云南大额牛瘤胃微生物多样性分析

发布时间：2017-06-29 23:07

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【摘要】：为研究云南大额牛瘤胃微生物多样性,本研究通过对大额牛瘤胃微生物宏基因组测序(总数据产出3Gb)、分析、组装,共获得13 546 196个环境基因标签(EGTs)。在微生物分析时随机选用了10 387 566个EGTs(占总EGTs的76.68%)与NCBI的NR数据库进行BLAST比对,进行物种注释。结果显示,在分析的EGTs中,主要由细菌域、真核生物域、古生菌域及部分不能确定域归属的未知微生物构成,其中微生物主要属于10个门,94%的EGTs属于拟杆菌门、厚壁菌门、变形杆菌门和放线菌门,拟杆菌门和厚壁菌门丰度最高,分别占总细菌的48%和42%。大额牛瘤胃中主要的纤维降解细菌为黄化瘤胃球菌、溶纤维丁酸弧菌、白色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌,分别占总细菌的1.60%、1.20%、0.86%和0.52%。本研究结果表明EGTs技术可用于分析环境微生物群落结构和解释微生物群落功能,对研究特殊环境中的微生物的构成具有重要意义。
【作者单位】： 云南农业大学动物营养与饲料科学重点实验室;
【关键词】： 云南大额牛 宏基因组测序 环境基因标签 微生物群落
【基金】：国家自然科学基金(31160467、31360562、31160449、31260543)
【分类号】：S823
【正文快照】： 宏基因组测序分析技术已被证明是一种快速有效的分析环境微生物群落的方法,目前研究者已经成功研究了污水、植物、人类唾液及动物胃肠道等多种环境中的微生物的多样性[1-3]。宏基因组学结合高通量测序技术不仅避开了很多微生物不可培养的难题[4],可从基因层面来对整个微生物群

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 李碧凤;朱雅新;苟潇;冷静;毛华明;李清;冯励;杨舒黎;;云南大额牛瘤胃宏基因组Fosmid文库的构建与分析[J];中国畜牧兽医;2013年12期

2 毛华明,邓卫东,文际坤;大额牛的生物学特征及研究开发利用潜力[J];云南农业大学学报;2005年02期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 周熊艳;王松明;顾招兵;吴锡川;冷静;毛华明;李清;冯励;杨舒黎;;云南大额牛瘤胃微生物多样性分析[J];中国畜牧兽医;2016年05期

2 丁小维;田文婷;张波;杨枝;赵莹;朱京颉;涂敏;;盐湖微生物Fosmid文库纤维素酶克隆的筛选及产酶研究[J];陕西理工学院学报(自然科学版);2016年01期

3 王U，

本文编号：499649