基于全外测序（WES）研究高级别浆液性卵巢癌中DDR通路相关基因的突变

发布时间：2020-11-03 00:27

　　 目的:基于全外测序(WES)研究DNA损伤修复(DDR)通路相关基因在中国高级别浆液性卵巢癌病人中的突变情况。方法:本研究所需的浆液性卵巢癌组织标本均来自河北医科大学第四医院。本课题共筛选12例高级别卵巢浆液性癌患者。首先从这12个患者的新鲜手术组织中提取DNA,然后使用安捷伦外显子杂交捕获试剂盒Aglient SureSelect Human All Exon V6进行全外捕获,之后在Illumina-NovaSeq 6000测序平台上进行全外测序。下机数据质控合格后,同时使用panel of normals(PON)方案,再利用Knijnenburg等人的276基因目录筛选出每个样本中发生突变的DDR相关基因。结果:1.获得了12个高级别浆液性卵巢癌患者的WES测序数据,平均测序深度200x。2.高级别浆液性卵巢癌突变基因主要的突变形式是错义突变,其中主要是CT和TC。3.高级别浆液性卵巢癌的突变基因和细胞的各项生理活动均有关,涉及WNT、NOTCH、Hippo等信号通路。分为两类:一类是原癌基因的激活,如RTK-RAS以及PI3K信号通路;一类是抑癌基因的失活,如TP53、NOTCH、细胞周期等信号通路。4.DDR通路相关基因的突变特征和所有基因的突变特征一样,突变形式以错义突变为主。主要的突变基因有TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1等。TP53的突变频率高达75%,无热点突变。5.高级别浆液性卵巢癌的突变基因间存在一定的相关性,TP53的突变和POLN、TOP3A是互斥的,而MSH3的突变和POLN和WRN是共突变的。结论:1.DDR通路相关基因的突变和高级别浆液性卵巢癌的发生关系密切。11例患者的HDR通路相关基因发生了突变,可能会受益于PRAP抑制剂。2.DDR通路相关基因的突变可能与患者的突变负荷有关。3.高级别浆液性卵巢癌的DDR通路突变频率较高基因是TP53、GEN1、HERC2、MSH3、BRCA1。4.高级别浆液性卵巢癌的基因突变存在相关性,TP53的突变和POLN、TOP3A是互斥的。而MSH3的突变和POLN和WRN是共突变的。但是本次样本量较少,有待后期进一步的而研究。
【学位单位】：河北医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R737.31
【部分图文】：

卵巢癌中最常发生异常的DNA损伤修复通路：同源重组修复通路和错配修复通路；a.同源重组修复通路；b.错配修复通路Fig.1ThetwoDDRpathwaysmostfrequentlyalteredinovariancancer:homologousrecombinationrepairandmis-matchrepair；

杂交捕获流程

文库构建流程
【参考文献】

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本文编号：2867809