孕早期自然流产胎儿的染色体拷贝数变异与所在宫内环境菌群的关联研究

发布时间：2020-06-06 01:46

【摘要】：目的:1.评估CNVplex高通量染色体拷贝数检测技术对孕早期自然流产的遗传学诊断价值,并建立流产组织遗传学检测方案;2.对流产组织进行菌群多样性分析,探讨其与自然流产之间的关系;3.探索胎儿染色体拷贝数检测结果与宫内菌群多样性的相关性。方法:1.对196例自然流产患者的绒毛组织样本同时进行染色体G显带核型分析与CNVplex染色体拷贝数检测,并采用STR技术进行母体细胞污染的鉴定。2.提取上述病例中52例患者的流产绒毛组织DNA,通过细菌16s rDNA测序进行菌群多样性分析;3.按染色体拷贝数正常和异常将样本分为两组,进行菌群分析和比较。结果:1.CNVplex检测成功194例(检测成功率98.98%),G显带核型分析检测成功175例(检测成功率89.29%)。在175例二组方法都检测成功的样本中有10例结果不符,其中有2例多倍体、2例低比例嵌合未被CNVplex技术检出;1例核型为易位型22三体而CNVplex仅显示为22三体;5例CNVplex显示为染色体部分片段拷贝数异常的样本染色体核型结果正常或不明确。CNVplex技术的异常检出率与染色体核型分析无显著差异,检测成功率和准确率均优于核型分析,但对多倍体和染色体易位由于技术原理所限无法检出;2.流产绒毛组织中的主要菌门为变形菌门和厚壁菌门,肠杆菌科占主要优势,菌群整体多样性和丰度均较低;3.胎儿染色体拷贝数正常组和异常组的菌群结构在门层次和属层次共有19个类群存在显著差异,但在整体菌群组成未见明显差异。结论:1.对流产组织的遗传学检测而言,传统染色体核型分析技术与CNVplex结合STR技术的联合应用能得到更为准确和更具指导意义的检测报告,适合临床推广应用;2.自然流产组织的菌群群落结构的多样性和丰度均较低,主要以肠杆菌科为主;3.胎儿染色体拷贝数变异与宫内低丰度的菌群构成存在一定相关性。
【图文】：

检测结果,样本,核型分析

图 1 母体细胞污染样本 STR 检测结果Fig1 The result of maternal cell contamination by STR1.2.3 两种方法结果比较核型分析与 CNVplex 的检测结果比较见表 1。在结构异常检出率方面，两者存在显著差异（P＜0.05），在检测成功率方面，两种方法具有高度显著的差异（P＜0.001）。培养失败的 21 例样本中，CNVplex 的检测结果显示其中 11 例为数目异常，3 例为结构异常，2 例检测失败，其余 5 例未见拷贝数异常。在应用两种方法都获得结果的 175 例样本中，结果不一致的共 10 例（表 2）。表 2 结果不一致样本Tab 2 Inconsistent results during the two testing样本号核型分析 CNVplex

检测结果,样本,核型,染色体结

1.1p36.12×1,16p13.3×3,16p13.2×114C0780 46,XX46,XX.rsa 18q21.32×3,18q22.2×3,18q23×114C0800 46,XX46,XX.rsa 1p36.33×1,1p36.22×1,1q42.13×3,1q43×3,1q44×315C0319 46,XX46,XX,rsa 10q26.13×1,10q26.3×1,14q31.3×3,14q32.2×3,14q32.33×31.2.4 对结果不一致病例的进一步研究第一例样本 14C0689，患者 24 岁，G3P0，不良孕史。流产组织染色体核型结果为 46,XX,der(8)? （图 2A ）， CNVplex 结果为 46,XX.rsa6q13*3,6q25.1*3,6q25.3*3,6q27*3,8p23.3*1,8p23.1*1（图 2B）。后对患者进行随访，，父母双方进行外周血染色体检查，结果显示父亲染色体结果正常，母亲为平衡易位携带者，核型为 46,XX,t(6;8)(q13;p23.1)（图 2C），与绒毛染色体核型与 CNVplex检测结果相符。
【学位授予单位】：上海交通大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R714.21

【参考文献】