• 4.3 结果与分析30-35
• 4.3.1 鸡DGAT2基因突变筛选30
• 4.3.2 鸡DGAT2基因突变位点分型30
• 4.3.3 鸡DGAT2基因突变位点经判型后测序验证30-31
• 4.3.4 鸡DGAT2基因突变位点基因型频率和基因频率31
• 4.3.5 鸡DGAT2基因型与资源群经济性状关联分析31-35
• 4.3.5.1 鸡DGAT2基因g.13955C＞T位点与生长性状的关联分析31-32
• 4.3.5.2 鸡DGAT2基因g.13955C＞T位点与肉质、脂肪性状的关联分析32-33
• 4.3.5.3 鸡DGAT2基因g.13955C＞T位点与屠体性状、肌纤维性状和血液生化指标的关联分析33-35
• 4.4 讨论35-36
• 4.5 小结36-37
• 5 DGAT2基因拷贝数变异基因剂量效应研究37-50
• 5.1 试验材料37
• 5.1.1 试验动物和样品稀释37
• 5.1.2 F_2代资源群及测量指标37
• 5.2 试验方法37-39
• 5.2.1 血样基因组DNA提取与检测37-38
• 5.2.2 引物设计与合成38
• 5.2.3 Q-PCR反应体系与程序38
• 5.2.4 标准曲线的制作38-39
• 5.2.5 试验数据分析39
• 5.3 结果分析39-47
• 5.3.1 引物标准曲线的绘制39-40
• 5.3.1.1 引物溶解曲线39-40
• 5.3.1.2 引物标准曲线的制作40
• 5.3.2 不同品种鸡在DGAT2位点的相对拷贝数40-41
• 5.3.3 DGAT2拷贝数变异与组织表达的影响41-42
• 5.3.4 DGAT2基因拷贝数变异对固始鸡-安卡鸡F2代资源群经济性状的关联分析42-47
• 5.3.4.1 DGAT2基因拷贝数变异对固始-安卡鸡F_2代资源群生长性状的影响42-44
• 5.3.4.2 DGAT2基因拷贝数变异对固始-安卡鸡F_2代资源群屠体性状的影响44
• 5.3.4.3 DGAT2基因拷贝数变异对固始-安卡鸡F_2代资源群血液生化指标的影响44-45
• 5.3.4.4 DGAT2基因拷贝数变异对固始-安卡鸡F_2代资源群肉质性状的影响45-46
• 5.3.4.5 DGAT2基因拷贝数变异对固始-安卡鸡F_2代资源群肌纤维性状的影响46-47
• 5.4 讨论47-49
• 5.4.1 DGAT2基因拷贝数变异的验证47
• 5.4.2 拷贝数的分析方法47-48
• 5.4.3 拷贝数变异与生产性状的关联分析48-49
• 5.5 小结49-50
• 6 全文总结50-51
• 参考文献51-59
• ABSTRACT59-61

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 张劭俣;刘云海;倪和民;王灏;顾美超;阎們;杨菲;郭勇;;经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析[J];中国实验动物学报;2012年05期

2 焦明慧;周梅;陈宏权;陈公伟;谢亚男;潘中婷;王学故;马帮军;;不同产脂能力猪脂肪合成相关基因表达谱分析[J];安徽农业大学学报;2014年03期

3 骆蒙,孔秀英,霍纳新,周荣华,贾继增;基于抑制消减杂交方法的小麦抗白粉病相关基因表达谱[J];科学通报;2002年16期

4 许沈华;牟瀚舟;顾琳慧;苏丹;朱赤红;刘祥麟;;用基因芯片筛选高转移卵巢癌细胞系转移相关基因(英文)[J];遗传学报;2007年07期

5 韦朝领;高香凤;江昌俊;叶爱华;;基因表达谱差异显示技术及其在植物对害虫取食诱导反应研究中的应用(综述)[J];安徽农业大学学报;2006年01期

6 张凤娇;王玉成;高彩球;;7个柽柳ThMYB基因的鉴定及表达[J];东北林业大学学报;2014年08期

7 刘长虹;蔡路昀;韩晓旭;应铁进;;UV-C照射后番茄差异表达基因的基因芯片检测[J];农业机械学报;2012年01期

8 余传定;许沈华;牟瀚舟;姜志明;朱赤红;刘祥麟;;胃癌差异表达基因在染色体上的定位及其功能分析(英文)[J];遗传学报;2006年05期

9 周博;黄健华;贾世海;张勇;黄勇平;;家蚕TCTP基因的克隆、分析及其表达[J];中国农业科学;2007年08期

10 訾乃涛;孙建义;胥传飞;王建枫;井明艳;钱利纯;;缺锌对SD大鼠垂体基因表达谱的影响[J];农业生物技术学报;2006年06期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 刘艳;李康;傅松滨;;基于小波分析理论的基因表达谱数据分析方法的研究[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年

2 张岩;张亮;周一鸣;安爽;果德安;周玉祥;曾令文;程京;;抗真菌物质与酵母细胞作用后全基因表达谱的聚类法分析[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年

3 朱明珠;高磊;李霞;;酵母基因表达相关性与蛋白质互作网络距离分析[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（下册）[C];2007年

4 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];中国细胞生物学学会2005年学术大会、青年学术研讨会论文摘要集[C];2005年

5 许沈华;牟瀚舟;顾琳慧;朱赤红;刘祥麟;;用基因芯片筛选高转移卵巢癌转移相关的基因[A];中国细胞生物学学会医学细胞生物学学术大会论文集[C];2006年

6 包雷;过涛;孙之荣;;挖掘基因与抗癌药物间可能的生物学关联[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年

7 邱广斌;郝冬梅;宫立国;李云慧;;肿瘤相关新基因MTLC的克隆及在肿瘤中的表达研究[A];第十届全军检验医学学术会议论文汇编[C];2005年

8 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];第八届全国中西医结合血液病学术会议论文集[C];2007年

9 张幸国;虞朝晖;文思远;;复方丹参注射液对血管内皮细胞基因表达谱的影响研究[A];2006年浙江省药品法规与临床药理学术研讨会论文汇编[C];2006年

10 高瑞兰;林筱洁;陈小红;徐卫红;钱煦岱;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];2007年浙江省血液病学术年会论文汇编[C];2007年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 记者 衣晓峰　通讯员 李小莲;探寻“证”的基因表达谱[N];中国中医药报;2009年

2 晓明;抑制一基因 “老”鼠换新肤[N];中国医药报;2007年

3 记者 张晔 通讯员 周伟;我学者发现多基因表达谱[N];科技日报;2014年

4 ;聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用[N];中国医药报;2003年

5 吴煜 杨宇飞 杨焕明;抗肿瘤药研究新思路[N];中药报;2000年

6 周艳萍;寻求肿瘤个体化治疗方案[N];健康报;2006年

7 赵绍华;给孩子减肥必须“饿一饿”[N];健康时报;2007年

8 解放军总医院全军肾脏病研究所教授 吴镝邋王继荣 刘泉 整理;推进肾病科研的四大利器[N];健康报;2008年

9 江苏省中医院转化医学中心 赖仁胜;肿瘤基因组 突破在云端[N];健康报;2011年

10 记者 张学全 张建松;我人类功能基因研究获重要进展[N];新华每日电讯;2000年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 王翔;小麦温光反应的分子生物学研究[D];中国农业科学院;2014年

2 牛月;NCA1在拟南芥感受钠盐胁迫过程中功能的研究[D];兰州大学;2012年

3 王作昭;长白山林蛙蛙卵Onconase基因的克隆表达及其抗人乳腺癌作用研究[D];吉林大学;2016年

4 周运;基于生物网络的大鼠再生肝细胞基因表达谱数据分析[D];河南师范大学;2016年

5 张文慧;白桦BPERF11基因响应高盐干旱胁迫的调控机理研究[D];东北林业大学;2016年

6 张伟溪;杨树抗逆转录因子基因遗传转化与功能验证[D];中国林业科学研究院;2014年

7 李伍举;基于基因表达谱的样本分型与分类研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2003年

8 梁欣伟;人脐静脉内皮细胞基因表达谱分析[D];第一军医大学;2006年

9 蔺会云;一条新的转移相关基因mag-1的研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2006年

10 杨志林;恶性胶质瘤相关新基因的筛选、克隆及其特性研究[D];第一军医大学;2001年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 赵月敏;CMFT体外抑瘤活性及对肿瘤细胞基因表达谱的影响[D];河北大学;2015年

2 江月;家蚕TGF-β家族成员dpp和daw基因的功能研究[D];苏州大学;2015年

3 弓春玲;Hela细胞与人子宫内膜基质细胞中miRNA Let-7及其靶基因的关系研究[D];内蒙古大学;2015年

4 罗影涛;腺苷酸环化酶3基因敲除小鼠主要嗅觉表皮基因表达谱分析[D];河北大学;2015年

5 甘斌;基于稀疏性理论的肿瘤基因表达谱分类[D];曲阜师范大学;2015年

6 乔玲波;StOSM基因及其耐旱功能研究[D];宁夏大学;2015年

7 赵学军;家蝇CCTζ基因的cDNA克隆、表达及表达模式研究[D];贵阳医学院;2015年

8 文正勇;鳜鱼生长性状数字基因表达谱分析[D];华中农业大学;2015年

9 李晓宾;Fancd2os基因在小鼠不同组织中的表达谱分析及其真核表达载体的构建与鉴定[D];山西医科大学;2015年

10 陈辉;CIK诱导过程中TCR的表达变化及靶向TCR的基因编辑研究[D];广东药学院;2015年

  本文关键词：鸡DGAT2基因组织表达特性及其SNP、CNV遗传效应分析，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：417578