FLW牛CPT2、ABHD5、ACSL1基因单核苷酸多态性与生产性状的关联分析

发布时间：2017-09-08 02:06

  本文关键词：FLW牛CPT2、ABHD5、ACSL1基因单核苷酸多态性与生产性状的关联分析

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【摘要】：FLW牛是我国大连雪龙集团成功培育的三元杂交牛(Fuzhou yellow cattle×Limousinex Wagyu),属于中型肉牛品种,具有较高的生长性能和较好的肉品质性状。本试验以65头大连雪龙黑牛为研究对象,采用PCR-RFLP分子标记方法结合DNA测序对CPT2、ABHD5和ACSL1基因的多态性进行分析,目的在于探索CPT2、ABHD5和ACSL1基因对肉牛生产、肉质性状的影响,为我国优质肉牛的育种提供一定的理论依据。本研究中共检测到18个SNP位点,通过分子生物学和生物信息学相结合对这些SNP多态性位点与12个性状之间进行了关联分析;同时测定了这3个基因在FLW牛不同等级大理石花纹群体和双和牛不同组织中的表达差异,得到相关数据,结果如下：1.利用直接测序和PCR-RFLP方法检测到CPT2基因有9个SNP位点,通过SAS软件(V9.13)的GLM(General Linear Model)方差分析9个SNP位点多态性基因型与生产性状的相关性,结果发现：(1)The 5'upstreamG78T位点GG型个体的脂肪厚、大理石花纹等级和肌内脂肪含量极其明显的高于GT型个体,差异极显著(P0.01)。该位点GG型个体的脂色等级和鲜肉水分含量明显高于GT型个体(P0.05)。(2)The Exon1中A8G位点AA型个体的屠杀前重量明显高于AG型个体(P0.05)。(3)The Intron1中G287A位点GG型个体的屠杀前重量和三角牛腩等级明显高于GA型个体(P0.05)。(4)The Intron1中A346G位点AA型个体的屠杀前重量明显高于AG型个体(P0.05)。(5)The Intron1中G369A位点GG型个体的屠杀前重量明显高于AG型个体(P0.05)。(6)The 5'upstreamG29A和Intron1的G153T、C166T、A302G这4个位点所对应的各个性状均未达到差异显著。2.利用直接测序和PCR-RFLP方法检测到ABHD5基因有2个SNP位点,通过SAS软件(V9.13)的GLM(General Linear Model)方差分析2个SNP位点多态性基因型与生产性状的相关性,结果发现：(1)The 5'upstreamA941C位点AA型个体的三角牛腩等级极显著高于CC型个体(P0.01)。AC型个体的脂肪厚和肌内脂肪含量明显高于CC型个体(P0.05)。CC型个体的鲜肉水分含量明显高于AC个体(P0.05)。(2)The Intron5中A204G位点AG型个体的屠杀前重量和脂色等级明显高于AA型个体(P0.05)。3.利用直接测序和PCR-RFLP方法检测到ACSL1基因有7个SNP位点,通过SAS软件(V9.13)的GLM(General Linear Model)方差分析7个SNP位点多态性基因型与生产性状的相关性,结果发现：(1)The Exon6中C36G位点的CC型个体的屠杀前重量明显高于CG型个体(P0.05)。CC型个体的上脑盖极显著的高于CG型个体(P0.01)(2)The Exon7中T131A、G132A位点AA型个体的上脑盖明显高于AB型个体(P0.05)。(3)The Exon7中C167A位点CA型个体的脂肪厚、脂色等级、肉色等级、肌内脂肪含量均明显高于CC型个体(P0.05),CA型个体的大理石花纹等级极显著高于CC型个体(P0.01)。(4)The Exon7中A168T位点AT型个体的脂肪厚、脂色等级、肉色等级、肌内脂肪含量均明显高于AA型个体(P0.05),AT型个体的大理石花纹等级极显著高于AA型个体(P0.01)。(5)The Intron5中C52T位点CC型个体的上脑盖明显高于CT型个体(P0.05)。(6)The Intron6中G101C位点所对应的各个性状均未达到差异显著。4.CPT2基因和ABHD5基因在大理石花纹等级差异明显的两组个体中表达量均无显著差异(P0.05);ACSL1基因在大理石花纹等级高的个体相应表达量明显高于等级低的个体(P0.05)。5.CPT2基因在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、肌肉、脂肪7个组织中的mRNA表达量差异极显著,在肝脏组织中的表达量最高(P0.05);ABHD5基因和ACSL1基因在各个组织中的mRNA表达量均未达到差异显著(P0.05)。
【关键词】：CPT2 ABHD5 ACSL1 SNP 表达量 关联分析
【学位授予单位】：山西农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823
【目录】：

• 摘要6-8
• 第一章 文献综述8-24
• 1 国内外肉牛的发展概况及牛的分子育种8-11
• 1.1 国外肉牛发展概况8
• 1.2 我国肉牛的发展概况8-9
• 1.3 FLW牛的概述9-10
• 1.4 双和牛的概述10-11
• 1.5 牛的分子育种11
• 2 分子遗传标记及其在动物遗传育种中的应用11-15
• 2.1 RFLP标记技术及其应用12-13
• 2.2 SSLP标记技术及其应用13-14
• 2.3 SNP标记技术及其应用14
• 2.4 SSCP标记技术及其应用14-15
• 3 荧光定量PCR的概述及其应用15-16
• 3.1 荧光定量PCR的概述15-16
• 3.2 荧光定量PCR的应用16
• 4 CPT2、ABHD5、ACSL1基因的研究进展16-22
• 4.1 CPT2基因的研究进展16-18
• 4.2 ABHD5基因的研究进展18-20
• 4.3 ACSL1基因的研究进展20-22
• 5 本研究的内容和意义22-24
• 第二章 FLW牛CPT2、ABHD5、ACSL1基因的SNP分析24-58
• 1 试验材料与方法24-36
• 1.1 试验材料24-27
• 1.2 试验方法27-36
• 2 试验结果与分析36-54
• 2.1 所提取DNA的浓度和纯度36
• 2.2 CPT2、ABHD5基因和ACSL1基因DNA部分片段扩增结果鉴定36-37
• 2.3 测序结果37
• 2.4 CPT2、ABHD5基因和ACSL1基因SNPs位点的检测及关联分析37-54
• 3 讨论54-56
• 3.1 试验动物背景讨论54
• 3.2 关于基因组DNA提取的讨论54-55
• 3.3 关于PCR条件选择的讨论55
• 3.4 CPT2、ABHD5基因和ACSL1基因对肉品质性状影响的讨论55-56
• 4 结论56-58
• 第三章 关于FLW牛CPT2、ABHD5、ACSL1基因个体差异表达的研究58-70
• 1 试验材料和方法58-63
• 1.1 试验材料58
• 1.2 试验方法58-63
• 2 试验结果与分析63-68
• 2.1 牛的总RNA检测63-64
• 2.2 CPT2、ABHD5、ACSL1和β-actin基因cDNA部分片段扩增结果检测64-65
• 2.3 CPT2、ABHD5和ACSL1基因在FLW牛不同个体中相对定量的扩增曲线和溶解曲线65-66
• 2.4 CPT2、ABHD5和ACSL1基因在FLW牛不同个体中的相对表达量及相关分析66-68
• 3 讨论68-69
• 3.1 关于RNA提取的讨论68
• 3.2 CPT2、ABHD5、ACSL1基因在FLW牛不同个体中表达差异的讨论68-69
• 4 结论69-70
• 第四章 关于双和牛CPT2、ABHD5、ACSL1基因组织差异表达的研究70-76
• 1 试验材料和方法70-71
• 1.1 试验材料70
• 1.2 试验方法70-71
• 2 试验结果与分析71-75
• 2.1 牛的总RNA检测71
• 2.2 CPT2、ABHD5、ACSL1和β-actin基因cDNA部分片段扩增结果检测71-72
• 2.3 CPT2、ABHD5和ACSL1基因在双和牛不同组织中相对定量的扩增曲线和溶解曲线72-73
• 2.4 CPT2、ABHD5和ACSL1基因在双和牛不同组织中mRNA表达量及相关分析73-75
• 3 讨论75
• 3.1 关于RNA提取的讨论75
• 3.2 CPT2、ABHD5、ACSL1基因在双和牛不同组织中表达差异的讨论75
• 4 结论75-76
• 全文结论76-78
• 参考文献78-82
• Abstract82-84
• 附录184-86
• 附录286-87
• 附录387-88
• 致谢88

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本文编号：811230