莫氏巴贝斯虫物理图谱的绘制及系统发育分析

发布时间：2017-08-24 15:05

  本文关键词：莫氏巴贝斯虫物理图谱的绘制及系统发育分析

  更多相关文章： 巴贝斯虫 染色体 核型分析 系统发育分析 物理图谱

【摘要】：巴贝斯虫病是由巴贝斯虫寄生于动物的红细胞中经蜱传播而引起的一种血液原虫病,可大范围的感染牛、羊、马、犬等动物。可在热带、亚热带以及温带地区传播,传播范围广,患病后动物表现出发热、黄疸、溶血性贫血和血红蛋白尿等临床病症。一旦受到感染,便很难根除,该病的传播对世界养殖业造成严重的影响。目前在巴贝斯虫的入侵、致病、传播及诊断、防控技术方面取得了很大进展,但在分子机制、基因水平上的研究相对较少,高通量测序技术的出现,为该病的研究提供了新的契机。本研究依在我国危害范围大的羊巴贝斯虫未定种新疆株和莫氏巴贝斯虫临潭株为研究对象,采用虫体体外培养,接种方式感染除脾羊进行繁殖,采集羊血液中的虫体并进行纯化处理,获得处于裂殖子阶段的虫体,将获得的虫体进行低熔点琼脂糖包埋,用蛋白酶K对包埋块进行消化处理,获得鉴定虫体完整性的虫体基因组DNA;利用PFGE电泳技术分析两种虫体染色体大小及条数;利用Pacbio三代高通量测序技术进行全基因组序列的测定,并与NCBI公布的部分顶复门寄生虫的单拷贝基因进行比对,得到两种巴贝斯虫系统发育树;通过已有的莫氏巴贝斯虫临潭株基因组第三代测序拼接数据,选取四条测序拼接较大的Scaffold,每间隔50kb设计一对引物,共设计了221对引物,利用已建好的莫氏巴贝斯虫临潭株的细菌人工染色体BAC文库,采用酶切指纹图谱法进行筛选,获得阳性克隆之间的重叠关系。研究结果表明:通过核型分析发现两种巴贝斯虫均有4条染色体,莫氏巴贝斯虫临潭株基因组大小约为11.1Mb,羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组大小约为7.0Mb,大小差异明显,且基因大小都小于测序拼接数据;通过与部分顶复门原虫的单拷贝基因比对,得到羊巴贝斯虫未定种新疆株与牛巴贝斯虫的亲缘性较近,莫氏巴贝斯虫临潭株与双芽巴贝斯虫的亲缘关系较近;通过对莫氏巴贝斯虫临潭株BAC文库(约1.4万个PCR)筛选和酶切指纹图谱验证,获得了230个阳性克隆,初步完成了总长度约为11.3Mb的4条Scaffold物理图谱的搭建工作;通过阳性克隆筛选发现在已有的拼接数据中,3对引物出现实际目的片段大小与预期存在差异;5对引物没有筛选到阳性克隆。说明测序结果数据中可能有错误存在,需进一步进行验证工作。该研究还初步完成了莫氏巴贝斯虫临潭株克隆系G7的基因组物理图谱绘制及测序数据拼接验证工作,为下一步精细物理图谱和序列图谱的绘制打下了坚实的基础性工作。
【关键词】：巴贝斯虫 染色体 核型分析 系统发育分析 物理图谱
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.7
【目录】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 文献综述10-17
• 第一章 巴贝斯虫及基因组图谱进展10-17
• 1.1 巴贝斯虫研究进展10-12
• 1.1.1 巴贝斯虫概述10
• 1.1.2 巴贝斯虫病概述10-11
• 1.1.3 巴贝斯虫研究现状11-12
• 1.1.4 巴贝斯虫基因组相关研究12
• 1.2 基因组图谱简介12-14
• 1.2.1 基因组图谱概述12-13
• 1.2.2 遗传图谱13
• 1.2.3 物理图谱13
• 1.2.4 序列图谱13-14
• 1.3 物理图谱的构建14-16
• 1.3.1 基因文库构建14-15
• 1.3.2 克隆重叠群构建15-16
• 1.4 本研究目的和意义16-17
• 试验研究17-47
• 第二章 两种羊巴贝斯虫的系统发育分析17-25
• 2.1 材料和方法17-20
• 2.1.1、试验虫体17
• 2.1.2 主要仪器设备17-18
• 2.1.3 主要试剂18
• 2.1.4 主要溶液的配制18
• 2.1.5 虫体的纯化18
• 2.1.6 高分子量基因组DNA包埋块的包埋与消化18-19
• 2.1.7 包埋块中DNA的纯化19
• 2.1.8 大片段DNA包埋块完整性检测19
• 2.1.9 核型分析19-20
• 2.1.10 基因家族分析20
• 2.1.11 系统发育分析20
• 2.2 结果20-23
• 2.2.1 大片段DNA包埋块完整性检测20-21
• 2.2.2 核型分析21
• 2.2.3 基因家族分析21-23
• 2.2.4 系统发育分析23
• 2.3 讨论23-24
• 2.4 小结24-25
• 第三章 莫氏巴贝斯虫物理图谱的绘制25-47
• 3.1 材料和方法25-29
• 3.1.1 主要仪器25
• 3.1.2 主要试剂25
• 3.1.3 主要溶液的配制25-26
• 3.1.4 BAC文库26
• 3.1.5 莫氏巴贝斯虫临潭株基因组的提取26-27
• 3.1.6 莫氏巴贝斯虫临潭株BAC文库的复制27
• 3.1.7 BAC文库384孔板板池、行库、列库混合质粒的提取27-28
• 3.1.8 BAC文库中单克隆质粒的提取28
• 3.1.9 文库的筛选28-29
• 3.1.10 阳性克隆酶切指纹图谱验证及重叠群搭建29
• 3.2 实验结果29-46
• 3.2.1 三代测序数据结果及分析29-30
• 3.2.2 引物设计及筛选结果30-41
• 3.2.3 阳性克隆酶切指纹图谱分析及重叠群搭建41-46
• 3.3 讨论46
• 3.4 小结46-47
• 结论47-48
• 参考文献48-55
• 致谢55-56
• 作者简介56

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 高德才;郭续;;一例犬吉氏巴贝斯虫的诊治与临床分析[J];中国动物保健;2012年10期

2 王轶男;钱年超;黄国明;胡诗悦;薛书江;贾立军;张守发;;牛瑟氏泰勒虫与牛卵形巴贝斯虫多重PCR检测方法的建立[J];中国兽医科学;2013年04期

3 白启，刘光远，韩根凤，，惠禹;甘肃张家川牛卵形巴贝斯虫的分离及补充传播试验[J];中国兽医科技;1994年09期

4 陈启军，李德昌;巴贝斯虫分子生物学研究进展[J];中国兽医科技;1995年06期

5 殷宏,罗建勋,吕文顺,吕文祥,张其才,王玉英,刘天斌,律光启,李忠义,窦云龙,赵鹏宇,常思明;莫氏巴贝斯虫和羊巴贝斯虫在我国的分离及形态学观察[J];中国兽医科技;1997年10期

6 任钰峰;马瑛;钱丽莉;;一例犬感染吉氏巴贝斯虫的病例报告[J];畜牧兽医科技信息;2014年02期

7 白音查汗,五十岚郁男;牛卵形巴贝斯虫的体外培养[J];中国兽医寄生虫病;2001年02期

8 梁亿林;邓耿高;杨龙飞;庞伟;;犬韦氏巴贝斯虫的分子鉴定[J];广东农业科学;2011年14期

9 黄国明;贾立军;薛书江;张守发;;牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法的建立及初步应用[J];中国兽医学报;2012年10期

10 王婧;周绪正;李冰;魏晓娟;范颖;刘翠翠;张继瑜;;抗巴贝斯虫药物的研究进展[J];中国畜牧兽医;2013年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 牛庆丽;关贵全;马米玲;刘志杰;刘爱红;高金亮;任巧云;李有全;刘军龙;罗建勋;殷宏;;用反向线状印迹方法检测和区别羊的泰勒虫和巴贝斯虫[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十次学术研讨会论文集[C];2009年

2 周金林;沈杰;小沼操;;吉氏巴贝斯虫二个亚细胞标记分子的克隆和部分功能鉴定[A];中国畜牧兽医学会2003年学术年会论文集[C];2003年

3 罗建勋;殷宏;刘光远;关贵全;刘志杰;刘爱红;党志胜;马米玲;鲁炳义;孙彩琴;白启;吕文顺;陈溥言;;我国牛的巴贝斯虫分子分类学研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

4 黄国明;贾立军;薛书江;张守发;;牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法的建立及初步应用[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

5 关贵全;Emmanuelle Moreau;Nadine Brisseau;罗建勋;殷宏;Alain Chauvin;;不同种绵羊的红细胞对巴贝斯虫体外易感性的研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

6 谢俊仁;刘光远;田占成;罗金;沈辉;;用反向线性印迹方法检测和区分马泰勒虫和驽巴贝斯虫的研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

7 罗建勋;殷宏;刘光远;关贵全;刘志杰;刘爱红;党志胜;马米玲;鲁炳义;孙彩琴;白启;吕文顺;陈溥言;;牛的巴贝斯虫未定种在小亚璃眼蜱饱血雌虫体内的发育形态观察[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

8 刘爱红;罗建勋;关贵全;马米玲;刘志杰;党志胜;高金亮;任巧云;殷宏;;建立于18S rRNA基因测序基础上的羊巴贝斯虫分子分类学研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第五次代表大会暨第八次学术研讨会论文集[C];2004年

9 罗金;刘光远;谢俊仁;田占成;沈辉;;18S rRNA序列差异在马梨形虫分类学中的应用[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

10 张庆丽;胡敏;周艳琴;赵俊龙;;东方巴贝斯入侵相关的牛红细胞糖蛋白受体基因的克隆及功能研究[A];中国畜牧兽医学会家畜寄生虫学分会第六次代表大会暨第十一次学术研讨会论文集[C];2011年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 李延生;务实成就赛贝斯数据库管理龙头地位[N];中国企业报;2003年

2 美联;菲·莫成功收购纳贝斯克[N];厂长经理日报;2000年

3 ;增持浙江兰贝斯[N];中国证券报;2003年

4 本报记者 刘曦　通讯员 何尔海;深圳知名台企资方弃厂躲债[N];中华工商时报;2005年

5 由健;擅长设计博物馆的建筑师——利贝斯金德[N];中华建筑报;2004年

6 本报记者　　刘波;墨西哥外长德尔贝斯：中墨能源协议讨论中[N];21世纪经济报道;2006年

7 贝斯印;贝斯印的平台式结构:将省钱进行到底[N];中国包装报;2009年

8 本报记者 姜洪军;老鼠曾经绊大象 “性感”世通毁于造假丑闻[N];中国计算机报;2011年

9 记者 张四代;印度将参与加拿大钾肥项目[N];农资导报;2009年

10 深圳特区报记者 梁婷　实习生 王艳春;五彩胶带组合出大千世界[N];深圳特区报;2011年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 罗建勋;巴贝斯虫未定种的发现及牛巴贝斯虫病的免疫诊断和药物防治研究[D];南京农业大学;2004年

2 杨其清;犬吉氏巴贝斯虫重组表达抗原检测技术的建立及其在流行病学调查上的应用[D];南京农业大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 许艳起;莫氏巴贝斯虫物理图谱的绘制及系统发育分析[D];西北农林科技大学;2016年

2 杨强;我国羊巴贝斯虫分子流行病学调查及基因组物理图谱绘制[D];中国农业科学院;2016年

3 王锦明;莫氏巴贝斯虫在我国的流行状况调查及马达复合物组件蛋白基因的初步研究[D];中国农业科学院;2013年

4 尚泽松;犬巴贝斯虫套式PCR检测方法的建立与应用[D];河南科技大学;2014年

5 张杨;马驽巴贝斯虫二温式、荧光PCR检测方法的建立及其初步应用[D];新疆农业大学;2015年

6 刘爱红;建立于18SrRNA基因测序基础上的羊巴贝斯虫分子分类学研究[D];甘肃农业大学;2003年

7 刘铁;梅里贝斯·德姆的声乐教学理论对我国声乐教学的启示[D];曲阜师范大学;2014年

8 薛书江;驽巴贝斯虫BC-48基因片段在大肠杆菌中的表达与初步应用[D];延边大学;2007年

9 张浩浩;羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库构建及物理图谱绘制[D];中国农业科学院;2014年

10 罗金;马泰勒虫分类学定位佐证及PCR、ELISA检测方法的建立[D];甘肃农业大学;2011年

本文编号：731953