贵州省畜禽主要病原菌耐药性及耐药基因研究
发布时间：2017-07-31 16:35
本文关键词：贵州省畜禽主要病原菌耐药性及耐药基因研究
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【摘要】：随着我国畜禽集约化养殖的不断发展,畜禽病原菌的耐药性问题日益突出。由于抗菌药物的不合理使用,使得耐药菌株不断涌现,多重耐药现象不断恶化,耐药机制愈加复杂,这给畜禽细菌病临床治疗带来了很大的困难,严重威胁着公共卫生安全,也给新药开发带来了巨大的压力。贵州省有关畜禽细菌耐药性系统研究鲜有报道,本研究拟在分析研究资料和调查报告的基础上,开展贵州省畜禽主要病原细菌的快速检测技术、耐药表型和基因型、耐药基因序列进化特征等相关研究,对深入探讨细菌耐药性分子机制具有理论意义。1.贵州省畜禽源主要病原细菌流行病学研究:通过对贵州省2008~2014年间研究资料、调查报告进行统计分析,分别从时间分布、动物类别分布、地域分布等方面对畜禽养殖场细菌性疫病流行特点进行分析,并对畜禽细菌病临床病例的防控情况进行调查分析。结果显示:此间贵州省畜禽细菌性疫病主要以大肠埃希氏菌病、葡萄球菌病、链球菌病、巴氏杆菌病和沙门氏菌病为主;发病呈一定的季节性,每年5~9月为高发期,10~12月为低发期,细菌性疫病发生主要以羊为主,其余依次是猪、牛、禽等;各地细菌病发病例数存在一定差异,其中铜仁市各种主要细菌性疫病的病例数高于其他地区,细菌性疫病免疫防控率较低,免疫率在2.3%~20.6%之间,主要防控方式依然是抗菌药防控。养殖场最常用的抗菌药物有β-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类、大环内脂类和喹诺酮类抗菌药物,其中β-内酰胺类使用最为频繁。2.畜禽主要病原菌多重PCR方法的建立与应用:针对贵州省主要流行病原菌(大肠埃希氏菌、沙门氏菌、巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌实验室前期分离,进行过相关致病性研究)设计合成引物,构建PCR反应体系和反应条件,并评估多重PCR方法的性能,对研究所需的分离菌株进行复检分析。结果显示:所设计的各种细菌PCR引物均能有效扩增目的基因,其中扩增出的大肠埃希菌23S r RNA基因、巴氏杆菌KMT基因、沙门氏菌inv A基因、葡萄球菌的nuc基因和链球菌的EF-TU基因片段大小分别为663 bp、456 bp、284 bp、500 bp和197 bp。构建能同时检测葡萄球菌和链球菌的双重PCR最佳反应条件为:葡萄球菌和链球菌的引物浓度分别为0.5μmol/L和0.5μmol/L,退火温度为54℃;在此条件下同时检测葡萄球菌和链球菌的敏感性分别是1.50 ng/μL和1.44 ng/μL。构建能同时检测大肠埃希氏菌、沙门氏菌和巴氏杆菌的三重PCR最佳反应条件为:大肠埃希氏菌、巴氏杆菌和沙门氏菌的引物浓度分别为1.0μmol/L、1.5μmol/L和1.0μmol/L,退火温度为56℃;在此条件下同时检测大肠埃希氏菌、巴氏杆菌和沙门氏菌的敏感性分别是114.00 pg/μL、1.50 ng/μL和1.44 ng/μL。对147株临床分离菌株的检测显示,双重PCR和三重PCR检测结果与生化鉴定结果的符合率分别为97.26%和98.72%,结果表明所建立的PCR方法检测结果跟传统生化鉴定结果高度一致。3.畜禽主要病原细菌耐药表型和耐药基因型研究:随机选取畜禽5种病原菌共151株,应用K-B法对5类21种抗菌药对其进行药物敏感性实验,并针对β-内酰胺类耐药基因、喹诺酮类耐药基因、大环内脂类耐药基因、链霉素耐药基因和磺胺类耐药基因设计合成了23对特异性引物,检测各种细菌耐药相关基因,分析细菌耐药表型和耐药基因型相关性。结果显示:所有供试菌株均表现出明显的耐药性,总耐药率在54.42%~93.20%之间,多重耐药主要集中耐6-11种药物之间。在选取的21种抗生素中,以青霉素、阿莫西林、链霉素和磺胺甲基异恶唑的抑菌效果较差;23个耐药基因共检出19个,检出率最高的是大肠埃希氏菌喹诺酮类aac(6’)-Ib-cr,为77.59%。介导我省大肠埃希氏菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul1、对喹诺酮类药物产生耐药性的耐药基因主要是aac(6’)-Ib-cr,对β-内酰胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是TEM;介导我省巴氏杆菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul2、对链霉素产生耐药性的耐药基因主要是Str A;介导我省沙门氏菌对磺胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是sul2、对链霉素产生耐药性的耐药基因主要是Str A;介导我省葡萄球菌对大环类脂类药物产生耐药性的耐药基因主要是erm B,对β-内酰胺类药物产生耐药性的耐药基因主要是bla Z;介导我省链球菌对大环类脂类药物产生耐药性的耐药基因主要是erm B;通过对151株临床分离株耐药表型和耐药基因相关性分析,结果显示:细菌对链霉素耐药的耐药基因跟耐药表型的符合率最高,为100%,巴氏杆菌对磺胺类药物的耐药表型与耐药基因型的符合率最低,为71.43%。4.畜禽主要病原细菌耐药相关基因序列分析:应用分子克隆技术对各种细菌主要耐药基因进行克隆及测序,应用Meg Align软件对测序序列进行同源性、基因一致性和遗传进化分析。结果显示:除大肠埃希氏菌aac(6’)-Ib-cr基因、巴氏杆菌gyr A和par C基因、链球菌gyr A和par C基因存在较多变异外,其他耐药基因均表现出较高的保守性,其中最保守的是大肠杆菌CTX-M基因、巴氏杆菌sul2基因和链球菌mef A基因,与国内外参考菌株的序列同源性均为100%。结论:1.贵州省畜禽细菌病主要病原菌为大肠埃希氏菌、巴氏杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌和链球菌;细菌病发生存在时间和地域差异。2.建立可快速鉴定大肠埃希氏菌、沙门氏菌、巴氏杆菌的三重PCR方法和葡萄球菌、链球菌的双重PCR方法,二者对临床分离株的检测结果与生化试验鉴定结果符合率高。3.贵州省畜禽五种主要病原细菌存在广泛耐药,耐药基因种类多样,耐药表型和耐药基因型高度统一。4.贵州省畜禽五种主要病原细菌耐药基因相对保守,部分耐药基因存在点突变。
【关键词】：畜禽细菌病 耐药性 耐药表型 耐药基因 序列分析
【学位授予单位】：贵州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.6
【目录】：
- 中文摘要6-9
- Abstract9-13
- 缩略词表13-14
- 文献综述 畜禽主要病原菌及其耐药机制研究进展14-24
- 第一章 贵州省畜禽源主要病原细菌流行病学研究24-35
- 1 材料和方法24
- 1.1 材料24
- 1.2 方法24
- 2 结果24-33
- 2.1 畜禽细菌性疫病流行情况调查24-29
- 2.2 畜禽细菌病防控情况调查29-33
- 3 讨论33-35
- 3.1 关于畜禽主要细菌性疫病33
- 3.2 关于细菌性疫病防控药物选择33-34
- 3.3 关于细菌病的混合感染现状34-35
- 第二章 五种病原菌快速鉴别PCR方法的建立与应用35-52
- 1 材料35-36
- 1.1 菌株35
- 1.2 培养基35
- 1.3 革兰氏染色试剂35
- 1.4 主要分子生物学试剂35-36
- 1.5 试验仪器36
- 2 方法36-41
- 2.1 细菌培养36
- 2.2 单重PCR方法的建立及敏感性检测36-38
- 2.3 多重PCR方法的建立及条件优化38-41
- 2.4 多重PCR方法的临床应用与分离菌株的检测41
- 3 结果与分析41-50
- 3.1 单重PCR方法的建立及反应条件优化41-43
- 3.2 多重PCR方法建立43-49
- 3.3 多重PCR方法的临床应用及分离菌株复检结果49-50
- 4 讨论50-52
- 4.1 关于畜禽病原细菌鉴定技术50
- 4.2 关于畜禽病原细菌鉴定的多重PCR引物50-51
- 4.3 关于畜禽病原细菌多重PCR技术关键因素51-52
- 第三章 贵州省畜禽主要病原菌耐药表型与耐药基因型研究52-83
- 1 材料52-53
- 1.1 实验菌株52
- 1.2 主要试剂52
- 1.3 药敏纸片52-53
- 1.4 实验仪器53
- 2 方法53-56
- 2.1 抗菌药物药物敏感性实验53
- 2.2 畜禽主要病原菌相关耐药基因检测53-56
- 3 结果与分析56-81
- 3.1 大肠埃希氏菌耐药性与耐药基因检测结果56-62
- 3.2 巴氏杆菌耐药性与耐药基因检测结果62-66
- 3.3 沙门氏菌耐药性与耐药基因检测结果66-70
- 3.4 葡萄球菌耐药性与耐药基因检测结果70-75
- 3.5 链球菌耐药性与耐药基因检测结果75-81
- 4 讨论81-83
- 4.1 关于细菌耐药表型检测81
- 4.2 关于细菌耐药基因检测81-82
- 4.3 关于耐药表型与耐药基因型的相关性82-83
- 第四章 贵州省畜禽主要病细菌耐药基因序列分析83-120
- 1 材料83
- 1.1 实验菌株83
- 1.2 主要试剂及培养基83
- 1.3 实验仪器83
- 2 方法83-86
- 2.1 细菌耐药相关基因扩增83
- 2.2 细菌耐药相关基因克隆83-86
- 2.3 细菌耐药相关基因序列测定与分析86
- 3 结果与分析86-118
- 3.1 大肠埃希氏菌部分耐药基因序列分析结果86-97
- 3.2 巴氏杆菌部分耐药基因序列测定及同源性分析结果97-102
- 3.3 沙门氏菌耐药基因序列分析结果102-106
- 3.4 葡萄球菌耐药基因序列分析结果106-113
- 3.5 链球菌部分耐药基因序列测定及同源性分析结果113-118
- 4 讨论118-120
- 4.1 关于耐药基因突变分析118
- 4.2 关于耐药基因的选择118-119
- 4.3 关于细菌耐药基因决定区119-120
- 全文结论120-121
- 主要参考文献121-133
- 攻读硕士学位期间发表论文133-134
- 致谢134-135
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