我国羊巴贝斯虫分子流行病学调查及基因组物理图谱绘制

发布时间：2017-08-17 15:22

  本文关键词：我国羊巴贝斯虫分子流行病学调查及基因组物理图谱绘制

  更多相关文章： 羊巴贝斯虫 实时荧光定量PCR 分子流行病学调查 BAC文库 物理图谱

【摘要】：巴贝斯虫是一类寄生于人和动物红细胞内的隶属于巴贝斯属(Babesia)的蜱传性血液原虫,。动物感染巴贝斯虫后即患巴贝斯虫病(Babesiosis),该病又被称为蜱传热、红尿热等。动物感染该病后表现出发热、贫血、黄疸、血红蛋白尿等临床症状,严重时甚至会引起死亡。该病分布范围广,在世界各地都有流行,给畜牧业带来巨大的经济损失。我国羊巴贝斯虫病研究起步较晚,对其病原种类、分布和生物学特性尚不十分清楚。本研究首先应用Real-time PCR检测技术,对我国现已分离鉴定到的两种羊的巴贝斯虫——莫氏巴贝斯虫(Babesia motasi)和巴贝斯虫未定种(Babesia sp.)在十个省区开展了分子流行病学调查;然后以羊巴贝斯虫未定种新疆株(Babesia sp.Xinjiang)为研究对象,根据已构建的其细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库和二、三代全基因组序列测序数据,绘制羊巴贝斯虫未定种新疆株物理图谱。对了解该病病原的在我国的分布和基因组结构做了初步的探索研究。为了调查和分析羊的巴贝斯虫在我国的分布情况,2010-2014年间,于我国10个省区共采集到823份绵羊和山羊血液样本,并提取基因组DNA。应用区分莫氏巴贝斯虫和羊巴贝斯虫未定种的Real-time PCR方法,对提取的基因组DNA进行了检测。结果显示,除了海南省,其它省份都检测到莫氏巴贝斯虫的感染,总体阳性率为5.95%(49/823),其中河南阳性率最高,为10.47%(9/86);而羊巴贝斯虫未定种只在湖北、贵州和甘肃省检测到,阳性率分别为4.55%(2/44)、6.38%(3/47)和0.62%(2/322)。本研究首次应用实时荧光定量PCR对我国羊巴贝斯虫病的流行状况进行大范围的调查,为了解我国羊巴贝斯虫的分布情况和制定相应的羊巴贝斯虫病防控策略提供了数据支持。综合羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组测序组装数据,根据定位和设计的204对筛库引物,通过对羊巴贝斯虫未定种新疆株BAC文库约1.5万个PCR筛选和相应的酶切指纹图谱验证,初步得到覆盖其基因组的171个BAC阳性克隆,并成功构建了测序组装的5条Scaffold的克隆重叠群图谱,其总长度约8.47Mb,对其基因组的覆盖度达到了99%左右,与此同时在构建好的克隆重叠图中有6对引物没有筛选到阳性克隆,还有1对引物筛库引物的实际扩增片段大小与目的产物大小有一定的差异。这意味着在已有数据的拼接结果中存有错误拼接。该研究为进一步精确组装该巴贝斯虫的全基因组序列数据,做了前期探索性的工作。
【关键词】：羊巴贝斯虫 实时荧光定量PCR 分子流行病学调查 BAC文库 物理图谱
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S858.26;S858.27
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-10
• 英文缩略表10-11
• 第一章 引言11-20
• 1.1 巴贝斯虫的简介11-13
• 1.1.1 巴贝斯虫的分类11
• 1.1.2 巴贝斯虫的病原11-12
• 1.1.3 巴贝斯虫的生活史12
• 1.1.4 巴贝斯虫病流行病学12-13
• 1.2 巴贝斯虫病诊断技术13-16
• 1.2.1 病原学诊断13-14
• 1.2.2 血清学诊断14
• 1.2.2.1 酶联免疫吸附试验（ELISA）14
• 1.2.2.2 乳胶凝集试验(LAT)14
• 1.2.3 分子生物学诊断14-16
• 1.2.3.1 聚合酶链式反应（PCR）15
• 1.2.3.4 实时荧光定量PCR技术（Real-time PCR)15-16
• 1.3 巴贝斯虫基因组研究16
• 1.4 人工染色体（BAC）16-17
• 1.5 基因组物理图谱17-18
• 1.5.1 菌落杂交法17
• 1.5.2 分子标记法17-18
• 1.5.3 酶切指纹法18
• 1.6 物理图谱的应用18-19
• 1.6.1 基因组测序18
• 1.6.2 基因的图位克隆18
• 1.6.3 比较基因组学研究18-19
• 1.7 本研究的目的和意义19-20
• 第二章 我国十省区羊巴贝斯虫流行病学调查20-24
• 2.1 材料与方法20-21
• 2.1.1 样品20
• 2.1.2 主要试剂和仪器20-21
• 2.2 实验方法21-22
• 2.2.1 血液基因组DNA提取21
• 2.2.2 实时荧光定量PCR21-22
• 2.3 实验结果22
• 2.4 讨论22-24
• 第三章 羊巴贝斯虫新疆株物理图谱绘制24-45
• 3.1 实验试剂与仪器24
• 3.2 试验方法24-27
• 3.2.1 巴贝斯虫测序基因组提取24
• 3.2.2 巴贝斯虫筛库基因组提取24-25
• 3.2.3 引物定位与设计25
• 3.2.4 BAC板库制粒复制25
• 3.2.5 BAC板库、行库和列库制备25-26
• 3.2.6 BAC文库筛选26
• 3.2.7 BAC质粒提取26
• 3.2.8 BAC质粒酶切验证26
• 3.2.9 阳性克隆指纹酶切指纹图谱验证和克隆重叠群构建26-27
• 3.2.10 核型分析与Scaffold定位27
• 3.3 结果与分析27-43
• 3.3.1 测序数据统计27
• 3.3.2 BAC板库、行库和列库质粒浓度处理27
• 3.3.3 引物设计与筛库结果27-38
• 3.3.4 质粒酶切验证38-39
• 3.3.5 酶切指纹图谱验证39-42
• 3.3.6 核型分析与Scaffold定位42-43
• 3.4 讨论43-45
• 第四章 全文结论45-46
• 参考文献46-51
• 致谢51-52
• 作者简历52

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 高德才;郭续;;一例犬吉氏巴贝斯虫的诊治与临床分析[J];中国动物保健;2012年10期

2 王轶男;钱年超;黄国明;胡诗悦;薛书江;贾立军;张守发;;牛瑟氏泰勒虫与牛卵形巴贝斯虫多重PCR检测方法的建立[J];中国兽医科学;2013年04期

3 白启，刘光远，韩根凤，惠禹;甘肃张家川牛卵形巴贝斯虫的分离及补充传播试验[J];中国兽医科技;1994年09期

4 陈启军，，李德昌;巴贝斯虫分子生物学研究进展[J];中国兽医科技;1995年06期

5 殷宏,罗建勋,吕文顺,吕文祥,张其才,王玉英,刘天斌,律光启,李忠义,窦云龙,赵鹏宇,常思明;莫氏巴贝斯虫和羊巴贝斯虫在我国的分离及形态学观察[J];中国兽医科技;1997年10期

6 任钰峰;马瑛;钱丽莉;;一例犬感染吉氏巴贝斯虫的病例报告[J];畜牧兽医科技信息;2014年02期

7 白音查汗,五十岚郁男;牛卵形巴贝斯虫的体外培养[J];中国兽医寄生虫病;2001年02期

8 梁亿林;邓耿高;杨龙飞;庞伟;;犬韦氏巴贝斯虫的分子鉴定[J];广东农业科学;2011年14期

9 黄国明;贾立军;薛书江;张守发;;牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法的建立及初步应用[J];中国兽医学报;2012年10期

10 王婧;周绪正;李冰;魏晓娟;范颖;刘翠翠;张继瑜;;抗巴贝斯虫药物的研究进展[J];中国畜牧兽医;2013年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 牛庆丽;关贵全;马米玲;刘志杰;刘爱红;高金亮;任巧云;李有全;刘军龙;罗建勋;殷宏;;用反向线状印迹方法检测和区别羊的泰勒虫和巴贝斯虫[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十次学术研讨会论文集[C];2009年

2 周金林;沈杰;小沼操;;吉氏巴贝斯虫二个亚细胞标记分子的克隆和部分功能鉴定[A];中国畜牧兽医学会2003年学术年会论文集[C];2003年

3 罗建勋;殷宏;刘光远;关贵全;刘志杰;刘爱红;党志胜;马米玲;鲁炳义;孙彩琴;白启;吕文顺;陈溥言;;我国牛的巴贝斯虫分子分类学研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

4 黄国明;贾立军;薛书江;张守发;;牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法的建立及初步应用[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

5 关贵全;Emmanuelle Moreau;Nadine Brisseau;罗建勋;殷宏;Alain Chauvin;;不同种绵羊的红细胞对巴贝斯虫体外易感性的研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

6 谢俊仁;刘光远;田占成;罗金;沈辉;;用反向线性印迹方法检测和区分马泰勒虫和驽巴贝斯虫的研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

7 罗建勋;殷宏;刘光远;关贵全;刘志杰;刘爱红;党志胜;马米玲;鲁炳义;孙彩琴;白启;吕文顺;陈溥言;;牛的巴贝斯虫未定种在小亚璃眼蜱饱血雌虫体内的发育形态观察[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

8 刘爱红;罗建勋;关贵全;马米玲;刘志杰;党志胜;高金亮;任巧云;殷宏;;建立于18S rRNA基因测序基础上的羊巴贝斯虫分子分类学研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

9 罗金;刘光远;谢俊仁;田占成;沈辉;;18S rRNA序列差异在马梨形虫分类学中的应用[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

10 张庆丽;胡敏;周艳琴;赵俊龙;;东方巴贝斯入侵相关的牛红细胞糖蛋白受体基因的克隆及功能研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 李延生;务实成就赛贝斯数据库管理龙头地位[N];中国企业报;2003年

2 美联;菲·莫成功收购纳贝斯克[N];厂长经理日报;2000年

3 ;增持浙江兰贝斯[N];中国证券报;2003年

4 本报记者 刘曦　通讯员 何尔海;深圳知名台企资方弃厂躲债[N];中华工商时报;2005年

5 由健;擅长设计博物馆的建筑师——利贝斯金德[N];中华建筑报;2004年

6 本报记者　　刘波;墨西哥外长德尔贝斯：中墨能源协议讨论中[N];21世纪经济报道;2006年

7 贝斯印;贝斯印的平台式结构:将省钱进行到底[N];中国包装报;2009年

8 本报记者 姜洪军;老鼠曾经绊大象 “性感”世通毁于造假丑闻[N];中国计算机报;2011年

9 记者 张四代;印度将参与加拿大钾肥项目[N];农资导报;2009年

10 深圳特区报记者 梁婷　实习生 王艳春;五彩胶带组合出大千世界[N];深圳特区报;2011年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 罗建勋;巴贝斯虫未定种的发现及牛巴贝斯虫病的免疫诊断和药物防治研究[D];南京农业大学;2004年

2 杨其清;犬吉氏巴贝斯虫重组表达抗原检测技术的建立及其在流行病学调查上的应用[D];南京农业大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 许艳起;莫氏巴贝斯虫物理图谱的绘制及系统发育分析[D];西北农林科技大学;2016年

2 杨强;我国羊巴贝斯虫分子流行病学调查及基因组物理图谱绘制[D];中国农业科学院;2016年

3 王锦明;莫氏巴贝斯虫在我国的流行状况调查及马达复合物组件蛋白基因的初步研究[D];中国农业科学院;2013年

4 尚泽松;犬巴贝斯虫套式PCR检测方法的建立与应用[D];河南科技大学;2014年

5 张杨;马驽巴贝斯虫二温式、荧光PCR检测方法的建立及其初步应用[D];新疆农业大学;2015年

6 刘爱红;建立于18SrRNA基因测序基础上的羊巴贝斯虫分子分类学研究[D];甘肃农业大学;2003年

7 刘铁;梅里贝斯·德姆的声乐教学理论对我国声乐教学的启示[D];曲阜师范大学;2014年

8 薛书江;驽巴贝斯虫BC-48基因片段在大肠杆菌中的表达与初步应用[D];延边大学;2007年

9 张浩浩;羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库构建及物理图谱绘制[D];中国农业科学院;2014年

10 罗金;马泰勒虫分类学定位佐证及PCR、ELISA检测方法的建立[D];甘肃农业大学;2011年

本文编号：689720